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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5mmr | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of CK2alpha with N-((2-chloro-[1,1'-biphenyl]-4-yl)methyl)butane-1,4-diamine bound | ||||||
要素 | Casein kinase II subunit alpha | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / CK2alpha / CK2a / fragment based drug discovery / high concentration screening / selective ATP competitive inhibitors / surface entrophy reduction | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of chromosome separation / positive regulation of aggrephagy / WNT mediated activation of DVL / Condensation of Prometaphase Chromosomes / protein kinase CK2 complex / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / Receptor Mediated Mitophagy / Sin3-type complex / Synthesis of PC / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known ...regulation of chromosome separation / positive regulation of aggrephagy / WNT mediated activation of DVL / Condensation of Prometaphase Chromosomes / protein kinase CK2 complex / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / Receptor Mediated Mitophagy / Sin3-type complex / Synthesis of PC / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / Maturation of hRSV A proteins / negative regulation of apoptotic signaling pathway / positive regulation of Wnt signaling pathway / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / chaperone-mediated protein folding / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / Signal transduction by L1 / peptidyl-threonine phosphorylation / Hsp90 protein binding / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / PML body / Wnt signaling pathway / Regulation of PTEN stability and activity / positive regulation of protein catabolic process / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / KEAP1-NFE2L2 pathway / double-strand break repair / rhythmic process / kinase activity / positive regulation of cell growth / peptidyl-serine phosphorylation / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / protein stabilization / negative regulation of translation / non-specific serine/threonine protein kinase / regulation of cell cycle / cell cycle / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / DNA damage response / positive regulation of cell population proliferation / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Brear, P. / De Fusco, C. / Georgiou, K. / Iegre, J. / Sore, H. / Hyvonen, M. / Spring, D. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Bioorg. Med. Chem. / 年: 2017 タイトル: A fragment-based approach leading to the discovery of a novel binding site and the selective CK2 inhibitor CAM4066. 著者: De Fusco, C. / Brear, P. / Iegre, J. / Georgiou, K.H. / Sore, H.F. / Hyvonen, M. / Spring, D.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5mmr.cif.gz | 292.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5mmr.ent.gz | 238.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5mmr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5mmr_validation.pdf.gz | 952.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5mmr_full_validation.pdf.gz | 927.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5mmr_validation.xml.gz | 28 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5mmr_validation.cif.gz | 40.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mm/5mmr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mm/5mmr | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 5ct0C 5ctpC 5cu0C 5cu2C 5cx9C 5mmfC 5mo5C 5mo6C 5mo7C 5mo8C 5modC 5moeC 5mohC 5motC 5movC 5mowC 5mp8C 5mpjC 5cvhS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41467.793 Da / 分子数: 2 断片: residues 2-329 and N-terminal extension GSMDIEFDDDADDDGSGSGSGSGS 変異: R21S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSNK2A1, CK2A1 / プラスミド: pHAT4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P68400, non-specific serine/threonine protein kinase #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-ACT / #4: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.07 % / Mosaicity: 0.14 ° |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 112.5mM Mes pH 6.5, 35% glycerol ethoxylate, 180 mM ammonium acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9174 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9174 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.996→46.65 Å / Num. obs: 50014 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 28.41 Å2 / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.147 / Rsym value: 0.147 / Net I/σ(I): 9.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.996→2.002 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.849 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. measured all: 44428 / Num. unique all: 7226 / CC1/2: 0.869 / Rpim(I) all: 0.327 / Rrim(I) all: 0.821 / Rsym value: 0.849 / Net I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 98.1 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5CVH 解像度: 2→46.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9287 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9071 / SU R Cruickshank DPI: 0.186 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.19 / SU Rfree Blow DPI: 0.156 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.156
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原子変位パラメータ | Biso max: 150.25 Å2 / Biso mean: 38.24 Å2 / Biso min: 6.71 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.245 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2→46.65 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.05 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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