PDB-5msk: Mouse PA28beta

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5msk

タイトル

Mouse PA28beta

要素

Proteasome activator complex subunit 2

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / heptamer / REGbeta /

interferon-gamma (インターフェロンγ) /

hydrolase (加水分解酵素)

機能・相同性

機能・相同性情報

Regulation of ornithine decarboxylase (ODC) / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / proteasome activator complex / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 ...Regulation of ornithine decarboxylase (ODC) / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / proteasome activator complex / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / Assembly of the pre-replicative complex / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / Degradation of AXIN / Autodegradation of the E3 ubiquitin ligase COP1 / G2/M Checkpoints / Asymmetric localization of PCP proteins / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / Regulation of RUNX3 expression and activity / Regulation of RAS by GAPs / Regulation of PTEN stability and activity / Regulation of RUNX2 expression and activity / Degradation of GLI1 by the proteasome / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / Degradation of DVL / UCH proteinases / Orc1 removal from chromatin / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / Hedgehog ligand biogenesis / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Hedgehog 'on' state / positive regulation of endopeptidase activity / antigen processing and presentation of exogenous antigen / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / Activation of NF-kappaB in B cells / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / FCERI mediated NF-kB activation / CLEC7A (Dectin-1) signaling / Interleukin-1 signaling / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / Separation of Sister Chromatids / Downstream TCR signaling / KEAP1-NFE2L2 pathway / MAPK6/MAPK4 signaling / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / ABC-family proteins mediated transport /

Neddylation / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Ub-specific processing proteases / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / endopeptidase activator activity / regulation of proteasomal protein catabolic process /

核質 / identical protein binding /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.6 Å

データ登録者

Huber, E.M. / Groll, M.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: The Mammalian Proteasome Activator PA28 Forms an Asymmetric alpha 4 beta 3 Complex.
著者: Huber, E.M. / Groll, M.

履歴

登録	2017年1月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年9月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年10月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5msk.cif.gz	574.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5msk.ent.gz	487.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5msk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ms/5msk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ms/5msk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5msjSC 5mx5C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5mx5-2 5mx5-1 5msj-4 5msj-2 5msj-1 5ef1-d 5eez-d 1kqn-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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PDBのページ

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「今月の分子」の関連する項目

#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (49)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (4)
#152 - 2012年8月
環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase)
類似性 (2)
#80 - 2006年8月
AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases)
類似性 (2)
#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (3)
#123 - 2010年3月
P-糖タンパク質 (P-glycoprotein)
類似性 (1)
#183 - 2015年3月
フォトトロピン (Phototropin)
類似性 (2)
#99 - 2008年3月
カドヘリン (Cadherin)
類似性 (1)
#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
類似性 (1)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (1)
#87 - 2007年3月
ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
類似性 (1)
#182 - 2015年2月
インスリン受容体 (Insulin receptor)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Proteasome activator complex subunit 2

B: Proteasome activator complex subunit 2

C: Proteasome activator complex subunit 2

D: Proteasome activator complex subunit 2

E: Proteasome activator complex subunit 2

F: Proteasome activator complex subunit 2

G: Proteasome activator complex subunit 2

190 kDa, 7 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.840, 132.610, 90.930
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.19, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
7	1	G

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	2	A	15 - 100
2	1	1	2	B	15 - 100
3	1	1	2	C	15 - 100
4	1	1	2	D	15 - 100
5	1	1	2	E	15 - 100
6	1	1	2	F	15 - 100
7	1	1	2	G	15 - 100
1	2	1	2	A	108 - 190
2	2	1	2	B	108 - 190
3	2	1	2	C	108 - 190
4	2	1	2	D	108 - 190
5	2	1	2	E	108 - 190
6	2	1	2	F	108 - 190
7	2	1	2	G	108 - 190
1	3	1	2	A	200 - 500
2	3	1	2	B	200 - 500
3	3	1	2	C	200 - 500
4	3	1	2	D	200 - 500
5	3	1	2	E	200 - 500
6	3	1	2	F	200 - 500
7	3	1	2	G	200 - 500

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(0.663489, 0.738775, -0.118296), (-0.746015, 0.641204, -0.179775), (-0.056961, 0.207529, 0.976569)	-67.07827, 73.867, -20.75862
3	given	(-0.13939, 0.936202, -0.32264), (-0.953384, -0.21494, -0.2118), (-0.267636, 0.278077, 0.922521)	-53.33957, 180.47942, -18.8675
4	given	(-0.761819, 0.427112, -0.487039), (-0.462357, -0.885109, -0.052988), (-0.453714, 0.184819, 0.871771)	34.31738, 231.82544, 0.15114
5	given	(-0.784174, -0.426026, -0.451191), (0.392494, -0.903694, 0.171131), (-0.480644, -0.042893, 0.875866)	129.86751, 194.85144, 26.87145
6	given	(-0.169061, -0.945353, -0.278794), (0.924152, -0.250366, 0.288549), (-0.342581, -0.208865, 0.915977)	160.09685, 96.53021, 38.95714
7	given	(0.637425, -0.766775, -0.075799), (0.761296, 0.611577, 0.215413), (-0.118816, -0.195015, 0.973577)	103.06928, 7.88283, 27.20307

#1: タンパク質	Proteasome activator complex subunit 2 / 11S regulator complex subunit beta / REG-beta / Activator of multicatalytic protease subunit 2 / ...11S regulator complex subunit beta / REG-beta / Activator of multicatalytic protease subunit 2 / Proteasome activator 28 subunit beta / PA28beta 分子量: 27094.283 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Psme2, Pa28b1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): Solu / 参照: UniProt: P97372

#1: タンパク質

Proteasome activator complex subunit 2 / 11S regulator complex subunit beta / REG-beta / Activator of multicatalytic protease subunit 2 / ...

分子量: 27094.283 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Psme2, Pa28b1 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): Solu / 参照: UniProt: P97372

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.41 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M MgCl2, 0.1 M MES, 30 % PEG400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.6→40 Å / Num. obs: 23433 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 3.13 % / R_merge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 9.6
反射シェル	解像度: 3.6→3.7 Å / R_merge(I) obs: 0.563 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5MSJ

5msj

解像度: 3.6→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.933 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / SU B: 98.523 / SU ML: 0.621 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.7 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26311	1170	5 %	RANDOM
R_work	0.24162	-	-	-
obs	0.24269	22234	97.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 112.202 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-7.49 Å²	-0 Å²	-2.19 Å²
2-	-	6.24 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.41 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 3.6→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11546	0	0	0	11546

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	11754
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.64	1.982	15909
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.268	5	1437
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.975	24.518	529
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.97	15	2154
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.918	15	75
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.129	0.2	1846
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	8679
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.895	7.639	5790
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.66	11.445	7213
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.677	7.674	5964
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.994		17647
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
A	714	medium positional	0.06	0.5
B	714	medium positional	0.09	0.5
C	714	medium positional	0.11	0.5
D	714	medium positional	0.07	0.5
E	714	medium positional	0.06	0.5
F	714	medium positional	0.07	0.5
G	714	medium positional	0.04	0.5
A	716	tight thermal	9.99	0.5
B	716	tight thermal	10.53	0.5
C	716	tight thermal	4.04	0.5
D	716	tight thermal	4.45	0.5
E	716	tight thermal	5.31	0.5
F	716	tight thermal	8.65	0.5
G	716	tight thermal	9.75	0.5
A	714	medium thermal	10.02	2
B	714	medium thermal	10.99	2
C	714	medium thermal	4.34	2
D	714	medium thermal	4.64	2
E	714	medium thermal	5.67	2
F	714	medium thermal	9.33	2
G	714	medium thermal	10.44	2

LS精密化シェル

解像度: 3.6→3.692 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.448	87	-
R_work	0.355	1649	-
obs	-	-	99.37 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8032	-0.4212	-1.1528	0.7099	-0.8506	4.4157	0.0655	0.0809	-0.5177	-0.1378	0.0063	-0.029	0.0153	-0.0569	-0.0718	0.2392	-0.0544	-0.0376	0.2351	0.0202	0.5432	36.0322	99.7397	115.1677
2	1.4303	0.0456	-0.4926	0.1242	-0.3308	2.1496	-0.0419	0.0723	-0.051	0.0253	0.0677	-0.1374	0.0929	-0.1792	-0.0258	0.3436	-0.0165	-0.0315	0.2481	0.0404	0.3616	41.4346	120.5913	116.9766
3	1.2651	-0.0206	1.2747	0.0273	-0.084	3.3997	-0.0042	-0.0056	0.5613	-0.0331	0.0588	-0.0248	0.3991	-0.2084	-0.0546	0.289	0.0175	-0.0309	0.2232	0.0267	0.4992	28.3851	138.674	112.2568
4	1.8988	0.1583	0.9977	0.0884	0.2869	1.3142	-0.1957	0.083	0.8878	0.0188	-0.0938	0.0745	0.1459	-0.0958	0.2895	0.2705	0.0181	-0.104	0.1523	-0.0312	0.5839	7.6494	139.1251	106.8898
5	1.6973	-0.2281	-0.1766	1.5144	1.7931	2.2262	-0.0222	-0.0197	0.1195	0.0954	0.0635	0.1278	0.1601	0.1596	-0.0413	0.333	0.0217	0.0076	0.2251	-0.0777	0.4238	-6.3675	121.2052	103.1348
6	2.5245	-0.8492	-0.0308	0.2981	0.0718	0.7761	0.3427	-0.1458	-0.5391	-0.1571	0.0829	0.1638	-0.2004	0.1216	-0.4256	0.2402	-0.1044	-0.0375	0.1186	-0.0878	0.5681	-2.336	100.5823	105.628
7	1.6492	-0.077	-0.3404	0.1246	-0.4435	2.3244	0.4633	-0.0385	-0.7817	-0.0822	0.055	0.1554	-0.0374	-0.146	-0.5182	0.2334	-0.0394	-0.147	0.0269	0.0761	0.7603	16.2894	90.2645	111.0622

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	5 - 243
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	3 - 245
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	9 - 245
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	3 - 241
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	11 - 242
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	5 - 243
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	4 - 243

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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