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- PDB-5mu5: Structure of MAf glycosyltransferase from Magnetospirillum magnet... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mu5
タイトルStructure of MAf glycosyltransferase from Magnetospirillum magneticum AMB-1
要素Uncharacterized protein
キーワードTRANSFERASE / glycosyltransferase
機能・相同性6-hydroxymethylpterin diphosphokinase MptE-like / 6-hydroxymethylpterin diphosphokinase MptE-like / TRIETHYLENE GLYCOL / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Magnetospirillum magneticum AMB-1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Sulzenbacher, G. / Roig-Zamboni, V. / Murat, D. / Vincentelli, R. / Wu, L.F. / Guerardel, Y. / Alberto, F.
引用ジャーナル: Environ. Microbiol. / 年: 2018
タイトル: Glycosylate and move! The glycosyltransferase Maf is involved in bacterial flagella formation.
著者: Sulzenbacher, G. / Roig-Zamboni, V. / Lebrun, R. / Guerardel, Y. / Murat, D. / Mansuelle, P. / Yamakawa, N. / Qian, X.X. / Vincentelli, R. / Bourne, Y. / Wu, L.F. / Alberto, F.
履歴
登録2017年1月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22019年4月10日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,92810
ポリマ－75,1681
非ポリマー7609
水1,76598
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1680 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area28610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.447, 126.852, 64.601
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 75168.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Magnetospirillum magneticum AMB-1 (バクテリア)
遺伝子: amb0685 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta pLys / 参照: UniProt: Q2W9I6

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非ポリマー , 6種, 107分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 1.5-1.7 M (NH4)2SO4, 5% (v/v) polyethylene glycol 400 and 0.1 M MES buffer, pH 6.5-7.0
PH範囲: 6.5 - 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→45.3 Å / Num. obs: 43504 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 40.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rpim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.79 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 6235 / Num. unique obs: 6235 / Rpim(I) all: 0.369 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
CRANK位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→45.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 12.053 / SU ML: 0.136 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.219 / ESU R Free: 0.183 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2202 2224 5.1 %RANDOM
Rwork0.18671 ---
obs0.18841 41238 99.46 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å
原子変位パラメータBiso mean: 50.766 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.57 Å2-0 Å2-0 Å2
2---2.28 Å2-0 Å2
3----0.29 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.3→45.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5014 0 46 98 5158
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0195162
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024883
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3891.9686980
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.759311199
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.5835629
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.1823.228254
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.46915852
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.8861549
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2761
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0215835
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021220
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 173 -
Rwork0.28 2961 -
obs--99.08 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1108-0.0852-0.18921.4310.02631.58610.0044-0.0119-0.0717-0.0139-0.00750.26830.089-0.13720.00310.01640.0073-0.00720.03730.01040.1241-29.83938.064642.1363
20.48550.1412-0.16240.9118-0.03120.67040.0064-0.0130.0683-0.04820.0334-0.0811-0.05530.1408-0.03980.0139-0.02160.00380.0412-0.00450.066114.073516.640330.2876
31.0760.6349-0.42820.7747-0.23780.98150.0926-0.22860.06980.1704-0.04860.0041-0.06630.1123-0.0440.1033-0.00680.0090.0706-0.01910.0494-3.05118.549361.1161
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A7 - 85
2X-RAY DIFFRACTION1A118 - 238
3X-RAY DIFFRACTION2A261 - 531
4X-RAY DIFFRACTION3A90 - 117
5X-RAY DIFFRACTION3A239 - 260
6X-RAY DIFFRACTION3A532 - 664

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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