PDB-5mfd: Designed armadillo repeat protein YIIIM''6AII in complex with pD_(KR)5

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5mfd

タイトル

Designed armadillo repeat protein YIIIM''6AII in complex with pD_(KR)5

要素

Capsid decoration protein,pD_(KR)5
YIIIM''6AII

キーワード

DE NOVO PROTEIN / Designed armadillo repeat protein / peptide binding

機能・相同性

機能・相同性情報

viral capsid, decoration / viral DNA genome packaging / host cell cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

synthetic construct (人工物)

Enterobacteria phage lambda (λファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Hansen, S. / Kiefer, J. / Madhurantakam, C. / Mittl, P. / Plueckthun, A.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2017
タイトル: Structures of designed armadillo repeat proteins binding to peptides fused to globular domains.
著者: Hansen, S. / Kiefer, J.D. / Madhurantakam, C. / Mittl, P.R.E. / Pluckthun, A.

履歴

登録	2016年11月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年7月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年10月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2018年4月25日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.Rmerge_I_obs
改定 1.3	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5mfd.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5mfd.ent.gz	940.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5mfd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5mfd_validation.pdf.gz	502.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5mfd_full_validation.pdf.gz	515.5 KB	表示
XML形式データ	5mfd_validation.xml.gz	94.4 KB	表示
CIF形式データ	5mfd_validation.cif.gz	135.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mf/5mfd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mf/5mfd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5mfcC 1tczS 5aeiS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5suj-1 4mxm-d 5y3a-1 6k11-2 5suj-2 1pxy-2 1o7f-d 4bkw-d 5yej-2 2i5r-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: YIIIM''6AII

B: Capsid decoration protein,pD_(KR)5

C: YIIIM''6AII

D: Capsid decoration protein,pD_(KR)5

E: YIIIM''6AII

F: Capsid decoration protein,pD_(KR)5

G: YIIIM''6AII

H: Capsid decoration protein,pD_(KR)5

I: YIIIM''6AII

J: YIIIM''6AII

K: YIIIM''6AII

L: YIIIM''6AII

ヘテロ分子

323 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: YIIIM''6AII

B: Capsid decoration protein,pD_(KR)5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
46.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: YIIIM''6AII

D: Capsid decoration protein,pD_(KR)5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
45.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: YIIIM''6AII

F: Capsid decoration protein,pD_(KR)5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
46.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

G: YIIIM''6AII

H: Capsid decoration protein,pD_(KR)5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
46.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

I: YIIIM''6AII

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

6

J: YIIIM''6AII

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

7

K: YIIIM''6AII

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

8

L: YIIIM''6AII

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	194.660, 194.660, 241.740
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

#1: タンパク質	YIIIM''6AII 分子量: 34353.270 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
#2: タンパク質	Capsid decoration protein,pD_(KR)5 / Auxiliary protein D / Gene product D / gpD / Major capsid protein D 分子量: 11479.043 Da / 分子数: 4 / Fragment: UNP residues 21-110 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacteria phage lambda (λファージ) 遺伝子: D, lambdap07 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P03712
#3: 化合物	... ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 485 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.16 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 28.0%v/v PEG 400, 0.2M Calcium chloride, 0.1M Na HEPES pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 1.2395 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.2395 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→49.12 Å / Num. obs: 300594 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.3 % / B_iso Wilson estimate: 60.92 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.23 / Net I/σ(I): 8.45
反射シェル	解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 10.3 % / R_merge(I) obs: 1.149 / Mean I/σ(I) obs: 0.24 / CC_1/2: 0.084 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.2	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1TCZ and 5AEI

1tcz

5aei

解像度: 2.3→49.12 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU R Cruickshank DPI: 0.178 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.169 / SU R_free Blow DPI: 0.149 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.155

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.214	11555	5.05 %	RANDOM
R_work	0.19	-	-	-
obs	0.191	228790	99.8 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 76.08 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-7.8016 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-7.8016 Å²	0 Å²
3-	-	-	15.6033 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.36 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.3→49.12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	22206	0	49	485	22740

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.009	22583	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.11	30774	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		7893	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		848	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		3135	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		22583	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		7	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.07
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	19.65
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		3077	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies		7	HARMONIC	1
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		26854	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.269	904	5.44 %
R_work	0.251	15722	-
all	0.252	16626	-
obs	-	-	98.1 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1556	0.2641	0.8297	1.6977	1.528	2.1394	-0.3324	0.2677	-0.0775	-0.6467	0.3405	0.0374	-0.4831	0.6744	-0.0081	0.1804	-0.4765	0.0284	0.0414	0.0087	-0.2901	-55.122	56.7333	-123.825
2	0.1094	-0.6499	1.5373	2.6234	-3.308	2.1046	0.2989	-0.0717	-0.1673	-0.1805	-0.2029	0.1333	0.6336	0.0807	-0.096	0.152	-0.0755	0.0325	-0.0121	-0.0012	-0.1141	-65.1179	71.1848	-143.283
3	0.6339	0.2	0.852	0.5344	0.8543	2.2057	-0.0094	-0.0328	0.0497	-0.0363	-0.0478	0.0102	0.0822	0.0533	0.0572	0.0322	-0.234	0.0194	-0.0434	-0.0003	-0.1165	-64.397	49.1714	-101.029
4	-0.3433	-0.5462	-1.2652	2.922	2.2312	3.8727	-0.1703	0.1323	0.0296	0.0313	0.247	0.171	0.3594	0.046	-0.0767	-0.0629	-0.0523	-0.0956	0.0973	0.0109	-0.0963	-76.2901	69.2647	-82.9667
5	1.4789	-0.5009	-0.5914	0.4501	-0.0859	1.3474	-0.033	-0.339	0.0451	0.0964	0.0415	0.0674	-0.1923	0.0645	-0.0084	-0.1619	-0.0035	-0.0195	0.133	-0.0447	-0.1639	-74.0422	91.2789	-41.3138
6	2.398	-1.7521	1.9632	1.3466	-3.4745	4.0682	-0.1453	0.036	0.0612	0.0888	0.1844	0.0011	-0.3464	-0.2552	-0.039	-0.1265	0.0295	-0.1157	0.2144	-0.0928	-0.1148	-67.596	75.3529	-21.6222
7	0.8872	0.0794	0.9311	0.3393	0.7876	2.4887	0.1231	-0.2752	-0.0207	0.1965	-0.1589	0.0341	0.4806	-0.6038	0.0358	-0.1019	-0.2078	0.0185	0.1856	0.0182	-0.2149	-58.7934	54.7677	19.3369
8	-0.5558	0.5425	1.422	5.516	2.6644	3.0287	-0.042	0.0304	-0.1432	-0.0016	0.0743	0.3221	0.2041	0	-0.0323	-0.1884	-0.2788	-0.0277	0.1784	0.21	0.0363	-68.7713	73.1908	38.3103
9	1.0176	0.3288	-1.0275	0.3588	-0.3756	2.5083	-0.1011	0.1779	-0.0039	-0.0424	0.0446	-0.0639	-0.0073	-0.2623	0.0565	-0.1912	0.0392	0.0034	0.1376	0.0069	-0.1238	-86.001	89.3282	-63.9953
10	0.1115	0.3697	0.4258	1.0265	0.8905	2.827	-0.0806	0.1093	-0.0489	-0.0354	0.0212	0.1499	0.1028	-0.0183	0.0594	-0.1991	-0.1335	-0.0286	0.144	0.0043	-0.1179	-49.683	63.0871	-3.5104
11	0.7051	-0.0949	-0.6079	0.2202	0.07	2.3916	0.0003	-0.0347	-0.0434	0.0168	-0.0321	0.1125	-0.0504	-0.1552	0.0317	-0.1685	-0.1091	0.0056	0.1075	0.0027	-0.0688	-66.2218	93.5932	80.1327
12	0.4742	0.5528	-0.8269	0.7559	-0.4412	2.3437	-0.1289	0.3769	0.0516	-0.1122	0.1093	0.0376	0.1385	-0.69	0.0196	-0.2342	-0.1621	-0.0225	0.2605	0.0007	-0.1477	-78.0999	92.0078	57.3424

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|* }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D\|* }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ E\|* }
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ F\|* }
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{ G\|* }
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{ H\|* }
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{ I\|* }
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{ J\|* }
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{ K\|* }
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{ L\|* }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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万見 (Yorodumi)