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- PDB-5mdu: Structure of the RNA recognition motif (RRM) of Seb1 from S. pombe. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mdu
タイトルStructure of the RNA recognition motif (RRM) of Seb1 from S. pombe.
要素Rpb7-binding protein seb1
キーワードTRANSCRIPTION / RNA recognition motif (RRM) / S. pombe / transcription termination / RNA binding
機能・相同性
機能・相同性情報


Mei2 nuclear dot complex / sno(s)RNA 3'-end processing / regulatory ncRNA 3'-end processing / co-transcriptional mRNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway / pericentric heterochromatin formation / chromatin-protein adaptor activity / mRNA 3'-end processing / snoRNA binding / termination of RNA polymerase II transcription / lncRNA binding ...Mei2 nuclear dot complex / sno(s)RNA 3'-end processing / regulatory ncRNA 3'-end processing / co-transcriptional mRNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway / pericentric heterochromatin formation / chromatin-protein adaptor activity / mRNA 3'-end processing / snoRNA binding / termination of RNA polymerase II transcription / lncRNA binding / RNA polymerase II C-terminal domain binding / molecular condensate scaffold activity / RNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Nrd1/Seb1, domain 2 / Nrd1/Seb1, RNA recognition motif / CID domain / RPR / CID domain / CID domain profile. / ENTH/VHS / RNA recognition motif / RNA recognition motif ...: / Nrd1/Seb1, domain 2 / Nrd1/Seb1, RNA recognition motif / CID domain / RPR / CID domain / CID domain profile. / ENTH/VHS / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Rpb7-binding protein seb1
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.02 Å
データ登録者Wittmann, S. / Renner, M. / El Omari, K. / Adams, O. / Vasiljeva, L. / Grimes, J.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Wellcome TrustWT088359MA 英国
Wellcome TrustWT106994MA 英国
Wellcome Trust090532/Z/09/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: The conserved protein Seb1 drives transcription termination by binding RNA polymerase II and nascent RNA.
著者: Wittmann, S. / Renner, M. / Watts, B.R. / Adams, O. / Huseyin, M. / Baejen, C. / El Omari, K. / Kilchert, C. / Heo, D.H. / Kecman, T. / Cramer, P. / Grimes, J.M. / Vasiljeva, L.
履歴
登録2016年11月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rpb7-binding protein seb1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6436
ポリマ－17,3781
非ポリマー2665
水4,179232
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area620 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area8600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.130, 47.170, 32.360
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.88, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Rpb7-binding protein seb1


分子量: 17377.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: seb1, SPAC222.09 / プラスミド: pOPINS3C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: Q9UTE3
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.99 %
結晶化温度: 293.65 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1 M ammonium formate, 100 mM sodium cacodylate, 8% (w/v) poly-gamma-glutamic acid polymer (PGA-LM, 200-400 kDa low molecular weight polymer)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月10日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.02→43.34 Å / Num. obs: 79454 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 1.02→1.05 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.748 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / CC1/2: 0.545 / % possible all: 57.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2283: ???)精密化
xia2データ削減
SHELXDE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.02→43.34 Å / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 13.06
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1518 3996 5.03 %
Rwork0.1353 --
obs-79451 94.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.02→43.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1199 0 15 232 1446
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091290
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1451758
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.212500
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.083199
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009226

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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