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- PDB-5msm: Structure of the Dcc1-Ctf8-Ctf18C Trimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5msm
タイトルStructure of the Dcc1-Ctf8-Ctf18C Trimer
要素
  • Chromosome transmission fidelity protein 18
  • Chromosome transmission fidelity protein 8
  • Sister chromatid cohesion protein DCC1
キーワードCELL CYCLE / winged-helix / DNA repair
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of mitotic sister chromatid cohesion / Ctf18 RFC-like complex / maintenance of DNA trinucleotide repeats / DNA clamp loader activity / single-stranded DNA helicase activity / mitotic sister chromatid cohesion / nuclear replication fork / chromosome, centromeric region / DNA replication initiation / double-strand break repair via homologous recombination ...maintenance of mitotic sister chromatid cohesion / Ctf18 RFC-like complex / maintenance of DNA trinucleotide repeats / DNA clamp loader activity / single-stranded DNA helicase activity / mitotic sister chromatid cohesion / nuclear replication fork / chromosome, centromeric region / DNA replication initiation / double-strand break repair via homologous recombination / DNA replication / chromatin / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / DNA binding / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Chromosome transmission fidelity protein 8 / Ctf8 / Sister chromatid cohesion protein Dcc1 / Sister chromatid cohesion protein Dcc1 / : / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Sister chromatid cohesion protein DCC1 / Chromosome transmission fidelity protein 8 / Chromosome transmission fidelity protein 18
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.29 Å
データ登録者Wade, B.O. / Singleton, M.R.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Wellcome TrustFC0010155 英国
Cancer Research UKFC0010155 英国
Medical Research Council (United Kingdom)FC0010155 英国
引用ジャーナル: EMBO Rep. / 年: 2017
タイトル: Structural studies of RFC(C)(tf18) reveal a novel chromatin recruitment role for Dcc1.
著者: Wade, B.O. / Liu, H.W. / Samora, C.P. / Uhlmann, F. / Singleton, M.R.
履歴
登録2017年1月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年2月22日Group: Database references
改定 1.22017年4月12日Group: Database references
改定 1.32017年8月30日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sister chromatid cohesion protein DCC1
B: Chromosome transmission fidelity protein 8
C: Chromosome transmission fidelity protein 18
D: Sister chromatid cohesion protein DCC1
E: Chromosome transmission fidelity protein 8
F: Chromosome transmission fidelity protein 18


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,4786
ポリマ－136,4786
非ポリマー00
水4,792266
1
A: Sister chromatid cohesion protein DCC1
B: Chromosome transmission fidelity protein 8
C: Chromosome transmission fidelity protein 18


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,2393
ポリマ－68,2393
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9240 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area27650 Å2
手法PISA
2
D: Sister chromatid cohesion protein DCC1
E: Chromosome transmission fidelity protein 8
F: Chromosome transmission fidelity protein 18


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,2393
ポリマ－68,2393
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8760 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area27930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.610, 164.220, 60.640
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.55, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Sister chromatid cohesion protein DCC1 / Defective in sister chromatid cohesion protein 1


分子量: 44133.785 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
遺伝子: DCC1, YCL016C, YCL16C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25559
#2: タンパク質 Chromosome transmission fidelity protein 8


分子量: 15189.688 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
遺伝子: CTF8, YHR191C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P38877
#3: タンパク質 Chromosome transmission fidelity protein 18


分子量: 8915.728 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
遺伝子: CTF18, CHL12, YMR078C, YM9582.03C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P49956
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M Bis-Tris Propane pH 6.3, 0.2M NaBr and 17% PEG 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→60.64 Å / Num. obs: 46232 / % possible obs: 90 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.08522 / Net I/σ(I): 7.15
反射 シェル解像度: 2.29→2.372 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.4557 / Mean I/σ(I) obs: 1.31 / Num. unique all: 2926 / % possible all: 57

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5MSN

5msn


解像度: 2.29→60.64 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2598 2252 4.87 %
Rwork0.2 --
obs0.2029 46207 89.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.29→60.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8518 0 0 266 8784
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.018700
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.53111738
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6283302
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0621308
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071484
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2902-2.340.34751210.31231687X-RAY DIFFRACTION56
2.34-2.39440.4319880.27951857X-RAY DIFFRACTION61
2.3944-2.45430.40741180.28962174X-RAY DIFFRACTION71
2.4543-2.52060.31191070.2792449X-RAY DIFFRACTION80
2.5206-2.59480.33291430.27342758X-RAY DIFFRACTION91
2.5948-2.67860.31641310.25733075X-RAY DIFFRACTION99
2.6786-2.77430.36731530.25013047X-RAY DIFFRACTION100
2.7743-2.88540.32521490.23463058X-RAY DIFFRACTION100
2.8854-3.01670.2891820.22953028X-RAY DIFFRACTION100
3.0167-3.17580.29171120.22153069X-RAY DIFFRACTION100
3.1758-3.37470.2411370.20613046X-RAY DIFFRACTION99
3.3747-3.63530.24291990.19862966X-RAY DIFFRACTION98
3.6353-4.00110.24341510.17682966X-RAY DIFFRACTION97
4.0011-4.58010.23041620.15632888X-RAY DIFFRACTION95
4.5801-5.77020.22831610.16942888X-RAY DIFFRACTION94
5.7702-82.16280.21041380.17482999X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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