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- PDB-5mhf: Murine endoplasmic reticulum alpha-glucosidase I with N-9'-methox... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mhf
タイトルMurine endoplasmic reticulum alpha-glucosidase I with N-9'-methoxynonyl-1-deoxynojirimycin.
要素Mannosyl-oligosaccharide glucosidase
キーワードHYDROLASE / GH63 / Glucosidase / Iminosugar
機能・相同性
機能・相同性情報


mannosyl-oligosaccharide glucosidase / Glc3Man9GlcNAc2 oligosaccharide glucosidase activity / oligosaccharide metabolic process / protein N-linked glycosylation / membrane => GO:0016020 / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolase family 63, C-terminal / Glycosyl hydrolase family 63, N-terminal / Glycosyl hydrolase family 63, N-terminal domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 63 C-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 63 N-terminal domain / Glycoside hydrolase family 63 / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
N-9'-methoxynonyl-1-deoxynojirimycin / 2,5,8,11,14,17,20,23-OCTAOXAPENTACOSAN-25-OL / Mannosyl-oligosaccharide glucosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Hill, J.C. / Caputo, A.T. / Roversi, P. / Zitzmann, N.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Wellcome Trust106272/Z/14/Z 英国
Wellcome Trust097300/Z/11/Z 英国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Targeting Endoplasmic Reticulum alpha-Glucosidase I with a Single-Dose Iminosugar Treatment Protects against Lethal Influenza and Dengue Virus Infections.
著者: Warfield, K.L. / Alonzi, D.S. / Hill, J.C. / Caputo, A.T. / Roversi, P. / Kiappes, J.L. / Sheets, N. / Duchars, M. / Dwek, R.A. / Biggins, J. / Barnard, D. / Shresta, S. / Treston, A.M. / Zitzmann, N.
履歴
登録2016年11月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author
Item: _chem_comp.type / _citation.country ..._chem_comp.type / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_alt_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年4月24日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mannosyl-oligosaccharide glucosidase
B: Mannosyl-oligosaccharide glucosidase
C: Mannosyl-oligosaccharide glucosidase
D: Mannosyl-oligosaccharide glucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)362,04230
ポリマ－355,2834
非ポリマー6,75926
水24,9871387
1
A: Mannosyl-oligosaccharide glucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,2377
ポリマ－88,8211
非ポリマー1,4166
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Mannosyl-oligosaccharide glucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,2377
ポリマ－88,8211
非ポリマー1,4166
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Mannosyl-oligosaccharide glucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,7848
ポリマ－88,8211
非ポリマー1,9637
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Mannosyl-oligosaccharide glucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,7848
ポリマ－88,8211
非ポリマー1,9637
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)108.010, 130.920, 135.370
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.53, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Mannosyl-oligosaccharide glucosidase / Glucosidase 1 / Glycoprotein-processing glucosidase I


分子量: 88820.656 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Mogs, Gcs1 / プラスミド: pOPINGS / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 器官 (発現宿主): Kidney / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q80UM7, mannosyl-oligosaccharide glucosidase

-
糖 , 2種, 4分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 1409分子

#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-6A9 / N-9'-methoxynonyl-1-deoxynojirimycin


分子量: 319.437 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H33NO5
#6: 化合物
ChemComp-7PG / 2,5,8,11,14,17,20,23-OCTAOXAPENTACOSAN-25-OL / オクタエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル


分子量: 384.462 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H36O9
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1387 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.29 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.09M Morpheus NPS, 0.1M Morpheus Buffer System 1 pH 6.5, 50% v/v Morpheus Precipitant Mix 1

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92819 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92819 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→133.5 Å / Num. obs: 215063 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 33.23 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.133 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 2.1→2.107 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 1.164 / Mean I/σ(I) obs: 1 / CC1/2: 0.482 / % possible all: 96.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4J5T

4j5t


解像度: 2.1→133.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU R Cruickshank DPI: 0.192 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.189 / SU Rfree Blow DPI: 0.156 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.158
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.216 10477 4.88 %RANDOM
Rwork0.188 ---
obs0.189 214780 99.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 43.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.7734 Å20 Å2-0.4281 Å2
2--3.471 Å20 Å2
3----1.6976 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.31 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.1→133.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23398 0 1052 1387 25837
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0125555HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0834820HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d8308SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes496HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes3684HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it25555HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.25
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.46
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion3025SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies4HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact26961SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.245 784 4.97 %
Rwork0.22 14997 -
all0.221 15781 -
obs--98.88 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1790.0855-0.09530.702-0.41530.8806-0.00160.07690.17040.00710.06470.099-0.08280.0039-0.0631-0.2218-0.0327-0.02490.13740.0413-0.180348.8118.314.2273
21.18190.20390.310.67860.41190.9294-0.0616-0.09250.16240.04060.026-0.0197-0.0348-0.1090.0357-0.24750.0623-0.04010.1991-0.0346-0.215216.73418.0569-49.0017
30.6763-0.0016-0.06080.13820.18762.4589-0.05830.01610.0080.0510.0418-0.05790.14010.19590.0166-0.22590.0364-0.0180.1848-0.0078-0.230258.81071.2138-52.457
40.99770.0732-0.23130.162-0.05721.4354-0.04490.1714-0.0105-0.03690.01220.04540.083-0.18520.0327-0.2287-0.0398-0.01380.2239-0.0068-0.21576.83581.038717.4527
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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