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- PDB-5mi7: BtGH84 mutant with covalent modification by MA4 in complex with PUGNAc -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mi7
タイトルBtGH84 mutant with covalent modification by MA4 in complex with PUGNAc
要素O-GlcNAcase BT_4395
キーワードHYDROLASE / activator
機能・相同性
機能・相同性情報


protein O-GlcNAcase / protein deglycosylation / [protein]-3-O-(N-acetyl-D-glucosaminyl)-L-serine/L-threonine O-N-acetyl-alpha-D-glucosaminase activity / beta-N-acetylglucosaminidase activity / carbohydrate metabolic process / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Carbohydrate binding module family 32 / Bacterial GH84, post-catalytic domain / Hyaluronidase post-catalytic domain-like / Beta-N-acetylglucosaminidase / beta-N-acetylglucosaminidase / Glycosyl hydrolases family 84 (GH84) domain profile. / : / Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like ...: / : / Carbohydrate binding module family 32 / Bacterial GH84, post-catalytic domain / Hyaluronidase post-catalytic domain-like / Beta-N-acetylglucosaminidase / beta-N-acetylglucosaminidase / Glycosyl hydrolases family 84 (GH84) domain profile. / : / Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like / Beta-hexosaminidase, bacterial type, N-terminal / Glycosyl hydrolase family 20, domain 2 / Chitobiase; domain 2 / Beta-hexosaminidase-like, domain 2 / Glycosyl hydrolase, all-beta / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7NT / Chem-OAN / O-GlcNAcase BT_4395
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Darby, J.F. / Davies, G.J. / Hubbard, R.E.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/N008332/1 英国
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2017
タイトル: Increase of enzyme activity through specific covalent modification with fragments.
著者: Darby, J.F. / Atobe, M. / Firth, J.D. / Bond, P. / Davies, G.J. / O'Brien, P. / Hubbard, R.E.
履歴
登録2016年11月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: O-GlcNAcase BT_4395
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,2874
ポリマ－83,6011
非ポリマー6863
水2,540141
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area760 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area30050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)195.193, 51.823, 108.234
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.61, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 O-GlcNAcase BT_4395 / Beta-N-acetylglucosaminidase / Beta-N-acetylhexosaminidase / Beta-hexosaminidase / Hexosaminidase B ...Beta-N-acetylglucosaminidase / Beta-N-acetylhexosaminidase / Beta-hexosaminidase / Hexosaminidase B / N-acetyl-beta-glucosaminidase


分子量: 83601.453 Da / 分子数: 1 / 変異: C420S, Y550C, C654S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
遺伝子: BT_4395 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
参照: UniProt: Q89ZI2, protein O-GlcNAcase, beta-N-acetylhexosaminidase
#2: 化合物 ChemComp-OAN / O-(2-ACETAMIDO-2-DEOXY D-GLUCOPYRANOSYLIDENE) AMINO-N-PHENYLCARBAMATE / PUGNAc / PUGNAc


分子量: 353.327 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H19N3O7 / コメント: 阻害剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-7NT / ~{N}-(4-morpholin-4-ylthieno[2,3-d]pyrimidin-2-yl)propanamide


分子量: 292.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H16N4O2S
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.59 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 4% PEG 8K, 125mM Imidazole, 3% TMAO, 15% ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月30日
放射モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→100.62 Å / Num. obs: 59272 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4 % / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル解像度: 2.1→2.16 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2CHO

2cho


解像度: 2.1→100.62 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 37.32
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2488 5637 5.02 %
Rwork0.2126 --
obs0.2143 58982 97.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→100.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5447 0 46 141 5634
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0045636
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5817620
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.3583384
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043807
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004984
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.9376-0.2896-0.62823.55890.50195.0570.0597-0.3685-0.1950.5748-0.00230.13220.1176-0.3815-0.0440.3699-0.0165-0.05510.32850.07830.273916.797-4.462446.7206
20.93390.19650.1382.15250.00061.67790.06240.0981-0.1217-0.1177-0.0057-0.3446-0.05930.2713-0.03930.18330.019-0.02660.2398-0.02520.265430.41728.63321.2089
30.84450.6979-0.08891.89861.28531.63150.06660.083-0.2586-0.32260.0269-0.01060.53320.1739-0.05360.6160.119-0.17770.2855-0.02410.396512.1435-17.13784.7135
40.4656-0.2772-0.30323.20560.28071.31410.02970.18410.0167-0.4580.1755-0.39470.2260.1588-0.20250.53820.0682-0.07630.3754-0.05450.381314.7053-8.4427-12.4601
51.4088-0.45-1.40931.271-0.0051.59330.06620.648-0.0614-0.45770.2175-0.6864-0.14431.0582-0.2840.70040.04420.31730.8551-0.14830.515525.44859.4764-25.0641
65.1093-5.20933.70158.4801-1.81238.6542-0.2253-0.6189-0.44280.53150.2349-0.07870.21540.67980.02470.31890.02880.06960.5009-0.04840.604920.61597.7956-15.6845
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 4:128)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 129:407)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 408:523)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 524:645)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 646:707)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 708:715)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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