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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5mlq | ||||||
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タイトル | Structure of CDPS from Nocardia brasiliensis | ||||||
要素 | CDPS | ||||||
キーワード | LIGASE / Cyclodipeptide Synthase | ||||||
機能・相同性 | Cyclodipeptide synthase superfamily / Cyclodipeptide synthase / Cyclodipeptide synthase / aminoacyltransferase activity / CITRIC ACID / Cyclodipeptide synthase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Nocardia brasiliensis ATCC 700358 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.18 Å | ||||||
データ登録者 | Bourgeois, G. / Seguin, J. / Moutiez, M. / Babin, M. / Belin, P. / Mechulam, Y. / Gondry, M. / Schmitt, E. | ||||||
資金援助 | フランス, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2018 タイトル: Structural basis for partition of the cyclodipeptide synthases into two subfamilies. 著者: Bourgeois, G. / Seguin, J. / Babin, M. / Belin, P. / Moutiez, M. / Mechulam, Y. / Gondry, M. / Schmitt, E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5mlq.cif.gz | 191.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5mlq.ent.gz | 162.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5mlq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5mlq_validation.pdf.gz | 457.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5mlq_full_validation.pdf.gz | 463.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5mlq_validation.xml.gz | 18.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5mlq_validation.cif.gz | 24.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ml/5mlq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ml/5mlq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28555.605 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Nocardia brasiliensis ATCC 700358 (バクテリア) 遺伝子: O3I_025450 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: K0F6G5 #2: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.05 % |
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結晶化 | 温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: PEG3350 22% Tri-ammonium citrate 0.2M pH = 7 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月31日 |
放射 | モノクロメーター: crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.18→46.15 Å / Num. obs: 18802 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 12.9 % / Biso Wilson estimate: 128.88 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 19.04 |
反射 シェル | 解像度: 3.18→3.37 Å / 冗長度: 12.8 % / Rmerge(I) obs: 1.25 / Mean I/σ(I) obs: 2.05 / CC1/2: 0.846 / Rsym value: 1.25 / % possible all: 97.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.18→46.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU R Cruickshank DPI: 0.508 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.501 / SU Rfree Blow DPI: 0.268 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.273
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原子変位パラメータ | Biso mean: 121.24 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.36 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 3.18→46.15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.18→3.37 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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