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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5mld | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of RosB with bound intermediate AFP (8-demethyl-8-aminoriboflavin-5'-phosphate) | ||||||
![]() | BRAMP domain protein | ||||||
![]() | ELECTRON TRANSPORT / Flavodoxin-like / roseoflavin / vitamin B2 | ||||||
機能・相同性 | ![]() 8-demethyl-8-aminoriboflavin-5'-phosphate synthase / antibiotic metabolic process / transaminase activity / antibiotic biosynthetic process / oxidoreductase activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Konjik, V. / Bruenle, S. / Demmer, U. / Vanselow, A. / Sandhoff, R. / Mack, M. / Ermler, U. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The crystal structure of RosB gives insights into the reaction mechanism of this first known member of a new family of flavodoxin-like enzymes 著者: Konjik, V. / Bruenle, S. / Demmer, U. / Vanselow, A. / Sandhoff, R. / Mack, M. / Ermler, U. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 442.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 366 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.9 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 93.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 131.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28899.688 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: BN159_7989 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-8DP / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.34 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法 詳細: 0.3 M sodium formate, 0.1 M potassium chloride, 17 % (v/v) PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 77 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 202389 / % possible obs: 92.9 % / 冗長度: 10.7 % / Rsym value: 0.106 / Net I/σ(I): 15.36 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.7→47.54 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.18 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→47.54 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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