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万見
- PDB-5mf1: Crystal structure of a C-terminally truncated trimeric ectodomain... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mf1
タイトルCrystal structure of a C-terminally truncated trimeric ectodomain of the Chlamydomonas reinhardtii gamete fusion protein HAP2
要素Fusion protein HAP2/GCS1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / class II membrane fusion protein / type I transmembrane protein / glycoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


fusion of sperm to egg plasma membrane involved in single fertilization / cell projection membrane / protein insertion into membrane / cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle / lipid binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Generative cell specific-1/HAP2 domain / Male gamete fusion factor / HAP2/GCS1
類似検索 - ドメイン・相同性
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose / Hapless 2
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Fedry, J. / Rey, F.A. / Krey, T.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
European Research Council"CelCelFus" フランス
引用ジャーナル: Cell / 年: 2017
タイトル: The Ancient Gamete Fusogen HAP2 Is a Eukaryotic Class II Fusion Protein.
著者: Fedry, J. / Liu, Y. / Pehau-Arnaudet, G. / Pei, J. / Li, W. / Tortorici, M.A. / Traincard, F. / Meola, A. / Bricogne, G. / Grishin, N.V. / Snell, W.J. / Rey, F.A. / Krey, T.
履歴
登録2016年11月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月16日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.type
改定 1.22020年7月29日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_audit_support / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fusion protein HAP2/GCS1
B: Fusion protein HAP2/GCS1
C: Fusion protein HAP2/GCS1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)194,5879
ポリマ－193,2593
非ポリマー1,3276
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17370 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area50290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.970, 114.060, 137.420
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Fusion protein HAP2/GCS1


分子量: 64419.812 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
遺伝子: HAP2/GCS1 / 細胞株 (発現宿主): Schneider 2
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: A4GRC6
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 糖 ChemComp-NGA / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose / 2-(アセチルアミノ)-2-デオキシ-β-D-ガラクトピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGalpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-galactopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GalpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM HEPES pH7.5 2% 2-Propanol 100 mM sodium acetate 12-14%w/v PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.965 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.965 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→48.62 Å / Num. obs: 25181 / % possible obs: 99.59 % / 冗長度: 4.86 % / Biso Wilson estimate: 93.84 Å2 / CC1/2: 0.989 / Rpim(I) all: 0.1051 / Net I/σ(I): 7.49
反射 シェル解像度: 3.3→3.418 Å / 冗長度: 4.9 % / CC1/2: 0.421 / Rpim(I) all: 0.6426 / % possible all: 99.07

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 3.3→48.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8893 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.833 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.543
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2662 1259 5 %RANDOM
Rwork0.219 ---
obs0.2213 25161 99.76 %-
原子変位パラメータBiso mean: 88.79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-21.9868 Å20 Å20 Å2
2---8.3628 Å20 Å2
3----13.624 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.49 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.3→48.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9948 0 84 0 10032
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00810246HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1213969HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3407SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes215HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1499HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it10246HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.36
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.94
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1390SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact11590SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.44 Å / Total num. of bins used: 13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2741 140 5.02 %
Rwork0.249 2650 -
all0.2502 2790 -
obs--99.04 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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