PDB-5mok: Crystal structure of human IgE-Fc epsilon 3-4

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5mok

タイトル

Crystal structure of human IgE-Fc epsilon 3-4

要素

Ig epsilon chain C region

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin E / IgE / Antibody

機能・相同性

機能・相同性情報

adaptive immune memory response / primary adaptive immune response / IgE B cell receptor complex / type I hypersensitivity / B cell antigen processing and presentation / Fc receptor-mediated immune complex endocytosis / eosinophil degranulation / IgE immunoglobulin complex / macrophage activation / type 2 immune response ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Dore, K.A. / Davies, A.M. / Drinkwater, N. / Beavil, A.J. / McDonnell, J.M. / Sutton, B.J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Biochim. Biophys. Acta / 年: 2017
タイトル: Thermal sensitivity and flexibility of the C epsilon 3 domains in immunoglobulin E.
著者: Dore, K.A. / Davies, A.M. / Drinkwater, N. / Beavil, A.J. / McDonnell, J.M. / Sutton, B.J.

履歴

登録	2016年12月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年1月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年4月3日	Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_comp_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5mok.cif.gz	353.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5mok.ent.gz	287.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5mok.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5mok_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5mok_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	5mok_validation.xml.gz	37.4 KB	表示
CIF形式データ	5mok_validation.cif.gz	53.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mo/5mok ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mo/5mok	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5moiC 5mojC 5molC 3ha0S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3h9z-d 4wc0-d 4wbz-d 5hrd-d 2erp-2 3lrh-d 2wvg-4 1ce8-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (4) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (2) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (4)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#136 - 2011年4月
ナノボディ (Nanobodies)
類似性 (3)
#148 - 2012年4月
Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (2)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (1)
#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Ig epsilon chain C region

B: Ig epsilon chain C region

C: Ig epsilon chain C region

D: Ig epsilon chain C region

ヘテロ分子

104 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.478, 100.357, 77.856
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.35, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Ig epsilon chain C region 分子量: 24920.146 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGHE / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01854

-
糖 , 3種, 4分子

#2: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1_e6-g1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 707.630 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-2-3-3/a4-b1_b3-c1_b6-d1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

-
非ポリマー , 3種, 526分子

#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 519 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.4 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 25% (v/v) PEG1500 0.1M SPG (succinic acid, sodium dihydrogen phosphate and glycine in the ratio 2:7:7) at pH 6.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→100.36 Å / Num. obs: 68470 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 17.3 % / Net I/σ(I): 14
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 8.8 % / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155: ???)	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3HA0

3ha0

解像度: 2→77.217 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1 / 位相誤差: 24.74

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.226	3444	5.04 %
R_work	0.2024	-	-
obs	0.2036	68373	99.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→77.217 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6246	0	296	519	7061

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	6846
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.619	9396
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.988	4223
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	1139
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1170

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.0274	0.3181	139	0.2787	2569	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0274-2.0564	0.3239	129	0.274	2612	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0564-2.0871	0.3098	144	0.2519	2562	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0871-2.1197	0.293	133	0.259	2571	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1197-2.1544	0.2615	146	0.2502	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1544-2.1916	0.292	149	0.2541	2533	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1916-2.2314	0.2684	171	0.2546	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2314-2.2744	0.3198	121	0.2487	2582	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2744-2.3208	0.3068	133	0.2567	2559	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3208-2.3713	0.3012	157	0.242	2589	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3713-2.4264	0.3049	128	0.2402	2579	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4264-2.4871	0.289	136	0.2414	2578	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4871-2.5544	0.2929	135	0.2369	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5544-2.6295	0.2351	131	0.2284	2590	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6295-2.7144	0.2545	141	0.2267	2602	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7144-2.8114	0.2654	136	0.22	2603	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8114-2.924	0.2162	128	0.2202	2602	X-RAY DIFFRACTION	100
2.924-3.0571	0.2712	123	0.2175	2591	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0571-3.2182	0.2387	128	0.2075	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2182-3.4199	0.2297	152	0.2012	2572	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4199-3.6839	0.2144	132	0.1918	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6839-4.0546	0.1856	148	0.1716	2584	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0546-4.6413	0.1527	134	0.149	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6413-5.8472	0.1607	129	0.1509	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8472-77.2742	0.1929	141	0.1893	2664	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0153	-0.1001	0.1749	1.5731	0.5666	0.5476	-0.659	0.221	0.0702	-0.1373	0.7542	0.1377	0.4567	0.8567	-0.8083	0.432	0.1891	0.1698	0.4639	-0.0629	0.1923	-26.7497	11.9675	-2.9284
2	0.9516	-0.8827	0.4079	0.4298	0.2688	1.7171	-0.0814	-0.0676	-0.0691	0.1334	0.0215	0.0779	0.414	0.1591	-0.0152	0.3814	0.0465	0.1025	0.2766	-0.0517	0.2681	-33.1521	10.9947	-2.4906
3	1.6407	0.4501	0.0945	1.8178	0.2646	0.3707	0.1159	-0.2588	0.4468	0.315	-0.0279	-0.0002	0.0366	0.2042	-0.3844	0.2671	0.0514	-0.0349	0.2355	-0.0141	0.1673	-10.9505	22.0807	-3.4418
4	2.9383	0.2515	0.0568	1.6387	1.2427	0.9629	0.0437	0.2709	0.3095	0.1423	-0.0567	0.0909	0.155	-0.2072	0.0011	0.2062	0.029	0.0064	0.2357	0.017	0.2574	-9.7076	26.1138	-10.3362
5	1.347	-1.0587	0.6713	2.1694	-0.3285	1.5751	-0.1328	0.0106	-0.0548	0.3807	-0.0717	0.2256	-0.1004	-0.1462	-0.0087	0.2045	-0.0081	0.028	0.1844	-0.064	0.3069	0.4053	-0.601	17.1568
6	0.674	0.2154	0.0952	0.6166	-1.1476	1.3526	-0.0973	-0.1195	0.1104	0.0275	-0.0216	-0.2553	-0.0764	-0.0929	0	0.2661	0.036	-0.0603	0.2503	-0.0216	0.2604	3.8615	20.3674	-0.2419
7	0.809	-1.04	0.4404	0.9629	-0.5879	0.4874	-0.1082	0.1681	-0.1026	-0.0088	0.2452	-0.0886	0.0834	0.0769	0.0006	0.3239	0.0234	-0.0406	0.3364	-0.0639	0.2634	3.4674	19.7775	4.3808
8	0.9777	-0.0504	-0.1622	0.5406	-0.8751	1.9362	-0.1089	-0.0978	0.1496	0.1272	-0.0225	-0.3027	-0.3799	0.1086	-0.0002	0.3079	0.0176	-0.1033	0.2575	-0.0315	0.3427	9.0648	25.1371	2.502
9	0.4278	0.2839	0.1839	0.2769	0.4625	0.4973	-0.2058	0.2227	-0.1728	0.1606	0.3551	0.14	0.2922	0.331	0	0.3413	0.095	0.0514	0.4499	-0.0071	0.2901	-52.4699	12.3481	-38.4006
10	0.3474	0.6221	0.4716	0.8376	0.7814	0.6291	-0.0487	0.5244	0.0985	0.0913	0.1151	0.2415	0.9028	0.2032	0.0244	0.3026	0.0759	0.108	0.4867	0.0399	0.2974	-55.8259	11.8447	-42.502
11	0.5624	0.0798	0.7793	0.3935	0.4349	0.6722	-0.0539	0.069	-0.0548	0.6017	-0.1685	0.3532	0.7876	-0.2698	-0.0097	0.4832	0.0152	0.1067	0.4463	-0.018	0.3996	-61.738	3.3046	-38.5194
12	0.568	0.1425	1.0071	0.1217	0.157	0.8621	-0.1013	-0.0628	0.0824	0.1722	-0.0188	0.0838	0.2174	-0.0354	-0	0.3618	0.0192	0.1258	0.3894	-0.0061	0.3287	-60.9553	11.8786	-36.3357
13	0.1047	-0.1321	0.3992	0.7615	-0.333	1.4056	0.1267	-0.1612	0.1309	0.1399	-0.1025	-0.054	0.0421	0.2663	-0.0071	0.201	0.0073	0.007	0.2323	-0.0347	0.1817	-36.6353	18.4526	-42.149
14	1.95	-0.621	0.6016	1.6492	0.1656	1.1953	0.1183	0.0466	0.0499	-0.03	-0.0903	0.0913	0.0953	-0.0597	0.0001	0.1706	0.0003	0.0112	0.1725	-0.0175	0.166	-37.7009	20.0709	-48.7485
15	0.1148	0.1203	-0.5846	0.5294	-0.1728	0.9803	0.0011	-0.1695	0.2203	0.1067	-0.2176	0.2309	0.1535	0.0864	-0.0756	0.3295	0.0311	-0.0338	0.2505	-0.0744	0.3686	-25.7473	-2.3143	-22.9976
16	0.6942	0.4709	-0.1948	0.5309	0.0035	0.1214	0.1343	-0.1436	0.1176	0.622	-0.6845	0.3746	0.4245	-0.64	-0.3058	0.2697	0.0921	0.002	0.5369	-0.2437	0.4377	-28.7894	-3.0194	-16.1571
17	0.2997	0.4006	0.1372	0.4475	0.0855	0.305	-0.3644	-0.186	0.0263	-0.2164	-0.1203	0.296	0.0175	0.2299	-0.0356	0.4	0.0804	0.0286	0.2885	-0.0818	0.4124	-20.4709	-4.985	-23.332
18	0.1127	-0.0181	-0.0246	0.2712	-0.0056	-0.0108	-0.301	0.2181	-0.1366	-0.3655	0.0283	0.3523	0.4836	-0.079	-0.0001	0.3771	0.0287	-0.0396	0.2764	-0.0545	0.437	-29.5053	-11.9492	-23.6052
19	0.9147	0.5955	0.6439	0.3679	0.0402	1.3542	-0.1632	0.0083	0.2682	0.0909	-0.0555	-0.2576	0.0844	-0.0703	-0.0032	0.349	0.0239	-0.0171	0.2654	-0.0323	0.2504	-23.3271	16.0741	-40.7522
20	1.2193	-0.3418	0.4706	0.1925	-0.1523	0.7525	-0.0082	-0.0262	0.1842	-0.2026	-0.0295	-0.1056	0.2067	-0.027	-0.0035	0.2852	0.0342	-0.0517	0.2392	-0.0301	0.2457	-22.0089	14.3489	-37.77
21	0.1525	-0.3789	0.3292	0.7908	-0.022	0.483	-0.105	0.2262	-0.0147	0.4854	0.2741	-0.0393	0.833	0.2662	0.004	0.435	0.0464	-0.088	0.3473	-0.064	0.2838	-23.7085	12.8879	-34.7682
22	0.3122	-0.3508	0.7704	0.7086	-0.6364	2.0851	-0.2452	-0.0992	0.1781	-0.0987	0.0841	-0.2831	-0.2496	0.2325	-0.1127	0.3153	-0.007	-0.0865	0.2336	-0.0533	0.3123	-17.6598	19.4516	-36.7584

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 336 through 370 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 371 through 421 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 422 through 469 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 470 through 546 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 336 through 433 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 434 through 479 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 480 through 502 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 503 through 545 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 335 through 349 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 350 through 361 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 362 through 396 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 397 through 421 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 428 through 469 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 470 through 544 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 336 through 376 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 377 through 396 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 397 through 412 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 413 through 433 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 434 through 458 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 459 through 480 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 481 through 502 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 503 through 544 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

-
糖 , 3種, 4分子

-
非ポリマー , 3種, 526分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

-糖 , 3種, 4分子

-非ポリマー , 3種, 526分子

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

-
糖 , 3種, 4分子

-
非ポリマー , 3種, 526分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)