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- PDB-5mkn: Crystal structure of SmAP (LSm) protein from Methanococcus vannielii -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mkn
タイトルCrystal structure of SmAP (LSm) protein from Methanococcus vannielii
要素Like-Sm ribonucleoprotein core
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Lsm / SmAP
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonucleoprotein complex / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
snRNP Sm-like, putative, archaea / SH3 type barrels. - #100 / LSM domain / LSM domain, eukaryotic/archaea-type / snRNP Sm proteins / : / Sm domain profile. / LSM domain superfamily / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / Putative snRNP Sm-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Methanococcus vannielii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Nikulin, A.D. / Lekontseva, N.V. / Tishchenko, S.V. / Kravchenko, O.V.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号国
Russian Scientific Foundation14-14-00496 ロシア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of SmAP (LSm) protein from Methanococcus vannielii in complex with URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE
著者: Nikulin, A.D. / Lekontseva, N.V. / Tishchenko, S.V. / Kravchenko, O.V.
履歴
登録2016年12月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Like-Sm ribonucleoprotein core
B: Like-Sm ribonucleoprotein core
C: Like-Sm ribonucleoprotein core
D: Like-Sm ribonucleoprotein core
E: Like-Sm ribonucleoprotein core
F: Like-Sm ribonucleoprotein core
G: Like-Sm ribonucleoprotein core
H: Like-Sm ribonucleoprotein core
I: Like-Sm ribonucleoprotein core
J: Like-Sm ribonucleoprotein core
K: Like-Sm ribonucleoprotein core
L: Like-Sm ribonucleoprotein core
M: Like-Sm ribonucleoprotein core
N: Like-Sm ribonucleoprotein core
O: Like-Sm ribonucleoprotein core
P: Like-Sm ribonucleoprotein core
Q: Like-Sm ribonucleoprotein core
R: Like-Sm ribonucleoprotein core
T: Like-Sm ribonucleoprotein core
U: Like-Sm ribonucleoprotein core
V: Like-Sm ribonucleoprotein core
W: Like-Sm ribonucleoprotein core
X: Like-Sm ribonucleoprotein core
Y: Like-Sm ribonucleoprotein core
Z: Like-Sm ribonucleoprotein core
a: Like-Sm ribonucleoprotein core
b: Like-Sm ribonucleoprotein core
d: Like-Sm ribonucleoprotein core
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)239,88068
ポリマ－228,21328
非ポリマー11,66840
水1,04558
1
A: Like-Sm ribonucleoprotein core
B: Like-Sm ribonucleoprotein core
C: Like-Sm ribonucleoprotein core
D: Like-Sm ribonucleoprotein core
E: Like-Sm ribonucleoprotein core
F: Like-Sm ribonucleoprotein core
G: Like-Sm ribonucleoprotein core
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,42419
ポリマ－57,0537
非ポリマー3,37012
水1267
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16480 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area21720 Å2
手法PISA
2
H: Like-Sm ribonucleoprotein core
I: Like-Sm ribonucleoprotein core
J: Like-Sm ribonucleoprotein core
K: Like-Sm ribonucleoprotein core
L: Like-Sm ribonucleoprotein core
M: Like-Sm ribonucleoprotein core
N: Like-Sm ribonucleoprotein core
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,71116
ポリマ－57,0537
非ポリマー2,6589
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15900 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area21730 Å2
手法PISA
3
O: Like-Sm ribonucleoprotein core
P: Like-Sm ribonucleoprotein core
Q: Like-Sm ribonucleoprotein core
R: Like-Sm ribonucleoprotein core
T: Like-Sm ribonucleoprotein core
U: Like-Sm ribonucleoprotein core
d: Like-Sm ribonucleoprotein core
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,84116
ポリマ－57,0537
非ポリマー2,7889
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16140 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area22090 Å2
手法PISA
4
V: Like-Sm ribonucleoprotein core
W: Like-Sm ribonucleoprotein core
X: Like-Sm ribonucleoprotein core
Y: Like-Sm ribonucleoprotein core
Z: Like-Sm ribonucleoprotein core
a: Like-Sm ribonucleoprotein core
b: Like-Sm ribonucleoprotein core
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,90517
ポリマ－57,0537
非ポリマー2,85210
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15740 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area22140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.015, 97.869, 123.448
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.88, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 ...
Like-Sm ribonucleoprotein core / SmAP


分子量: 8150.450 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Methanococcus vannielii (古細菌) / 遺伝子: Mevan_0470 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: A6UPF5
#2: 化合物...
ChemComp-U5P / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE


分子量: 324.181 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H13N2O9P
#3: 化合物
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL


分子量: 194.226 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.41 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 30% PEG 400, 50 mM Tris HCl pH 8.5, 100 mM KCl, 10 mM MgCl2, 15 mM UMP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97242 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97242 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→50 Å / Num. obs: 68169 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.75 % / Net I/σ(I): 12.27
反射 シェル解像度: 2.55→2.65 Å / 冗長度: 3.84 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / CC1/2: 0.914 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4XQ3

4xq3


解像度: 2.55→48.935 Å / SU ML: 0.51 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 36.94
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3147 3408 5 %
Rwork0.2326 --
obs0.2366 68169 99.18 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→48.935 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15469 0 646 58 16173
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00516295
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8921930
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.38110080
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0532612
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042693
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.55-2.58640.36121440.3032733X-RAY DIFFRACTION100
2.5864-2.62510.42671420.32262689X-RAY DIFFRACTION100
2.6251-2.66610.45221410.3362692X-RAY DIFFRACTION100
2.6661-2.70980.39751410.33022661X-RAY DIFFRACTION100
2.7098-2.75650.38871430.31712717X-RAY DIFFRACTION100
2.7565-2.80660.41821410.32642696X-RAY DIFFRACTION100
2.8066-2.86060.42971420.31862699X-RAY DIFFRACTION100
2.8606-2.9190.43411430.312717X-RAY DIFFRACTION100
2.919-2.98240.37821410.29652675X-RAY DIFFRACTION100
2.9824-3.05180.38561430.29722712X-RAY DIFFRACTION100
3.0518-3.12810.37831420.3022701X-RAY DIFFRACTION100
3.1281-3.21270.36241420.29782690X-RAY DIFFRACTION100
3.2127-3.30720.38891410.2922692X-RAY DIFFRACTION100
3.3072-3.41390.35811430.26782710X-RAY DIFFRACTION99
3.4139-3.53590.33821430.25022722X-RAY DIFFRACTION99
3.5359-3.67740.33241360.25132580X-RAY DIFFRACTION96
3.6774-3.84470.30291350.25052584X-RAY DIFFRACTION94
3.8447-4.04730.35141430.23742713X-RAY DIFFRACTION99
4.0473-4.30080.27041420.20982687X-RAY DIFFRACTION99
4.3008-4.63260.24241430.17382720X-RAY DIFFRACTION99
4.6326-5.09840.27411420.17552708X-RAY DIFFRACTION100
5.0984-5.83510.2771440.20222735X-RAY DIFFRACTION99
5.8351-7.34760.32171440.22272727X-RAY DIFFRACTION99
7.3476-48.94350.24791470.18462801X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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