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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5mp4 | ||||||
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タイトル | The structure of Pst2p from Saccharomyces cerevisiae | ||||||
要素 | Protoplast secreted protein 2 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / FMN binding / flavodoxin-like / quinone reduction | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 NAD(P)H dehydrogenase (quinone) activity / FMN binding / mitochondrion / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.79 Å | ||||||
データ登録者 | Hromic, A. / Gruber, K. | ||||||
資金援助 | オーストリア, 1件
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引用 | ジャーナル: Biochim. Biophys. Acta / 年: 2017 タイトル: Structure, biochemical and kinetic properties of recombinant Pst2p from Saccharomyces cerevisiae, a FMN-dependent NAD(P)H:quinone oxidoreductase. 著者: Koch, K. / Hromic, A. / Sorokina, M. / Strandback, E. / Reisinger, M. / Gruber, K. / Macheroux, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5mp4.cif.gz | 260.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5mp4.ent.gz | 215.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5mp4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5mp4_validation.pdf.gz | 499.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5mp4_full_validation.pdf.gz | 522.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5mp4_validation.xml.gz | 53.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5mp4_validation.cif.gz | 70.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mp/5mp4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mp/5mp4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3b6iS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20985.580 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 遺伝子: PST2, YDR032C, D3422, YD9673.02C / プラスミド: pET21a(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q12335 #2: 化合物 | ChemComp-PO4 / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.91 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: batch mode / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 25% w/v PEG-3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.972 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月9日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) and Si (311) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.972 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.79→46.17 Å / Num. obs: 43021 / % possible obs: 98.14 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 66.87 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.1041 / Net I/σ(I): 10.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.79→2.89 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.8343 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / CC1/2: 0.663 / % possible all: 94.46 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3b6i 解像度: 2.79→46.17 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.07
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.79→46.17 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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