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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5mqp | |||||||||||||||
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タイトル | Glycoside hydrolase BT_1002 | |||||||||||||||
要素 | Glycoside hydrolase BT_1002 | |||||||||||||||
キーワード | HYDROLASE / glycoside hydrolase / fucosidase / plant pectin | |||||||||||||||
機能・相同性 | raffinose alpha-galactosidase activity / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor / lyase activity / metal ion binding / Right-handed parallel beta-helix repeat-containing protein / Pectin lyase fold/virulence factor 機能・相同性情報 | |||||||||||||||
生物種 | Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア) | |||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Basle, A. / Ndeh, D. / Rogowski, A. / Cartmell, A. / Luis, A.S. / Venditto, I. / Labourel, A. / Gilbert, H.J. | |||||||||||||||
資金援助 | 英国, 4件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: The most complex carbohydrate known is degraded in the human gut by single organisms and not bacterial consortia 著者: Ndeh, D. / Rogowski, A. / Cartmell, A. / Luis, A.S. / Basle, A. / Gray, J. / Venditto, I. / Briggs, B. / Zhang, X. / Labourel, A. / Terrapon, N. / Buffetto, F. / Nepogodiev, S. / Xiao, Y. / ...著者: Ndeh, D. / Rogowski, A. / Cartmell, A. / Luis, A.S. / Basle, A. / Gray, J. / Venditto, I. / Briggs, B. / Zhang, X. / Labourel, A. / Terrapon, N. / Buffetto, F. / Nepogodiev, S. / Xiao, Y. / Field, R.A. / Zhu, Y. / ONeil, M.A. / Urbanowicz, B.R. / York, W.S. / Davies, G.J. / Abbott, D.W. / Ralet, M.-C. / Martens, E.C. / Henrissat, B. / Gilbert, H.J. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5mqp.cif.gz | 992.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5mqp.ent.gz | 815.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5mqp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5mqp_validation.pdf.gz | 503.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5mqp_full_validation.pdf.gz | 533.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5mqp_validation.xml.gz | 184 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5mqp_validation.cif.gz | 266.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mq/5mqp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mq/5mqp | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 70689.289 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア) 遺伝子: Btheta7330_02618 / プラスミド: pet28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0P0F5L7, UniProt: Q8A915*PLUS #2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.84 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 10% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Hepes pH 7.5 and 0.2 M L-Proline |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→49.16 Å / Num. obs: 406952 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 3.9 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 9.8 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.914 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / CC1/2: 0.708 / % possible all: 70.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3WKX and 4QJY 解像度: 2→49.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 5.399 / SU ML: 0.136 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.16 / ESU R Free: 0.149 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.635 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2→49.16 Å
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拘束条件 |
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