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- PDB-5mgq: Solution structure of oxidized and amidated human IAPP (1-37), th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mgq
タイトルSolution structure of oxidized and amidated human IAPP (1-37), the diabetes II peptide.
要素Islet amyloid polypeptide
キーワードPROTEIN FIBRIL / Recombinant human IAPP / Type II Diabetes
機能・相同性
機能・相同性情報


amylin receptor 3 signaling pathway / amylin receptor 2 signaling pathway / amylin receptor 1 signaling pathway / amylin receptor signaling pathway / Calcitonin-like ligand receptors / negative regulation of amyloid fibril formation / negative regulation of bone resorption / eating behavior / negative regulation of osteoclast differentiation / Regulation of gene expression in beta cells ...amylin receptor 3 signaling pathway / amylin receptor 2 signaling pathway / amylin receptor 1 signaling pathway / amylin receptor signaling pathway / Calcitonin-like ligand receptors / negative regulation of amyloid fibril formation / negative regulation of bone resorption / eating behavior / negative regulation of osteoclast differentiation / Regulation of gene expression in beta cells / positive regulation of cAMP/PKA signal transduction / bone resorption / negative regulation of protein-containing complex assembly / sensory perception of pain / positive regulation of calcium-mediated signaling / osteoclast differentiation / hormone activity / cell-cell signaling / amyloid-beta binding / G alpha (s) signalling events / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of apoptotic process / Amyloid fiber formation / receptor ligand activity / signaling receptor binding / neuronal cell body / apoptotic process / lipid binding / signal transduction / extracellular space / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Islet amyloid polypeptide / Calcitonin-like / Calcitonin peptide-like / Calcitonin, conserved site / Calcitonin / CGRP / IAPP family signature. / calcitonin / Calcitonin/adrenomedullin / Calcitonin / CGRP / IAPP family
類似検索 - ドメイン・相同性
Islet amyloid polypeptide
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Rodriguez Camargo, D.C. / Tripsianes, K. / Reif, B.
資金援助 ドイツ, チェコ, 3件
組織認可番号国
German Research FoundationProject-B07 ドイツ
Helmholtz-GemeinschaftGrants Re1435 ドイツ
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech RepublicCEITEC 2020 (LQ1601) チェコ
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: The redox environment triggers conformational changes and aggregation of hIAPP in Type II Diabetes.
著者: Rodriguez Camargo, D.C. / Tripsianes, K. / Buday, K. / Franko, A. / Gobl, C. / Hartlmuller, C. / Sarkar, R. / Aichler, M. / Mettenleiter, G. / Schulz, M. / Boddrich, A. / Erck, C. / Martens, ...著者: Rodriguez Camargo, D.C. / Tripsianes, K. / Buday, K. / Franko, A. / Gobl, C. / Hartlmuller, C. / Sarkar, R. / Aichler, M. / Mettenleiter, G. / Schulz, M. / Boddrich, A. / Erck, C. / Martens, H. / Walch, A.K. / Madl, T. / Wanker, E.E. / Conrad, M. / de Angelis, M.H. / Reif, B.
履歴
登録2016年11月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月6日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22018年1月17日Group: Structure summary / カテゴリ: entity / Item: _entity.details
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 2.02025年4月9日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Islet amyloid polypeptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,9071
ポリマ－3,9071
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area200 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area3260 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Islet amyloid polypeptide


分子量: 3907.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Residue name "TYC" refers to amidation of C-terminal TYR.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IAPP
詳細 (発現宿主): Transformed plasmids containing T7 promoter driven expression are repressed until IPTG induction of T7 RNA polymerase from a lac promoter.
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P10997
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC
131isotropic13D HN(CA)CB
141isotropic13D CBCA(CO)NH
151isotropic23D (H)CCH-TOCSY
161isotropic33D 1H-15N NOESY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 150 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] Islet Amyloid Polypeptide (IAPP or Amylin), 90% H2O/10% D2O
Label: 15_N13_C hIAPP / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 150 uM / 構成要素: Islet Amyloid Polypeptide (IAPP or Amylin) / Isotopic labeling: [U-99% 13C; U-99% 15N]
試料状態詳細: Lyophilized hIAPP(1-37) was dissolved into NMR buffer (30 mM deuterated acetic acid, pH 5.3) containing 10 % D2O for locking. The samples were measured and stored at 277K. The formation of ...詳細: Lyophilized hIAPP(1-37) was dissolved into NMR buffer (30 mM deuterated acetic acid, pH 5.3) containing 10 % D2O for locking. The samples were measured and stored at 277K. The formation of the intramolecular disulfide bond was confirmed by NMR
イオン強度: 0 Not defined / Label: 15_N13_C hIAPP / pH: 5.3 / 圧: 1 atm / 温度: 278 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE5001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6002
Bruker AVANCEBrukerAVANCE7503

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBrunger A. T. et.al.精密化
SparkyGoddardchemical shift assignment
TopSpinBruker Biospin解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
SparkyGoddardpeak picking
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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