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- PDB-5mob: ABA RECEPTOR FROM TOMATO, SlPYL1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mob
タイトルABA RECEPTOR FROM TOMATO, SlPYL1
要素SlPYL1_ABA
キーワードSIGNALING PROTEIN / ABA / RECEPTOR / SIGNALING / STRESS
機能・相同性START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Chem-A8S / :
機能・相同性情報
生物種Solanum lycopersicum (トマト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.669 Å
データ登録者Moreno-Alvero, M. / Yunta, C. / Gonzalez-Guzman, M. / Arbona, V. / Granell, A. / Martinez-Ripoll, M. / Infantes, L. / Rodriguez, P.L. / Albert, A.
引用ジャーナル: Mol Plant / 年: 2017
タイトル: Structure of Ligand-Bound Intermediates of Crop ABA Receptors Highlights PP2C as Necessary ABA Co-receptor.
著者: Moreno-Alvero, M. / Yunta, C. / Gonzalez-Guzman, M. / Lozano-Juste, J. / Benavente, J.L. / Arbona, V. / Menendez, M. / Martinez-Ripoll, M. / Infantes, L. / Gomez-Cadenas, A. / Rodriguez, P.L. / Albert, A.
履歴
登録2016年12月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22019年6月12日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: audit_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record
Item: _audit_author.name
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SlPYL1_ABA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0993
ポリマ－25,7381
非ポリマー3602
水3,027168
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area130 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area10190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.470, 87.470, 55.751
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 SlPYL1_ABA


分子量: 25738.443 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Solanum lycopersicum (トマト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: K4CN56
#2: 化合物 ChemComp-A8S / (2Z,4E)-5-[(1S)-1-hydroxy-2,6,6-trimethyl-4-oxocyclohex-2-en-1-yl]-3-methylpenta-2,4-dienoic acid / (+)-abscisic acid / (2Z,4E)-5-[(1S)-1-hydroxy-2,6,6-trimethyl-4-oxo-2-cyclohexen-1-yl]-3-methyl-2,4-pentadienoic acid / アブシジン酸


分子量: 264.317 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H20O4 / コメント: ホルモン*YM
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.08 %
結晶化温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7 / 詳細: 3.5 M de sulfato de amonio pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.93 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.67→28.63 Å / Num. obs: 27365 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.1 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル解像度: 1.67→1.7 Å / 冗長度: 6.1 % / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.7.2_869精密化
Aimlessv7.0データスケーリング
SCALAv7.0データスケーリング
MOLREPv7.0位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.669→28.631 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: NONE / σ(F): 0.69 / 位相誤差: 27.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2218 2827 5.11 %
Rwork0.1914 --
obs0.193 55376 99.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 62.757 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.797 Å20 Å20 Å2
2---9.797 Å2-0 Å2
3---19.5941 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.669→28.631 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1519 0 24 168 1711
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061575
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0012147
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.878578
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064249
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005275
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6691-1.69790.38451590.37162585X-RAY DIFFRACTION99
1.6979-1.72880.37021270.35412654X-RAY DIFFRACTION100
1.7288-1.7620.33791400.32532610X-RAY DIFFRACTION100
1.762-1.7980.30591580.28652613X-RAY DIFFRACTION100
1.798-1.83710.28121270.25132650X-RAY DIFFRACTION100
1.8371-1.87980.27671250.24042643X-RAY DIFFRACTION100
1.8798-1.92680.29781740.2432593X-RAY DIFFRACTION100
1.9268-1.97890.22491390.1952626X-RAY DIFFRACTION100
1.9789-2.03710.25011310.17532656X-RAY DIFFRACTION100
2.0371-2.10280.22011300.17652620X-RAY DIFFRACTION100
2.1028-2.1780.21021610.18382637X-RAY DIFFRACTION100
2.178-2.26510.2441250.20062636X-RAY DIFFRACTION100
2.2651-2.36820.21981530.1782601X-RAY DIFFRACTION100
2.3682-2.4930.23281530.18182628X-RAY DIFFRACTION100
2.493-2.64910.25311360.19522668X-RAY DIFFRACTION100
2.6491-2.85340.25021320.19452619X-RAY DIFFRACTION100
2.8534-3.14030.24021530.19282640X-RAY DIFFRACTION100
3.1403-3.59390.20171590.18352587X-RAY DIFFRACTION100
3.5939-4.52510.16731340.14922656X-RAY DIFFRACTION100
4.5251-28.63540.17141110.17882627X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 25.5726 Å / Origin y: 15.1959 Å / Origin z: 3.8631 Å
111213212223313233
T0.2023 Å2-0.0004 Å2-0.0248 Å2-0.1982 Å2-0.0069 Å2--0.2043 Å2
L1.5786 °2-0.1065 °20.0134 °2-0.9748 °2-0.2317 °2--0.896 °2
S0.042 Å °-0.0139 Å °-0.1412 Å °-0.0148 Å °0.034 Å °0.0259 Å °0.0214 Å °0.007 Å °0.0004 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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