PDB-5mon: Joint X-ray/neutron structure of cationic trypsin in complex with...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5mon

タイトル

Joint X-ray/neutron structure of cationic trypsin in complex with 2-aminopyridine

要素

Cationic trypsin

キーワード

HYDROLASE / hydrogen bonding / protonation / protein-ligand interaction

機能・相同性

機能・相同性情報

trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 / 中性子回折 /

シンクロトロン / NUCLEAR REACTOR /

分子置換 / 解像度: 0.939 Å

データ登録者

Schiebel, J. / Schrader, T.E. / Ostermann, A. / Heine, A. / Klebe, G.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2017
タイトル: Charges Shift Protonation: Neutron Diffraction Reveals that Aniline and 2-Aminopyridine Become Protonated Upon Binding to Trypsin.
著者: Schiebel, J. / Gaspari, R. / Sandner, A. / Ngo, K. / Gerber, H.D. / Cavalli, A. / Ostermann, A. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2016年12月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年5月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2017年8月23日	Group: Atomic model / Data collection / Structure summary / カテゴリ: atom_site / diffrn_source / struct_keywords Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_keywords.pdbx_keywords / _struct_keywords.text
改定 2.1	2018年11月14日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 2.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5mon.cif.gz	149.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5mon.ent.gz	120.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5mon.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5mon_validation.pdf.gz	263.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5mon_full_validation.pdf.gz	263.2 KB	表示
XML形式データ	5mon_validation.xml.gz	7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mo/5mon ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mo/5mon	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5mn1C 5mnaC 5mnbC 5mncC 5mnxC 5mnyC 5mooC 4i8hS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1c1r-d 1o2p-d 1tnl-d 3rxb-d 7bs0-d 1v2j-d 1c2j-d 5mor-d 4nix-d 3upe-d 1tld-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#46 - 2003年10月トリプシン (Trypsin) 類似性 (2) #53 - 2004年5月セルピン (Serpins) 類似性 (2) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (1) #207 - 2017年3月光活動性黄色タンパク質 (Photoactive Yellow Protein) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cationic trypsin

ヘテロ分子

23.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.989, 58.537, 67.618
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Cationic trypsin / Beta-trypsin 分子量: 23324.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00760, trypsin
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-2AP / 2-AMINOPYRIDINE / 2-アミノピリジン-1-ラジカルカチオン分子量: 95.122 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₇N₂
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-DOD / water / 重水分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: D₂O

-
実験

実験

手法	使用した結晶の数
X線回折	1
中性子回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.28 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5, 15.5-16.5% (w/v) PEG 8000

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	295	1
2	295	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	PETRA III, EMBL c/o DESY	P14 (MX2)	1	0.7069
NUCLEAR REACTOR	FRM II	BIODIFF	2	2.675

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
DECTRIS PILATUS 6M	1	PIXEL	2015年6月10日
MAATEL BIODIFF	2	IMAGE PLATE	2015年7月25日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	neutron	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.7069	1
2	2.675	1

反射

Entry-ID: 5MON

解像度 (Å)	Num. obs	% possible obs (%)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	Net I/σ(I)
0.939-42.662	141985	99.7	8.75	0.041	1	28.59
1.42-25	38142	90.7	2.6	0.094	2	8.493

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
0.939-1	8.581	0.633	4.29	1	99.1
1.42-1.45	2	0.414	2.051	2	69.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2429)	精密化
XDS		データ削減
HKL-2000		データ削減
XDS		データスケーリング
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

SU ML: 0.05 / R Free selection details: Random selection / 交差検証法: THROUGHOUT / 構造決定の手法: 分子置換 / 位相誤差: 7.01 / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 開始モデル: 4I8H

4i8h

解像度 (Å)	Refine-ID	R_factor R_free	R_factor R_work	R_factor obs	Num. reflection R_free	Num. reflection obs	% reflection R_free (%)	% reflection obs (%)	Diffraction-ID	σ(F)
0.939-16.935	X-RAY DIFFRACTION	0.1044	0.0986	0.0989	7170	141879	5.05	99.74	1	1.36
1.42-22.13	NEUTRON DIFFRACTION	0.181	0.1699	0.1705	1913	38107	5.02	90.76	2

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 0.939→16.935 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1608	0	13	161	1782

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3867
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.234	6590
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.953	1002
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.098	276
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	801
NEUTRON DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3867
NEUTRON DIFFRACTION	f_angle_d	1.234	6590
NEUTRON DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.953	1002
NEUTRON DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.098	276
NEUTRON DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	801

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
0.9394-0.95	0.1825	222	0.1861	4299	X-RAY DIFFRACTION	97
0.95-0.9612	0.1862	246	0.1663	4452	X-RAY DIFFRACTION	100
0.9612-0.9729	0.1635	240	0.1546	4470	X-RAY DIFFRACTION	100
0.9729-0.9853	0.1499	225	0.1401	4422	X-RAY DIFFRACTION	99
0.9853-0.9982	0.1315	225	0.1244	4447	X-RAY DIFFRACTION	100
0.9982-1.0119	0.1245	232	0.1181	4457	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0119-1.0263	0.1208	260	0.1065	4446	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0263-1.0417	0.1052	223	0.0966	4483	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0417-1.0579	0.0957	238	0.0869	4454	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0579-1.0753	0.0973	242	0.0787	4454	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0753-1.0938	0.0865	244	0.074	4470	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0938-1.1137	0.0844	219	0.0688	4460	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1137-1.1351	0.0714	236	0.0631	4479	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1351-1.1583	0.0642	253	0.0611	4428	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1583-1.1835	0.0647	213	0.0618	4495	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1835-1.211	0.0675	249	0.0643	4471	X-RAY DIFFRACTION	100
1.211-1.2413	0.0768	256	0.0656	4443	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2413-1.2748	0.0703	250	0.0653	4489	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2748-1.3123	0.0749	252	0.0674	4458	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3123-1.3547	0.0782	247	0.0704	4475	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3547-1.403	0.0847	220	0.0723	4531	X-RAY DIFFRACTION	100
1.403-1.4592	0.0786	226	0.0732	4507	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4592-1.5256	0.0838	272	0.0726	4466	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5256-1.6059	0.0834	250	0.0754	4512	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6059-1.7065	0.0869	234	0.0787	4531	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7065-1.8381	0.0763	247	0.0836	4546	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8381-2.0228	0.0889	255	0.0866	4545	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0228-2.3148	0.1016	234	0.0958	4577	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3148-2.914	0.12	236	0.1196	4642	X-RAY DIFFRACTION	100
2.914-16.9374	0.1531	224	0.1406	4800	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4185-1.454	0.3291	102	0.3442	1950	NEUTRON DIFFRACTION	70
1.454-1.4933	0.2924	134	0.2593	2214	NEUTRON DIFFRACTION	80
1.4933-1.5372	0.2118	152	0.2276	2376	NEUTRON DIFFRACTION	85
1.5372-1.5868	0.2315	133	0.2217	2498	NEUTRON DIFFRACTION	89
1.5868-1.6435	0.2211	127	0.2267	2590	NEUTRON DIFFRACTION	91
1.6435-1.7093	0.2114	145	0.1853	2624	NEUTRON DIFFRACTION	94
1.7093-1.787	0.2266	129	0.1771	2716	NEUTRON DIFFRACTION	95
1.787-1.8812	0.162	147	0.1666	2664	NEUTRON DIFFRACTION	95
1.8812-1.999	0.1486	154	0.1492	2655	NEUTRON DIFFRACTION	94
1.999-2.1532	0.174	135	0.1456	2673	NEUTRON DIFFRACTION	94
2.1532-2.3697	0.142	136	0.1446	2515	NEUTRON DIFFRACTION	88
2.3697-2.712	0.155	144	0.1374	2796	NEUTRON DIFFRACTION	97
2.712-3.4149	0.1702	129	0.154	2909	NEUTRON DIFFRACTION	99
3.4149-22.1311	0.154	146	0.1501	3014	NEUTRON DIFFRACTION	99

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