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- PDB-5mmd: TMB-1. Structural insights into TMB-1 and the role of residue 119... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mmd
タイトルTMB-1. Structural insights into TMB-1 and the role of residue 119 and 228 in substrate and inhibitor binding
要素Metallo-beta-lactamase 1
キーワードHYDROLASE / Metallo-beta-lactamase / TMB-1 / TMB-2 / Thermal stability / enzyme kinetics / mutants
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase / hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Metallo-beta-lactamase type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Skagseth, S. / Christopeit, T. / Akhter, S. / Bayer, A. / Samuelsen, O. / Leiros, H.-K.S.
資金援助 ノルウェー, 2件
組織認可番号国
Research Council of Norway213808 ノルウェー
research Council of Norway SYNKNOYT 2011218539 ノルウェー
引用ジャーナル: Antimicrob. Agents Chemother. / 年: 2017
タイトル: Structural Insights into TMB-1 and the Role of Residues 119 and 228 in Substrate and Inhibitor Binding.
著者: Skagseth, S. / Christopeit, T. / Akhter, S. / Bayer, A. / Leiros, H.S.
履歴
登録2016年12月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22017年8月2日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.32018年4月25日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / reflns_shell
Item: _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns_shell.Rmerge_I_obs
改定 2.02024年5月8日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI ..._atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: Metallo-beta-lactamase 1
F: Metallo-beta-lactamase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,7889
ポリマ－50,3912
非ポリマー3987
水8,071448
1
E: Metallo-beta-lactamase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4626
ポリマ－25,1951
非ポリマー2675
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
F: Metallo-beta-lactamase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3263
ポリマ－25,1951
非ポリマー1312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.398, 127.195, 44.274
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11E-594-

HOH

21E-597-

HOH

31E-726-

HOH

41E-739-

HOH

51E-744-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Metallo-beta-lactamase 1


分子量: 25195.271 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: blaTMB-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: T2HNV0
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 448 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.34 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.10 M HEPES pH 8.0, 4.75% glycerol 32% polyethylene glycol (PEG) monomethyl ether (MME) 2k.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918409 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918409 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→48 Å / Num. obs: 38067 / % possible obs: 91.9 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 17.09 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.4925 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 59.25

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.75→24.287 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.97
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2479 1827 4.81 %
Rwork0.1924 --
obs0.1951 38019 91.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→24.287 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3410 0 7 448 3865
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0123500
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3194730
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2241269
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049512
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007598
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.75-1.79730.3981850.34471726X-RAY DIFFRACTION58
1.7973-1.85020.3739870.31892006X-RAY DIFFRACTION67
1.8502-1.90990.30861160.28462366X-RAY DIFFRACTION79
1.9099-1.97810.27821550.25152783X-RAY DIFFRACTION93
1.9781-2.05730.26831470.22932963X-RAY DIFFRACTION98
2.0573-2.15080.25481530.21442970X-RAY DIFFRACTION99
2.1508-2.26420.24751550.20432951X-RAY DIFFRACTION99
2.2642-2.40590.23131350.19133019X-RAY DIFFRACTION99
2.4059-2.59150.28191730.1863004X-RAY DIFFRACTION99
2.5915-2.85190.25681460.18343019X-RAY DIFFRACTION99
2.8519-3.26370.23441470.16783061X-RAY DIFFRACTION99
3.2637-4.10870.20981410.14833104X-RAY DIFFRACTION100
4.1087-24.28960.2261870.17343220X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.79270.231-0.01863.982-0.25583.9411-0.1410.08330.6008-0.08610.01270.5258-0.2361-0.39890.06660.12370.05570.01320.1447-0.00230.2198-23.95646.35374.8104
23.15440.50710.023.0372-0.36552.6332-0.0077-0.35690.0577-0.1453-0.0060.60580.0369-0.5531-0.01860.0586-0.00030.0010.20080.00580.2559-28.3843-2.64977.4426
32.20080.7413-0.28353.2417-0.94432.3031-0.11360.12410.0882-0.30480.0078-0.30280.0177-0.00560.07560.08330.00890.01330.093-0.02160.1733-16.8833-0.86363.8568
42.2708-0.23410.60012.45820.2372.0144-0.18760.2347-0.527-0.3174-0.0749-0.72670.19440.26660.17390.1340.00520.08970.1407-0.06040.3608-11.713-12.75975.6531
52.13960.41470.10221.93810.58881.7623-0.09080.2304-0.6340.10490.1202-0.60080.3770.45040.0980.19010.04360.05790.2254-0.01080.3575-9.8723-14.592810.0861
62.88570.5676-0.51722.384-0.55892.3293-0.0147-0.30140.13730.2362-0.0458-0.1967-0.03450.10280.06070.0970.0125-0.03950.1191-0.02780.154-17.7271-2.095221.3615
72.95490.5357-0.35728.3308-2.98174.08880.1046-0.45470.18530.7777-0.02650.302-0.2814-0.1519-0.09430.1490.02870.02140.2593-0.08480.1676-27.0331-2.821330.1693
82.4460.3016-0.10144.52921.42122.4883-0.0009-0.0745-0.06640.10920.0976-0.5446-0.16280.177-0.09310.16960.009-0.00570.11520.00510.2435-27.4431-33.53735.268
90.67120.4306-0.35391.6599-1.06575.55570.1021-0.0813-0.05470.45890.07950.3142-0.8783-0.5846-0.12010.31790.11750.06890.21450.04220.3239-36.5516-33.877612.4931
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'E' and (resid 38 through 51 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'E' and (resid 52 through 64 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'E' and (resid 65 through 124 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'E' and (resid 125 through 148 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'E' and (resid 149 through 175 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'E' and (resid 179 through 279 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'E' and (resid 280 through 297 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'F' and (resid 39 through 88 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'F' and (resid 89 through 295 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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