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万見
- PDB-5mef: Cyanothece lipoxygenase 2 (CspLOX2) variant - L304F -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mef
タイトルCyanothece lipoxygenase 2 (CspLOX2) variant - L304F
要素Arachidonate 15-lipoxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Linoleate 11-lipoxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


arachidonate 15-lipoxygenase / arachidonate 15-lipoxygenase activity / lipid oxidation / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Lipoxygenase, iron binding site / Lipoxygenases iron-binding region signature 1. / Lipoxygenase / Lipoxygenase, C-terminal / Lipoxigenase, C-terminal domain superfamily / Lipoxygenase / Lipoxygenase iron-binding catalytic domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
: / IMIDAZOLE / Arachidonate 15-lipoxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Cyanothece sp.
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.357 Å
データ登録者Newie, J. / Neumann, P. / Werner, M. / Mata, R.A. / Ficner, R. / Feussner, I.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Lipoxygenase 2 from Cyanothece sp. controls dioxygen insertion by steric shielding and substrate fixation.
著者: Newie, J. / Neumann, P. / Werner, M. / Mata, R.A. / Ficner, R. / Feussner, I.
履歴
登録2016年11月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Arachidonate 15-lipoxygenase
B: Arachidonate 15-lipoxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,11516
ポリマ－129,1832
非ポリマー93214
水6,557364
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5710 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area44670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.400, 166.260, 166.740
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Arachidonate 15-lipoxygenase


分子量: 64591.578 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 3- 610 / 変異: L304F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cyanothece sp. (strain PCC 8801) (バクテリア)
遺伝子: PCC8801_3106 / プラスミド: pET28a / 詳細 (発現宿主): N-terminal His6-tag / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B7JX99, arachidonate 15-lipoxygenase

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非ポリマー , 5種, 378分子

#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 364 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1
詳細: 15% PEG 4000, 12% glycerol, 0.1 M MES/imidazole pH 6.1

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月5日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE, / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.357→46.21 Å / Num. obs: 62963 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 52.33 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 18.51
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
2.357-2.460.5332.70.807199.5
2.46-2.560.3493.750.903198.7
2.56-2.760.2245.970.963199.5
2.76-3.50.07614.380.995199.3
3.5-3.870.03530.290.998199.3
3.87-4.240.02835.980.998198.2
4.24-4.610.02542.290.999199.4
4.61-140.02244.990.999199
14-170.02152.610.999198.7
17-500.02349.880.999195.1
501

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
PHASER2.6位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 5MED

5med


解像度: 2.357→46.204 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.28
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2162 3149 5 %Random selection
Rwork0.1907 ---
obs0.192 62942 99.15 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 181.07 Å2 / Biso mean: 59.574 Å2 / Biso min: 32.66 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.357→46.204 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9085 0 54 364 9503
Biso mean--75.2 53.53 -
残基数----1135
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0089356
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.70712736
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0481412
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061675
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2485694
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3571-2.39390.28571420.28072685282799
2.3939-2.43310.30561400.268426612801100
2.4331-2.47510.33131430.27542717286099
2.4751-2.52010.28421390.26722642278199
2.5201-2.56860.31391410.26062678281998
2.5686-2.6210.25821420.25222697283999
2.621-2.6780.29411410.255926842825100
2.678-2.74020.30481430.250127172860100
2.7402-2.80880.29721410.228726792820100
2.8088-2.88470.28021430.23522707285099
2.8847-2.96960.27521410.23282687282899
2.9696-3.06540.24311430.225227132856100
3.0654-3.17490.24331410.22932677281898
3.1749-3.3020.26541420.23512709285199
3.302-3.45230.25551440.21762729287399
3.4523-3.63420.25241450.199827492894100
3.6342-3.86180.20461430.17922711285499
3.8618-4.15980.19811420.16312714285698
4.1598-4.57810.16861450.14462747289299
4.5781-5.23970.16851460.142227672913100
5.2397-6.59840.18121460.17432786293299
6.5984-46.21310.15581560.1572937309398
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7581-0.50850.61221.609-0.32421.44370.05970.06170.0968-0.0537-0.12290.0678-0.00710.17870.00090.2817-0.0139-0.00150.36790.00820.380712.011215.986628.9416
20.2876-0.28090.1710.4132-0.39650.4969-0.15140.00590.0353-0.065-0.00280.2989-0.20740.0308-0.00070.4512-0.0109-0.05810.39870.01110.50318.886934.3829.7394
30.8852-0.55940.65651.9137-0.15231.74840.19950.26150.1157-0.323-0.2311-0.03510.13080.34850.01610.37880.08670.01280.4570.02710.349615.935510.195119.3273
41.02060.3119-0.69760.22310.03320.94210.64310.4345-0.3002-0.3727-0.28090.01390.01630.0820.98990.99270.2773-0.31570.5788-0.16730.480125.4804-33.740923.9264
50.5044-0.56930.5951.1363-0.52111.14410.0056-0.1592-0.08750.04730.1110.2527-0.11440.029900.33020.00710.03390.43080.00920.421425.2792-7.581857.788
60.7552-0.35130.42890.42090.18660.6953-0.0542-0.07090.09630.28480.1479-0.0285-0.04850.2081-00.5150.07570.02520.5620.00660.464236.974-11.19272.9559
70.4791-0.42510.17350.8467-0.280.549-0.1782-0.2149-0.09540.2810.14710.10870.12130.0437-00.43340.05560.01790.56960.01760.419933.0045-12.08375.2493
81.1496-0.7140.63741.44310.04851.54410.2991-0.0598-0.3217-0.2099-0.00410.23550.45890.23120.08320.5080.0413-0.14440.3598-0.01440.497428.7143-27.708148.481
90.5212-0.80390.0971.4067-0.64091.00120.0171-0.2635-0.1016-0.09520.05360.4918-0.0461-0.2360.00090.3059-0.0138-0.01160.460.06410.472519.0849-14.242257.1326
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 199 )A1 - 199
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 200 through 254 )A200 - 254
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 255 through 569 )A255 - 569
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1 through 28 )B1 - 28
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 29 through 135 )B29 - 135
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 136 through 186 )B136 - 186
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 187 through 254 )B187 - 254
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 255 through 445 )B255 - 445
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 446 through 569 )B446 - 569

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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