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- PDB-5me3: Structure of the Scc2 C-terminus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5me3
タイトルStructure of the Scc2 C-terminus
要素
  • (Scc2 unassigned sequence) x 2
  • Sister chromatid cohesion protein 2
  • unassigned sequence of Scc2
キーワードCELL CYCLE / cohesin loader / HEAT repeat / Scc2
機能・相同性
機能・相同性情報


Scc2-Scc4 cohesin loading complex / 2-micrometer circle DNA / tRNA gene clustering / cohesin loader activity / rDNA chromatin condensation / transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / kinetochore binding / establishment of protein localization to chromatin / replication-born double-strand break repair via sister chromatid exchange / establishment of mitotic sister chromatid cohesion ...Scc2-Scc4 cohesin loading complex / 2-micrometer circle DNA / tRNA gene clustering / cohesin loader activity / rDNA chromatin condensation / transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / kinetochore binding / establishment of protein localization to chromatin / replication-born double-strand break repair via sister chromatid exchange / establishment of mitotic sister chromatid cohesion / mitotic chromosome condensation / chromatin looping / regulation of gene expression / sequence-specific DNA binding / chromatin binding / chromatin / cytosol
類似検索 - 分子機能
HEAT repeat associated with sister chromatid cohesion protein / Sister chromatid cohesion C-terminal domain / Scc2/Nipped-B family / Sister chromatid cohesion C-terminus / HEAT repeat associated with sister chromatid cohesion / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Sister chromatid cohesion protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Ashbya gossypii (菌類)
Eremothecium gossypii ATCC 10895 (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Chao, W.C.H. / Singleton, M.R.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Cancer Research UKFC001155 英国
Wellcome TrustFC001155 英国
Medical Research Council (United Kingdom)FC001155 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Structure of the cohesin loader Scc2.
著者: Chao, W.C. / Murayama, Y. / Munoz, S. / Jones, A.W. / Wade, B.O. / Purkiss, A.G. / Hu, X.W. / Borg, A. / Snijders, A.P. / Uhlmann, F. / Singleton, M.R.
履歴
登録2016年11月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月18日Group: Database references
改定 1.22017年8月30日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sister chromatid cohesion protein 2
B: Sister chromatid cohesion protein 2
X: unassigned sequence of Scc2
Y: Scc2 unassigned sequence
Z: Scc2 unassigned sequence
W: Scc2 unassigned sequence


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)268,8116
ポリマ－268,8116
非ポリマー00
水00
1
A: Sister chromatid cohesion protein 2
X: unassigned sequence of Scc2
Z: Scc2 unassigned sequence


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,9803
ポリマ－133,9803
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Sister chromatid cohesion protein 2
Y: Scc2 unassigned sequence
W: Scc2 unassigned sequence


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,8313
ポリマ－134,8313
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)98.049, 106.440, 143.183
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.52, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Sister chromatid cohesion protein 2


分子量: 131560.844 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 378-1479 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ashbya gossypii (strain ATCC 10895 / CBS 109.51 / FGSC 9923 / NRRL Y-1056) (菌類)
遺伝子: SCC2, AGL133W
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q750S2
#2: タンパク質・ペプチド unassigned sequence of Scc2


分子量: 1464.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: unassigned sequence of Scc2
由来: (組換発現) Eremothecium gossypii ATCC 10895 (菌類)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#3: タンパク質・ペプチド Scc2 unassigned sequence


分子量: 2315.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Scc2 unassigned sequence
由来: (組換発現) Eremothecium gossypii ATCC 10895 (菌類)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#4: タンパク質・ペプチド Scc2 unassigned sequence


分子量: 954.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Eremothecium gossypii ATCC 10895 (菌類)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.58 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 mM imidazole (pH 6.8), 200 mM lithium sulphate, and 4.5% polyethylene glycol 5000 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→48.81 Å / Num. obs: 65853 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.0715 / Net I/σ(I): 10.36
反射 シェル解像度: 2.85→2.952 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 1.244 / Mean I/σ(I) obs: 0.75 / CC1/2: 0.312 / % possible all: 96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.85→48.81 Å / SU ML: 0.54 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2691 3385 5.14 %
Rwork0.2175 --
obs0.2201 65846 98.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→48.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16017 0 0 0 16017
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00416294
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.86222009
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.8339931
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0462579
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052747
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.85-2.89070.41591260.36232429X-RAY DIFFRACTION92
2.8907-2.93390.44561500.37262557X-RAY DIFFRACTION99
2.9339-2.97970.41081290.34952668X-RAY DIFFRACTION100
2.9797-3.02860.36791540.34382570X-RAY DIFFRACTION100
3.0286-3.08080.37341580.32522635X-RAY DIFFRACTION100
3.0808-3.13680.33331310.31022595X-RAY DIFFRACTION100
3.1368-3.19710.40011300.30972654X-RAY DIFFRACTION100
3.1971-3.26240.34661400.292611X-RAY DIFFRACTION100
3.2624-3.33330.36391250.28582630X-RAY DIFFRACTION100
3.3333-3.41080.30521390.26462613X-RAY DIFFRACTION100
3.4108-3.49610.30591440.26492664X-RAY DIFFRACTION100
3.4961-3.59060.31691410.25682586X-RAY DIFFRACTION100
3.5906-3.69620.28521540.21442614X-RAY DIFFRACTION100
3.6962-3.81550.24491100.19592657X-RAY DIFFRACTION100
3.8155-3.95180.24461530.1962616X-RAY DIFFRACTION99
3.9518-4.10990.23261670.19832609X-RAY DIFFRACTION99
4.1099-4.29690.26781640.18922565X-RAY DIFFRACTION99
4.2969-4.52330.22981690.17872589X-RAY DIFFRACTION99
4.5233-4.80650.23351290.17872608X-RAY DIFFRACTION98
4.8065-5.17720.24211250.18462619X-RAY DIFFRACTION98
5.1772-5.69750.2471330.21612573X-RAY DIFFRACTION97
5.6975-6.52040.29031600.24622577X-RAY DIFFRACTION97
6.5204-8.2090.23351290.2052597X-RAY DIFFRACTION97
8.209-49.69120.23431250.18242625X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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