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- PDB-5mnw: Solution structure of the cinaciguat bound human beta1 H-NOX. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mnw
タイトルSolution structure of the cinaciguat bound human beta1 H-NOX.
要素Guanylate cyclase soluble subunit beta-1
キーワードLYASE / soluble guanylate cyclase / H-NOX / cinaciguat
機能・相同性
機能・相同性情報


cytidylate cyclase activity / trans-synaptic signaling by nitric oxide, modulating synaptic transmission / guanylate cyclase / guanylate cyclase complex, soluble / cGMP biosynthetic process / guanylate cyclase activity / presynaptic active zone cytoplasmic component / response to oxygen levels / Nitric oxide stimulates guanylate cyclase / adenylate cyclase activity ...cytidylate cyclase activity / trans-synaptic signaling by nitric oxide, modulating synaptic transmission / guanylate cyclase / guanylate cyclase complex, soluble / cGMP biosynthetic process / guanylate cyclase activity / presynaptic active zone cytoplasmic component / response to oxygen levels / Nitric oxide stimulates guanylate cyclase / adenylate cyclase activity / blood circulation / cGMP-mediated signaling / Smooth Muscle Contraction / cellular response to nitric oxide / nitric oxide mediated signal transduction / nitric oxide-cGMP-mediated signaling / Hsp90 protein binding / signaling receptor activity / glutamatergic synapse / heme binding / protein-containing complex binding / GTP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Haem NO binding associated domain superfamily / Haem NO binding associated / Heme NO binding associated / Heme NO-binding / H-NOX domain superfamily / Haem-NO-binding / Adenylyl cyclase class-4/guanylyl cyclase, conserved site / Guanylate cyclase signature. / NO signalling/Golgi transport ligand-binding domain superfamily / Adenylyl- / guanylyl cyclase, catalytic domain ...Haem NO binding associated domain superfamily / Haem NO binding associated / Heme NO binding associated / Heme NO-binding / H-NOX domain superfamily / Haem-NO-binding / Adenylyl cyclase class-4/guanylyl cyclase, conserved site / Guanylate cyclase signature. / NO signalling/Golgi transport ligand-binding domain superfamily / Adenylyl- / guanylyl cyclase, catalytic domain / Adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase / Adenylate and Guanylate cyclase catalytic domain / Guanylate cyclase domain profile. / Nucleotide cyclase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-Z90 / Guanylate cyclase soluble subunit beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Matzapetakis, M. / Saraiva, I.H.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Solution structure of the cinaciguat bound human beta1 H-NOX.
著者: Matzapetakis, M. / Saraiva, I.H.
履歴
登録2016年12月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Guanylate cyclase soluble subunit beta-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0262
ポリマ－22,4601
非ポリマー5661
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area11500 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 200structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Guanylate cyclase soluble subunit beta-1 / GCS-beta-1 / Guanylate cyclase soluble subunit beta-3 / GCS-beta-3 / Soluble guanylate cyclase small subunit


分子量: 22460.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GUCY1B3, GUC1B3, GUCSB3, GUCY1B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q02153, guanylate cyclase
#2: 化合物 ChemComp-Z90 / 4-({(4-carboxybutyl)[2-(2-{[4-(2-phenylethyl)benzyl]oxy}phenyl)ethyl]amino}methyl)benzoic acid / 4-((4-carboxybutyl)(2-((4-phenethylbenzol)oxy) phenethyl) amino)methyl(benzoic) acid) / BAY-58-2667


分子量: 565.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H39NO5

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-13C HSQC
121isotropic12D 1H-15N HSQC
131isotropic13D HNCO
141isotropic13D (H)CCH-TOCSY
151isotropic13D HNCA
1101isotropic13D HN(CA)CO
191isotropic13D HN(CA)CB
181isotropic13D CBCA(CO)NH
171isotropic13D 1H-15N NOESY
161isotropic13D 1H-13C NOESY
1151isotropic13D HN(COCA)HA
1141isotropic1H[c(0)] H[c(0)].relayed
1131isotropic1H H{[n(0)]+[c(0)]}.through-space
1121isotropic1H[c(0)] H[c(0)].through-space
1111isotropic1H[C] H{[c(0)]+[n(0)]}.through-space
1161isotropic12D 1H-1H NOESY
2191isotropic12D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] beta1 H-NOX, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O
Label: H-NOX / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMbeta1 H-NOX[U-99% 13C; U-99% 15N]1
20 mMsodium phosphatenatural abundance1
50 mMsodium chloridenatural abundance1
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
1110 mMT25C6.5 1 atm298 K
2110 mMT37C6.5 1 atm310 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIBrukerAVANCE II8001
Bruker AVANCE IIBrukerAVANCE II5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CcpNmr Analysis2.4CCPNデータ解析
CNS1.21Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
ARIA2.3Linge, O'Donoghue and Nilgeschemical shift assignment
TopSpin3.2Bruker Biospin解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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