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- PDB-5moi: Crystal structure of human IgE-Fc epsilon 3-4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5moi
タイトルCrystal structure of human IgE-Fc epsilon 3-4
要素Ig epsilon chain C region
キーワードIMMUNE SYSTEM / immunoglobulin E / IgE / antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


adaptive immune memory response / primary adaptive immune response / IgE B cell receptor complex / B cell antigen processing and presentation / type I hypersensitivity / Fc receptor-mediated immune complex endocytosis / eosinophil degranulation / IgE immunoglobulin complex / macrophage activation / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling ...adaptive immune memory response / primary adaptive immune response / IgE B cell receptor complex / B cell antigen processing and presentation / type I hypersensitivity / Fc receptor-mediated immune complex endocytosis / eosinophil degranulation / IgE immunoglobulin complex / macrophage activation / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / antibody-dependent cellular cytotoxicity / type 2 immune response / immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin complex, circulating / mast cell degranulation / B cell proliferation / macrophage differentiation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / complement activation, classical pathway / antigen binding / FCERI mediated Ca+2 mobilization / B cell receptor signaling pathway / FCERI mediated MAPK activation / FCERI mediated NF-kB activation / antibacterial humoral response / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / adaptive immune response / immune response / inflammatory response / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold ...: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PHOSPHATE ION / Immunoglobulin heavy constant epsilon
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Dore, K.A. / Davies, A.M. / Drinkwater, N. / Beavil, A.J. / McDonnell, J.M. / Sutton, B.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)G1100090 英国
引用ジャーナル: Biochim. Biophys. Acta / 年: 2017
タイトル: Thermal sensitivity and flexibility of the C epsilon 3 domains in immunoglobulin E.
著者: Dore, K.A. / Davies, A.M. / Drinkwater, N. / Beavil, A.J. / McDonnell, J.M. / Sutton, B.J.
履歴
登録2016年12月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年1月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月3日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_comp_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ig epsilon chain C region
B: Ig epsilon chain C region
C: Ig epsilon chain C region
D: Ig epsilon chain C region
E: Ig epsilon chain C region
F: Ig epsilon chain C region
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,96925
ポリマ－149,5216
非ポリマー6,44819
水3,837213
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.673, 90.296, 92.908
Angle α, β, γ (deg.)114.41, 90.63, 96.10
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Ig epsilon chain C region


分子量: 24920.146 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGHE / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01854

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糖 , 4種, 6分子

#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 707.630 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-2-3-3/a4-b1_b3-c1_b6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1_d6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1_e6-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-2-2/a3-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 226分子

#6: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#8: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.12 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 25% (v/v) PEG1500, 0.1M SPG (succinic acid, sodium dihydrogen phosphate and glycine in the ratio 2:7:7)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→81.61 Å / Num. obs: 70275 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 5.7 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 2.2→2.25 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 1.103 / Mean I/σ(I) obs: 2 / CC1/2: 0.656 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3HA0

3ha0


解像度: 2.2→42.223 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.02 / 位相誤差: 31.36
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2336 2992 4.98 %
Rwork0.2134 --
obs0.2144 60090 84.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→42.223 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8713 0 419 213 9345
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0039374
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.59112824
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9175676
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041552
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051586
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.23610.2622670.2521430X-RAY DIFFRACTION44
2.2361-2.27460.2859800.26111612X-RAY DIFFRACTION50
2.2746-2.3160.3402800.28911727X-RAY DIFFRACTION54
2.316-2.36050.3043890.27541959X-RAY DIFFRACTION60
2.3605-2.40870.26831100.26062031X-RAY DIFFRACTION64
2.4087-2.46110.31141310.26772245X-RAY DIFFRACTION70
2.4611-2.51830.37841120.27172449X-RAY DIFFRACTION75
2.5183-2.58130.28851380.26982581X-RAY DIFFRACTION81
2.5813-2.65110.31071580.25912890X-RAY DIFFRACTION88
2.6511-2.72910.28521510.25452954X-RAY DIFFRACTION94
2.7291-2.81710.30541470.25663238X-RAY DIFFRACTION99
2.8171-2.91780.28061600.25583156X-RAY DIFFRACTION100
2.9178-3.03460.23981720.2573214X-RAY DIFFRACTION100
3.0346-3.17270.28441530.2473257X-RAY DIFFRACTION100
3.1727-3.33990.28121830.23113177X-RAY DIFFRACTION100
3.3399-3.5490.25751590.22363214X-RAY DIFFRACTION100
3.549-3.82290.22211810.20593203X-RAY DIFFRACTION100
3.8229-4.20730.23291620.18263213X-RAY DIFFRACTION100
4.2073-4.81530.17691830.15783220X-RAY DIFFRACTION100
4.8153-6.06390.19142070.18043176X-RAY DIFFRACTION100
6.0639-42.23070.19771690.20173152X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.76582.6838-0.33137.6001-0.53266.97270.20110.0946-0.00030.88190.0652-0.1923-0.24611.4603-0.28760.35320.0006-0.12330.34650.05670.521310.7222-41.489823.5882
25.25992.430.54595.8496-1.65310.82271.0948-1.7014-0.89652.236-0.4017-1.52020.56940.0801-0.19991.222-0.2059-0.29110.72630.1930.800312.192-45.951536.5368
34.47153.44092.55926.4643-0.18483.69950.9673-0.1284-1.08620.6185-0.2377-1.17070.16030.2587-0.16050.8486-0.0116-0.21170.07970.06720.666412.9519-46.825228.5486
44.10570.6882.62653.2227-1.38984.33850.6146-0.8563-1.13040.8883-0.38-0.29860.7852-0.3587-0.72830.7326-0.1074-0.10740.40750.12240.77694.379-50.561625.6506
54.6253-0.15130.38873.9778-0.84774.5887-0.05190.43120.6714-0.22620.2870.3268-0.1182-0.1466-0.14390.16030.03620.01360.1931-0.01950.33751.1503-27.26029.3659
65.46962.8619-2.08594.8257-2.13434.123-0.0391-0.2538-0.9830.1041-0.1058-0.09830.31510.4765-0.01820.26630.016-0.00260.2033-0.05730.42673.6352-31.101715.6154
74.87491.00120.01466.0274-1.82493.3343-0.0540.51261.1295-0.21590.0481-0.3617-0.23630.1771-0.00740.2006-0.00710.01370.25240.00490.42696.5633-24.66138.9133
87.0051.9209-1.06872.9293-4.69488.22240.11980.7144-0.4307-0.8633-0.0607-0.07510.62440.3782-0.05370.27230.00060.0140.3561-0.1560.26527.6827-36.77326.804
96.8671-0.045-0.53673.8907-1.93075.00610.3155-0.7129-0.77420.4962-0.057-0.0691-0.0197-0.4964-0.05130.3309-0.0769-0.04520.4879-0.16950.443-24.1931-23.901629.9691
106.19190.42440.83635.8749-2.13465.74950.4254-1.34-0.94740.4782-0.1770.06090.5309-0.37340.28580.4195-0.0854-0.0450.8949-0.04890.5237-28.5565-28.210335.7849
116.13450.2903-1.85362.4092-1.54384.16760.1801-0.98010.31010.769-0.3484-0.4368-0.7237-0.0206-0.07250.534-0.1223-0.06180.5641-0.23810.5267-22.2731-17.742532.2271
126.0187-1.19550.37026.91581.8955.97290.30930.48680.1006-0.6656-0.2624-0.0032-0.17690.07110.01730.21810.0319-0.00360.2204-0.01320.2364-13.4895-26.27717.6172
135.4383-0.1861-0.50276.66570.22333.80640.31850.29870.3093-0.4843-0.2013-0.16280.2087-0.8739-0.06530.5278-0.01520.00680.4819-0.06870.23826.2924-40.6276-17.1819
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 339 through 354 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 355 through 399 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 400 through 411 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 412 through 443 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 444 through 480 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 481 through 502 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 503 through 527 )
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14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 350 through 370 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 371 through 396 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 397 through 433 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 434 through 458 )
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20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 503 through 544 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 335 through 361 )
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24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 434 through 458 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 459 through 544 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid 336 through 361 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'E' and (resid 362 through 384 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'E' and (resid 385 through 396 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'E' and (resid 397 through 421 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'E' and (resid 422 through 443 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'E' and (resid 444 through 458 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'E' and (resid 459 through 469 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'E' and (resid 470 through 479 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'E' and (resid 480 through 492 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'E' and (resid 493 through 502 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'E' and (resid 503 through 544 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'F' and (resid 339 through 354 )
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'F' and (resid 355 through 384 )
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'F' and (resid 385 through 433 )
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'F' and (resid 434 through 443 )
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'F' and (resid 444 through 480 )
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'F' and (resid 481 through 502 )
43X-RAY DIFFRACTION43chain 'F' and (resid 503 through 544 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る