PDB-5mrs: Crystal structure of L1 protease Lysobacter sp. XL1 in complex wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5mrs

タイトル

Crystal structure of L1 protease Lysobacter sp. XL1 in complex with AEBSF

要素

Lytic endopeptidase preproenzyme

キーワード

HYDROLASE / Bacteriolytic protease L1 / Lysobacter sp. XL1 / Crystals / AEBSF

機能・相同性

機能・相同性情報

serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Lysobacter sp.

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Gabdulkhakov, A. / Tishchenko, S. / Lisov, A. / Leontievsky, A.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of L1 protease Lysobacter sp. XL1 in complex with AEBSF
著者: Gabdulkhakov, A. / Tishchenko, S. / Lisov, A. / Leontievsky, A.

履歴

登録	2016年12月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年1月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5mrs.cif.gz	165 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5mrs.ent.gz	130.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5mrs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mr/5mrs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mr/5mrs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5mrrS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6qoy-1 1gbh-d 1boq-d 1p02-d 3lpr-d 1gbk-d 2ull-d 3ure-1 5mrr-4 1gbb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Lytic endopeptidase preproenzyme

B: Lytic endopeptidase preproenzyme

C: Lytic endopeptidase preproenzyme

D: Lytic endopeptidase preproenzyme

ヘテロ分子

81.9 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Lytic endopeptidase preproenzyme

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
20.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Lytic endopeptidase preproenzyme

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
20.5 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Lytic endopeptidase preproenzyme

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
20.4 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Lytic endopeptidase preproenzyme

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
20.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	41.855, 122.553, 78.988
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.64, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Lytic endopeptidase preproenzyme 分子量: 19848.051 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lysobacter sp. (strain XL1) (バクテリア) 遺伝子: alpA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D2K8B3

-
非ポリマー , 7種, 332分子

#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-AES / 4-(2-AMINOETHYL)BENZENESULFONYL FLUORIDE / AEBSF / AEBSF 分子量: 203.234 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀FNO₂S / コメント: プロテアーゼ阻害剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 310 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.24 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 1,4M Lithium sulphate, 0,1M BisTris,

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.96863 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.96863 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.86→50 Å / Num. obs: 65564 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.75 % / Net I/σ(I): 8.13
反射シェル	解像度: 1.86→1.97 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5MRR

5mrr

解像度: 1.9→48.207 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.29 / 位相誤差: 26.68

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2419	6124	5.08 %
R_work	0.2005	-	-
obs	0.2026	61461	98.67 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→48.207 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5560	0	150	310	6020

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	6025
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.881	8172
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.599	4426
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	894
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1085

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.9216	0.3664	205	0.3131	3736	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9216-1.9442	0.3828	193	0.3204	3821	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9442-1.9679	0.3197	184	0.3135	3837	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9679-1.9928	0.3587	200	0.3132	3889	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9928-2.019	0.3168	161	0.2882	3625	X-RAY DIFFRACTION	95
2.019-2.0467	0.3159	218	0.2808	3628	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0467-2.0759	0.2873	185	0.2624	3925	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0759-2.1069	0.2941	229	0.2741	3840	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1069-2.1399	0.3187	190	0.2635	3808	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1399-2.1749	0.2776	212	0.2494	3879	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1749-2.2124	0.3218	238	0.2559	3877	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2124-2.2527	0.2846	217	0.2372	3792	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2527-2.296	0.3172	222	0.2367	3806	X-RAY DIFFRACTION	99
2.296-2.3429	0.2765	207	0.2333	3885	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3429-2.3938	0.2567	215	0.2186	3791	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3938-2.4495	0.2831	186	0.2318	3739	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4495-2.5107	0.2964	198	0.2283	3686	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5107-2.5786	0.3049	219	0.2286	3868	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5786-2.6545	0.3147	202	0.2182	3853	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6545-2.7402	0.2506	199	0.2036	3838	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7402-2.8381	0.2501	228	0.1989	3820	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8381-2.9517	0.2358	175	0.2026	3941	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9517-3.086	0.284	232	0.2043	3787	X-RAY DIFFRACTION	99
3.086-3.2487	0.2247	184	0.1973	3762	X-RAY DIFFRACTION	97
3.2487-3.4522	0.2162	191	0.1848	3893	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4522-3.7186	0.1889	206	0.1637	3814	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7186-4.0927	0.1829	228	0.1395	3843	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0927-4.6845	0.1414	207	0.1194	3797	X-RAY DIFFRACTION	98
4.6845-5.9003	0.176	207	0.1397	3856	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9003-48.2227	0.1994	186	0.1748	3856	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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