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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5mm3 | |||||||||
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タイトル | Unstructured MamC magnetite-binding protein located between two helices. | |||||||||
![]() | Sugar ABC transporter substrate-binding protein,Magnetosome protein MamC,Sugar ABC transporter substrate-binding protein | |||||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / Magnetosom / Magnetotactic bacteria / MamC / Magnetite / Biomineralization / Protein-mineral interaction | |||||||||
機能・相同性 | ![]() detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis ...detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / outer membrane-bounded periplasmic space / membrane => GO:0016020 / periplasmic space / DNA damage response / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Nudelman, H. / Zarivach, R. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: The importance of the helical structure of a MamC-derived magnetite-interacting peptide for its function in magnetite formation. 著者: Nudelman, H. / Perez Gonzalez, T. / Kolushiva, S. / Widdrat, M. / Reichel, V. / Peigneux, A. / Davidov, G. / Bitton, R. / Faivre, D. / Jimenez-Lopez, C. / Zarivach, R. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 295.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 238.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 351 / Label seq-ID: 22 - 372
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45190.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: malE, DU73_08550, mamC, XM1_2330 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A0F8QGU4, UniProt: A0A0U5I168, UniProt: P0AEX9*PLUS #2: 多糖 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.75 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.4 M tri-Sodium citrate and 0.1 M HEPES |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.939 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→82.18 Å / Num. obs: 38573 / % possible obs: 82.6 % / 冗長度: 3 % / Rrim(I) all: 0.118 / Net I/σ(I): 23.3 |
反射 シェル | 冗長度: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 4.56 / Rrim(I) all: 0.43 / % possible all: 87.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5E7U 解像度: 2.1→82.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 10.177 / SU ML: 0.137 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.284 / ESU R Free: 0.209 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.307 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.1→82.18 Å
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拘束条件 |
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