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万見
- PDB-5mti: Bamb_5917 Acyl-Carrier Protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mti
タイトルBamb_5917 Acyl-Carrier Protein
要素Phosphopantetheine-binding protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Peptidyl Carrier Protein / Polyketides Synthases / NRPS / NMR Structural Biology
機能・相同性Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / phosphopantetheine binding / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Phosphopantetheine-binding protein
機能・相同性情報
生物種Burkholderia ambifaria AMMD (バクテリア)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Gallo, A. / Kosol, S. / Griffiths, D. / Masschelein, J. / Alkhalaf, L. / Smith, H. / Valentic, T. / Tsai, S. / Challis, G. / Lewandowski, J.R.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/L022761/1 英国
European Union639907 英国
引用ジャーナル: Nat.Chem. / 年: 2019
タイトル: Structural basis for chain release from the enacyloxin polyketide synthase
著者: Griffiths, D. / Gallo, A. / Kosol, S. / Valentic, T. / Smith, H. / Alkhalaf, L. / Masschelein, J. / Tsai, S. / Challis, G. / Lewandowski, J.R.
履歴
登録2017年1月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.22020年2月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphopantetheine-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,3241
ポリマ－11,3241
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area7700 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: タンパク質 Phosphopantetheine-binding protein


分子量: 11323.716 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Stretch of the full protein sequence from residues 215 to 315 GIDPFT TEV cleavage site
由来: (組換発現) Burkholderia ambifaria AMMD (バクテリア)
遺伝子: Bamb_5917 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0B311

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-1H NOESY
121isotropic13D 1H-15N NOESY
132isotropic13D 1H-13C NOESY
142isotropic13D HNCO
152isotropic13D HN(CA)CO
162isotropic13D HNCA
172isotropic13D HN(CO)CA
182isotropic13D HN(CA)CB
192isotropic13D HN(COCA)CB
1102isotropic13D HBHA(CO)NH
1112isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1121isotropic12D 1H-15N HSQC
1132isotropic12D 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.5 mM [U-99% 15N] 15N_PCP17, 50 mM potassium phosphate, 200 mM sodium chloride, 1 % DSS, 90 % H2O, 10 % D2O, 90% H2O/10% D2O15N_Sample90% H2O/10% D2O
solution20.3 mM [U-13C; U-15N] 13C,15N_PCP17, 50 mM potassium phosphate, 200 mM sodium chloride, 1 % DSS, 90 % H2O, 10 % D2O, 90% H2O/10% D2O13C,15N_Sample90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mM15N_PCP17[U-99% 15N]1
50 mMpotassium phosphatenatural abundance1
200 mMsodium chloridenatural abundance1
1 %DSSnatural abundance1
90 %H2Onatural abundance1
10 %D2Onatural abundance1
0.3 mM13C,15N_PCP17[U-13C; U-15N]2
50 mMpotassium phosphatenatural abundance2
200 mMsodium chloridenatural abundance2
1 %DSSnatural abundance2
90 %H2Onatural abundance2
10 %D2Onatural abundance2
試料状態イオン強度: 250 mM / Label: condition_1 / pH: 6.5 / PH err: 0.05 / 圧: 1 atm / 温度: 288 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE II / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE II / 磁場強度: 700 MHz / 詳細: cryo probe

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin3.5pl6Bruker Biospincollection
TopSpin3.5pl6Bruker Biospin解析
CARA3Keller and Wuthrichデータ解析
CARA3Keller and Wuthrichchemical shift assignment
ATNOS/CANDIDUNIOHerrmann, Guntert and Wuthrichpeak picking
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
Amber14Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 7
詳細: The 20 conformers of apo-PCP17 with the lowest target function values were subjected to restrained energy minimization and Molecular Dynamics (MD) calculations in explicit solvent with AMBER ...詳細: The 20 conformers of apo-PCP17 with the lowest target function values were subjected to restrained energy minimization and Molecular Dynamics (MD) calculations in explicit solvent with AMBER 14.0. NOEs and torsion angle constraints were applied with force constants of 50 kcal mol?1??2 and 32 kcal mol?1 rad?2, respectively.
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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