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- PDB-5mcc: Radiation damage to GH7 Family Cellobiohydrolase from Daphnia pul... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mcc
タイトルRadiation damage to GH7 Family Cellobiohydrolase from Daphnia pulex: Dose (DWD) 1.11 MGy
要素Cellobiohydrolase CHBI
キーワードHYDROLASE / Glycoside hydrolase / Cellobiohydrolase / radiation damage
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulose 1,4-beta-cellobiosidase (non-reducing end) / cellulose 1,4-beta-cellobiosidase activity / glucan catabolic process / cellulose catabolic process
類似検索 - 分子機能
1,4-Beta-D-Glucan Cellobiohydrolase I; Chain A / Glycoside hydrolase, family 7, domain / Glycoside hydrolase, family 7 / Glycoside hydrolase family 7, catalytic domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 7 / Distorted Sandwich / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
cellulose 1,4-beta-cellobiosidase (non-reducing end)
類似検索 - 構成要素
生物種Daphnia pulex (みじんこ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Bury, C.S. / McGeehan, J.E. / Ebrahim, A. / Garman, E.F.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Engineering and Physical Sciences Research Council 英国
引用ジャーナル: J Synchrotron Radiat / 年: 2017
タイトル: OH cleavage from tyrosine: debunking a myth.
著者: Bury, C.S. / Carmichael, I. / Garman, E.F.
履歴
登録2016年11月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / Data collection
カテゴリ: diffrn_radiation_wavelength / pdbx_audit_support
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年3月11日Group: Polymer sequence / カテゴリ: entity_poly / Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cellobiohydrolase CHBI
B: Cellobiohydrolase CHBI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,8336
ポリマ－96,4602
非ポリマー3724
水10,359575
1
A: Cellobiohydrolase CHBI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3222
ポリマ－48,2301
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cellobiohydrolase CHBI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5104
ポリマ－48,2301
非ポリマー2803
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)126.972, 46.640, 172.794
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.280, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PCA / Beg label comp-ID: PCA / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: _ / Auth seq-ID: 20 - 464 / Label seq-ID: 1 - 445

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Cellobiohydrolase CHBI


分子量: 48230.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Daphnia pulex (みじんこ) / 遺伝子: CEL7A, DAPPUDRAFT_347598 / 発現宿主: Trichoderma reesei QM6a (菌類)
参照: UniProt: E9G5J5, cellulose 1,4-beta-cellobiosidase (non-reducing end)
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 575 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.16 % / Mosaicity: 0 °
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 900mM ammonium sulphate, 100mM monosodium citrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→164.07 Å / Num. obs: 65500 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
2-2.053.40.2390.954199.9
9.17-164.0730.0320.993199.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.4データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0155精密化
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
DIALSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdbid 4XNN

4xnn


解像度: 2→164.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 5.86 / SU ML: 0.084 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.145 / ESU R Free: 0.12 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1728 3220 4.9 %RANDOM
Rwork0.1513 ---
obs0.1523 62235 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å
原子変位パラメータBiso max: 114.04 Å2 / Biso mean: 30.18 Å2 / Biso min: 12.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.35 Å2-0 Å2-0.4 Å2
2--2.45 Å2-0 Å2
3----1.5 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→164.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6700 0 23 575 7298
Biso mean--43 35.13 -
残基数----883
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.026901
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026084
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2581.9359399
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.888314060
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2995879
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.07525.127316
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.423151025
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.521526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.21009
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0218035
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021591
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7020.5743528
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6940.5743527
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2210.854403
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 29324 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.05 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.193 250 -
Rwork0.177 4592 -
all-4842 -
obs--99.67 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6658-0.0109-0.80050.9676-0.53773.7192-0.0112-0.47470.04910.094-0.0422-0.0699-0.03710.65990.05340.178-0.031-0.03370.3171-0.00980.2145-19.79911.89636.884
21.0065-0.0383-0.26170.4919-0.0882.24750.0031-0.2640.02260.0916-0.0229-0.0348-0.01160.26810.01990.1946-0.00540.00520.09660.00390.187-29.25310.89828.933
31.3362-0.1239-0.02791.152-0.09271.62150.0140.05570.0324-0.0519-0.01940.08570.0485-0.07930.00540.20620.00850.01230.01610.0040.1561-38.8027.88912.762
41.55940.2831-0.27726.7582-3.15173.26020.0092-0.1261-0.1382-0.2551-0.157-0.25290.29210.32530.14780.19990.0402-0.01040.12790.01940.1752-24.1154.80517.184
51.38730.36810.58990.90680.0494.2145-0.0405-0.08630.1004-0.0710.04930.0073-0.5580.1324-0.00880.2694-0.04970.03410.2086-0.02820.2018-48.69239.24348.581
60.9910.0115-0.08570.71430.09812.91320.0647-0.2082-0.0603-0.03610.0009-0.0761-0.03330.1604-0.06570.1866-0.0140.0170.2342-0.01610.1627-48.88129.81257.369
73.17380.17610.0340.6672-0.66073.6896-0.0150.05870.1124-0.04160.12660.1341-0.1248-0.4662-0.11150.2075-0.00470.00750.2343-0.01980.1906-60.40629.74343.002
81.44360.20710.11940.75620.19552.91070.0309-0.3736-0.1760.03340.01240.03050.2049-0.4604-0.04330.1946-0.04020.01010.42050.04980.1658-62.50124.86667.133
92.81461.4209-1.68694.9012-3.2325.8636-0.10510.05920.2638-0.22980.39870.5875-0.1335-1.1734-0.29360.24540.0526-0.02430.70840.03420.2496-75.81134.861.781
103.2577-1.77532.29923.5933-2.36644.8727-0.1961-0.50.1540.17050.28150.1171-0.567-0.4725-0.08540.2852-0.02750.03920.3889-0.03670.1568-55.73439.15964.938
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A21 - 92
2X-RAY DIFFRACTION2A93 - 284
3X-RAY DIFFRACTION3A285 - 437
4X-RAY DIFFRACTION4A438 - 464
5X-RAY DIFFRACTION5B21 - 134
6X-RAY DIFFRACTION6B135 - 191
7X-RAY DIFFRACTION7B192 - 235
8X-RAY DIFFRACTION8B236 - 401
9X-RAY DIFFRACTION9B402 - 437
10X-RAY DIFFRACTION10B438 - 464

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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