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万見
- PDB-5mev: MCL1 FAB COMPLEX IN COMPLEX WITH COMPOUND 21 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mev
タイトルMCL1 FAB COMPLEX IN COMPLEX WITH COMPOUND 21
要素
  • Fab Heavy Chain
  • Fab Light Chain
  • Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 homolog,Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
キーワードIMMUNE SYSTEM / MCL1 FAB macrocycle / MCL1-FAB_55_C6HIS
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / cell fate determination / cellular homeostasis / Bcl-2 family protein complex / mitochondrial fusion / BH domain binding / BH3 domain binding / negative regulation of anoikis / protein transmembrane transporter activity / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand ...positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / cell fate determination / cellular homeostasis / Bcl-2 family protein complex / mitochondrial fusion / BH domain binding / BH3 domain binding / negative regulation of anoikis / protein transmembrane transporter activity / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of autophagy / response to cytokine / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / channel activity / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / regulation of apoptotic process / mitochondrial outer membrane / cell differentiation / protein dimerization activity / positive regulation of apoptotic process / protein heterodimerization activity / DNA damage response / protein-containing complex binding / negative regulation of apoptotic process / mitochondrion / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator, Mcl-1 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family ...Apoptosis regulator, Mcl-1 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / Bcl-2-like superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7LW / Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 homolog / Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.94 Å
データ登録者Hargreaves, D.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2017
タイトル: Structure Based Design of Non-Natural Peptidic Macrocyclic Mcl-1 Inhibitors
著者: Johannes, J.W. / Bates, S. / Beigie, C. / Belmonte, M. / Breen, J. / Cao, S. / Centrella, P.A. / Clark, M.A. / Cuozzo, J.W. / Dumelin, C.E. / Ferguson, A.D. / Habeshian, S. / Hargreaves, D. / ...著者: Johannes, J.W. / Bates, S. / Beigie, C. / Belmonte, M. / Breen, J. / Cao, S. / Centrella, P.A. / Clark, M.A. / Cuozzo, J.W. / Dumelin, C.E. / Ferguson, A.D. / Habeshian, S. / Hargreaves, D. / Joubran, C. / Kazmirski, S. / Keefe, A. / Lamb, M.L. / Lan, H. / Li, Y. / Ma, H. / Mlynarski, S. / Packer, M.J. / Rawlins, P. / Robbins, D.W. / Shen, H. / Sigel, E.A. / Soutter, H.H. / Su, N. / Trost, D.M. / Wang, H. / Wickson, K.F. / Wu, C. / Zhang, Y. / Zhao, Q. / Zheng, X. / Hird, A.
履歴
登録2016年11月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年2月22日Group: Database references
改定 1.22017年3月8日Group: Database references
改定 1.32024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 homolog,Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
H: Fab Heavy Chain
L: Fab Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,6304
ポリマ－66,8743
非ポリマー7571
水1,49583
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5000 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area24900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)166.514, 39.705, 103.515
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 125.74, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 homolog,Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 / Bcl-2-related protein EAT/mcl1 / Bcl-2-like protein 3 / Bcl2-L-3 / Bcl-2-related protein EAT/mcl1 / mcl1/EAT


分子量: 18227.592 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: Mcl1, MCL1, BCL2L3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P97287, UniProt: Q07820
#2: 抗体 Fab Heavy Chain


分子量: 24488.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 抗体 Fab Light Chain


分子量: 24157.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 化合物 ChemComp-7LW / (5~{R},13~{S},17~{S})-5-[(3,4-dichlorophenyl)methyl]-8-methyl-13-[(4-methylsulfonylphenyl)methyl]-1,4,8,12,16-pentazatricyclo[15.8.1.0^{20,25}]hexacosa-20,22,24-triene-3,7,15,26-tetrone


分子量: 756.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H43Cl2N5O6S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 8K 10%w/v, PEG 1500 10%w/v

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97626 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 1M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.94→28.9 Å / Num. obs: 11919 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 83.87 Å2 / CC1/2: 0.974 / Rmerge(I) obs: 0.134 / Rpim(I) all: 0.128 / Rrim(I) all: 0.195 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル解像度: 2.94→3.01 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.637 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / CC1/2: 0.375 / % possible all: 89

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.94→26.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.864 / SU B: 23.329 / SU ML: 0.424 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.572 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30248 597 5 %RANDOM
Rwork0.22502 ---
obs0.229 11314 98.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 56.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.65 Å2-0 Å20.21 Å2
2---0.6 Å2-0 Å2
3----0.18 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.94→26.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4354 0 51 83 4488
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0194505
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024184
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3291.946125
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.92839653
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6055566
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.74423.729177
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.32715720
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.2661526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2691
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0215078
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021018
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0375.6472280
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0345.6462278
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.4578.4612840
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.4568.4622841
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9635.752225
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.9625.7512226
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.4028.533286
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.56243.2514897
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.54543.2814889
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.94→3.016 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.552 35 -
Rwork0.415 784 -
obs--94.35 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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