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- PDB-5mu3: Crystal structure of Ctf19-Mcm21 kinetochore assembly bound with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mu3
タイトルCrystal structure of Ctf19-Mcm21 kinetochore assembly bound with Ctf19-Mcm21 binding motif of central kinetochore subunit Okp1
要素
  • (Central kinetochore subunit CTF19) x 2
  • Central kinetochore subunit MCM21
  • Central kinetochore subunit Okp1
キーワードCELL CYCLE / chromosome segregation / centromere / kinetochore / RWD domain
機能・相同性
機能・相同性情報


centromere complex assembly / meiotic cell cycle / kinetochore / cell division / nucleus
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #12050 / Ctf19, second RWD domain / Ctf19, first RWD domain / Centromere protein O / Cenp-O kinetochore centromere component / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Inner kinetochore subunit OKP1 / Inner kinetochore subunit CTF19 / Inner kinetochore subunit MCM21
類似検索 - 構成要素
生物種Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Schmitzberger, F.
資金援助 オーストリア, 米国, 2件
組織認可番号
Boehringer Ingelheim オーストリア
Howard Hughes Medical Institute 米国
引用
ジャーナル: EMBO J. / : 2017
タイトル: Molecular basis for inner kinetochore configuration through RWD domain-peptide interactions.
著者: Schmitzberger, F. / Richter, M.M. / Gordiyenko, Y. / Robinson, C.V. / Dadlez, M. / Westermann, S.
#1: ジャーナル: EMBO Rep. / : 2012
タイトル: RWD domain: a recurring module in kinetochore architecture shown by a Ctf19-Mcm21 complex structure.
著者: Schmitzberger, F. / Harrison, S.C.
履歴
登録2017年1月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22018年11月21日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: struct_conn
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Central kinetochore subunit MCM21
B: Central kinetochore subunit CTF19
C: Central kinetochore subunit Okp1
D: Central kinetochore subunit MCM21
E: Central kinetochore subunit CTF19
F: Central kinetochore subunit Okp1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,4846
ポリマ-97,4846
非ポリマー00
6,089338
1
A: Central kinetochore subunit MCM21
B: Central kinetochore subunit CTF19
C: Central kinetochore subunit Okp1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7343
ポリマ-48,7343
非ポリマー00
543
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5380 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area18960 Å2
手法PISA
2
D: Central kinetochore subunit MCM21
E: Central kinetochore subunit CTF19
F: Central kinetochore subunit Okp1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7503
ポリマ-48,7503
非ポリマー00
543
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5430 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area19040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.342, 105.476, 122.982
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

-
要素

#1: タンパク質 Central kinetochore subunit MCM21 / Minichromosome maintenance protein 21


分子量: 22071.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母)
遺伝子: MCM21, KLLA0B10142g / プラスミド: pET3aTR / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta pLysS / 参照: UniProt: Q6CVQ9
#2: タンパク質 Central kinetochore subunit CTF19 / Chromosome transmission fidelity protein 19


分子量: 19046.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母)
遺伝子: CTF19, KLLA0D07612g / プラスミド: pET3aTR / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta pLysS / 参照: UniProt: Q6CRN7
#3: タンパク質 Central kinetochore subunit Okp1 / Okp1


分子量: 7616.612 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母)
遺伝子: KLLA0_F15136g / プラスミド: pET3aTR / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta pLysS / 参照: UniProt: Q6CJY0
#4: タンパク質 Central kinetochore subunit CTF19 / Chromosome transmission fidelity protein 19


分子量: 19062.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母)
遺伝子: CTF19, KLLA0D07612g / プラスミド: pET3aTR / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta pLysS / 参照: UniProt: Q6CRN7
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 338 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 % / 解説: Cubic
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 35 % (v/v) glycerol ethoxylate 200 mM Li-citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月10日 / 詳細: Kirkpatrick-Baez mirrors
放射モノクロメーター: Cryogenically-cooled single crystal Si(220) side bounce
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→122.98 Å / Num. obs: 71441 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 45.6 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rpim(I) all: 0.073 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 3.446 / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 4549 / CC1/2: 0.192 / Rpim(I) all: 2.533 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
XDSJanuary 2014データ削減
Aimless0.1.27データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ZXU
解像度: 2.1→80.063 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.04 / 位相誤差: 32.41
詳細: maximum likelihood target with two-fold non-crystallographic symmetry restraints
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2483 3247 2.42 %Random selection
Rwork0.2217 ---
obs0.2223 71210 97.96 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 49.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→80.063 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6107 0 0 338 6445
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0026244
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4568437
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.6593778
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041961
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021066
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.13140.43951210.47584828X-RAY DIFFRACTION83
2.1314-2.16470.46371410.45095289X-RAY DIFFRACTION91
2.1647-2.20020.40351360.43055582X-RAY DIFFRACTION96
2.2002-2.23810.39941480.4015622X-RAY DIFFRACTION98
2.2381-2.27880.3331410.3835756X-RAY DIFFRACTION99
2.2788-2.32260.39091450.3545728X-RAY DIFFRACTION99
2.3226-2.370.33741410.33455750X-RAY DIFFRACTION100
2.37-2.42160.34151470.32435820X-RAY DIFFRACTION100
2.4216-2.47790.34981410.31695757X-RAY DIFFRACTION100
2.4779-2.53990.32731440.2965796X-RAY DIFFRACTION100
2.5399-2.60860.31041420.2755834X-RAY DIFFRACTION100
2.6086-2.68530.30131390.25835747X-RAY DIFFRACTION100
2.6853-2.7720.27431420.24935812X-RAY DIFFRACTION100
2.772-2.87110.30491490.23345791X-RAY DIFFRACTION100
2.8711-2.9860.23741400.22145753X-RAY DIFFRACTION100
2.986-3.1220.2591460.21135794X-RAY DIFFRACTION99
3.122-3.28660.26011440.21665779X-RAY DIFFRACTION99
3.2866-3.49250.25931430.19585764X-RAY DIFFRACTION99
3.4925-3.76210.21161380.17555786X-RAY DIFFRACTION99
3.7621-4.14070.17961370.1635727X-RAY DIFFRACTION99
4.1407-4.73980.17081390.15225763X-RAY DIFFRACTION99
4.7398-5.97140.18211420.18455734X-RAY DIFFRACTION99
5.9714-80.12130.2851410.23795673X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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