PDB-5mca: Crystal structure of FimH-LD R60P variant in the apo state

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5mca

タイトル

Crystal structure of FimH-LD R60P variant in the apo state

要素

Protein FimH

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / FimH / type 1 pilus / pilus / UTI / urinary tract infection / bladder / Escherichia coli

機能・相同性

機能・相同性情報

pilus tip / mechanosensory behavior / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / pilus / cell-substrate adhesion / D-mannose binding / host cell membrane / cell adhesion
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K-12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.604 Å

データ登録者

Jakob, R.P. / Rabbani, S. / Ernst, B. / Maier, T.

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Conformational switch of the bacterial adhesin FimH in the absence of the regulatory domain: Engineering a minimalistic allosteric system.
著者: Rabbani, S. / Fiege, B. / Eris, D. / Silbermann, M. / Jakob, R.P. / Navarra, G. / Maier, T. / Ernst, B.

履歴

登録	2016年11月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年12月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年2月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5mca.cif.gz	106.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5mca.ent.gz	83.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5mca.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5mca_validation.pdf.gz	419.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5mca_full_validation.pdf.gz	419.8 KB	表示
XML形式データ	5mca_validation.xml.gz	10.7 KB	表示
CIF形式データ	5mca_validation.cif.gz	15.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mc/5mca ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mc/5mca	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4x50S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1f1e-d 6zzz-1 6bxe-2 6v0q-4 2o6r-d 3mb3-d 1sk0-d 1a9v-d 5www-d 3lv9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein FimH

ヘテロ分子

17 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.640, 57.193, 64.566
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Protein FimH 分子量: 16913.799 Da / 分子数: 1 / 変異: R60P / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: fimH, b4320, JW4283 / プラスミド: pTRC99a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P08191
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 248 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.6 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.5 M (NH4)2SO4, 0.1M BisTris 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00004 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00004 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.604→42.812 Å / Num. obs: 46222 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.5 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 27.3
反射シェル	解像度: 1.604→1.7 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.61 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 7346 / CC_1/2: 0.904 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10pre_2131: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4X50

4x50

解像度: 1.604→42.812 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.64

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1751	2336	5.05 %
R_work	0.1469	-	-
obs	0.1484	46222	99.43 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.604→42.812 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1196	0	5	249	1450

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	1240
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.901	1711
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.158	723
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	199
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	222

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6042-1.637	0.3039	99	0.2416	2472	X-RAY DIFFRACTION	95
1.637-1.6726	0.275	118	0.2267	2585	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6726-1.7115	0.2603	155	0.2137	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7115-1.7543	0.2219	140	0.2013	2597	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7543-1.8017	0.2427	172	0.1766	2563	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8017-1.8547	0.2334	112	0.1646	2582	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8547-1.9146	0.1957	165	0.1682	2581	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9146-1.983	0.2177	144	0.1552	2565	X-RAY DIFFRACTION	100
1.983-2.0624	0.1766	161	0.1492	2566	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0624-2.1563	0.1668	151	0.1387	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1563-2.27	0.2086	123	0.1413	2596	X-RAY DIFFRACTION	100
2.27-2.4122	0.1769	109	0.1312	2583	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4122-2.5984	0.1646	129	0.1456	2604	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5984-2.8598	0.194	141	0.1439	2595	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8598-3.2735	0.151	148	0.1414	2574	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2735-4.1238	0.1557	144	0.1231	2600	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1238-42.812	0.1372	125	0.1414	2581	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1986	0.8875	-0.711	3.1476	-0.0291	2.3073	-0.0133	0.0729	0.0923	-0.0008	-0.0329	-0.0402	-0.0655	0.0001	-0.0102	0.1475	0.02	-0.0066	0.1324	0.0002	0.167	2.9525	12.3396	73.3879
2	1.7427	0.8426	-0.0135	2.4608	0.2197	1.7242	0.0777	-0.0869	0.1208	0.1967	-0.0624	0.323	-0.0234	-0.2163	-0.0333	0.1328	0.0215	0.0316	0.1314	-0	0.1714	-2.989	16.3384	78.8941
3	5.0631	-1.7872	-1.0502	4.7221	0.3735	2.5506	-0.0812	-0.0728	0.0025	0.0036	0.0503	-0.1085	-0.1705	0.1196	0.0285	0.1869	-0.0032	0.0267	0.137	-0.0065	0.1394	8.2031	25.4196	74.747
4	3.5968	3.3674	0.7374	4.3028	0.7486	1.9674	0.0085	-0.3332	-0.022	0.0007	-0.0592	0.3317	-0.1046	-0.3717	0.0943	0.1846	0.0248	0.0284	0.226	0.0498	0.2708	-5.4628	19.6851	80.1555
5	2.8828	0.535	-1.7854	2.5168	-0.6039	3.2737	0.244	-0.0977	0.202	-0.2269	-0.1354	-0.2196	-0.469	0.4264	-0.0566	0.2142	-0.0324	0.0676	0.1669	0.01	0.1704	11.9569	26.6423	67.093
6	2.1558	2.325	-1.9859	4.7928	-2.6808	3.8032	-0.2848	0.1393	-0.2257	-0.1316	-0.1033	-0.3737	0.2432	0.1921	0.0988	0.195	0.0253	0.0777	0.1862	0.0253	0.2514	16.7771	12.9079	66.5677
7	4.4818	-0.2147	-2.358	3.1556	0.1591	3.9193	0.2073	-0.1516	0.0875	0.4221	-0.1007	0.1859	-0.1349	-0.1225	0.0161	0.2105	-0.0071	0.0106	0.1052	-0.0031	0.1309	3.2208	17.0355	83.7254
8	3.9838	-0.1999	-0.2235	1.9019	-0.0558	3.2091	0.0037	-0.6777	-0.12	0.6578	-0.0339	0.3048	0.0298	-0.2433	0.1428	0.3033	-0.036	0.0884	0.2123	0.0166	0.1786	-0.282	14.296	87.2105
9	1.8122	2.3104	-0.2457	3.5673	-1.1018	1.5764	-0.102	0.4511	-0.2174	-0.3682	0.0797	0.1598	0.455	0.0093	-0.0612	0.2519	0.0132	0.0578	0.2279	-0.0063	0.2088	13.1283	16.5489	63.4034

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 32 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 33 through 65 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 66 through 84 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 85 through 104 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 105 through 116 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 117 through 124 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 125 through 135 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 136 through 150 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 151 through 159 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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