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- PDB-5mba: BINDING MODE OF AZIDE TO FERRIC APLYSIA LIMACINA MYOGLOBIN. CRYST... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mba
タイトルBINDING MODE OF AZIDE TO FERRIC APLYSIA LIMACINA MYOGLOBIN. CRYSTALLOGRAPHIC ANALYSIS AT 1.9 ANGSTROMS RESOLUTION
要素MYOGLOBIN
キーワードOXYGEN STORAGE
機能・相同性
機能・相同性情報


hemoglobin complex / oxygen carrier activity / oxygen binding / oxidoreductase activity / iron ion binding / heme binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Globin, lamprey/hagfish type / Erythrocruorin / Myoglobin-like, M family globin domain / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily ...Globin, lamprey/hagfish type / Erythrocruorin / Myoglobin-like, M family globin domain / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
AZIDE ION / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Globin
類似検索 - 構成要素
生物種Aplysia limacina (無脊椎動物)
手法X線回折 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Bolognesi, M. / Onesti, S. / Gatti, G. / Coda, A. / Ascenzi, P. / Brunori, M.
引用
ジャーナル: J.Mol.Recog. / 年: 1991
タイトル: Binding mode of azide to ferric Aplysia limacina myoglobin. Crystallographic analysis at 1.9 A resolution.
著者: Mattevi, A. / Gatti, G. / Coda, A. / Rizzi, M. / Ascenzi, P. / Brunori, M. / Bolognesi, M.
#1: ジャーナル: Structure and Function of Invertebrate Oxygen Carriers
年: 1991
タイトル: Aplysia Limacina Myoglobin: Molecular Bases for Ligand Binding
著者: Bolognesi, M. / Frigerio, F. / Lionetti, C. / Rizzi, M. / Ascenzi, P. / Brunori, M.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1989
タイトル: Aplysia Limacina Myoglobin. Crystallographic Analysis at 1.6 Angstroms Resolution
著者: Bolognesi, M. / Onesti, S. / Gatti, G. / Coda, A. / Ascenzi, P. / Brunori, M.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1985
タイトル: Crystal Structure of Ferric Aplysia Limacina Myoglobin at 2.0 Angstroms Resolution
著者: Bolognesi, M. / Coda, A. / Gatti, G. / Ascenzi, P. / Brunori, M.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1982
タイトル: Reactivity of Ferric Aplysia and Sperm Whale Myoglobins Towards Imidazole. X-Ray and Binding Study
著者: Bolognesi, M. / Cannillo, E. / Ascenzi, P. / Giacometti, G.M. / Merli, A. / Brunori, M.
#5: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.A (Supplement) / 年: 1978
タイトル: The Structure of Aplysia Limacina Myoglobin at 3.6 Angstroms Resolution
著者: Bolognesi, M. / Cannillo, E. / Oberti, R. / Rossi, G. / Ungaretti, L.
#6: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1978
タイトル: The Crystal Structure of met-Myoglobin from Aplysia Limacina at 5 Angstroms Resolution
著者: Ungaretti, L. / Bolognesi, M. / Cannillo, E. / Oberti, R. / Rossi, G.
#7: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1975
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Studies on met-Myoglobin from Aplysia Limacina
著者: Blundell, T.L. / Brunori, M. / Curti, B. / Bolognesi, M. / Coda, A. / Fumagalli, M. / Ungaretti, L.
#8: ジャーナル: Int.J.Pept.Protein Res. / 年: 1973
タイトル: The Amino Acid Sequence of Myoglobin from the Mollusc Aplysia Limacina
著者: Tentori, L. / Vivaldi, G. / Carta, S. / Marinucci, M. / Massa, A. / Antonini, E. / Brunori, M.
履歴
登録1991年1月14日処理サイト: BNL
置き換え1992年7月15日ID: 2MBA
改定 1.01992年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MYOGLOBIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0083
ポリマ－15,3491
非ポリマー6592
水2,270126
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.980, 70.700, 32.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 MYOGLOBIN


分子量: 15349.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aplysia limacina (無脊椎動物) / 参照: UniProt: P02210
#2: 化合物 ChemComp-AZI / AZIDE ION / アザイド


分子量: 42.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: N3
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細AZIDE ION IS BOUND TO THE HEME IRON AT THE DISTAL SITE AND TRIGGERS A LARGE CONFORMATIONAL CHANGE ...AZIDE ION IS BOUND TO THE HEME IRON AT THE DISTAL SITE AND TRIGGERS A LARGE CONFORMATIONAL CHANGE IN THE SIDE CHAIN OF RESIDUE ARG 66. A HYDROGEN BOND OCCURS BETWEEN AZIDE ATOM N1 AND NE1 ARG 66. THIS CONFORMATIONAL CHANGE AT RESIDUE ARG 66 BECAME EVIDENT ONLY IN THE LATER STAGES OF REFINEMENT. THE SIDE CHAIN OF ARG 66 IS NOT FULLY OCCUPIED BEYOND THE CB ATOM.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.94 %
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: took Bolognesi et al., from original paper
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
12.8 Mammonium sulfate1drop
23.2 Mammonium sulfate1reservior

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データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å

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解析

ソフトウェア名称: TNT / 分類: 精密化
精密化Rfactor obs: 0.139 / 最高解像度: 1.9 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 1.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1086 0 46 126 1258
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.35
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 11 Å / Num. reflection obs: 7487 / Rfactor obs: 0.139
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: t_angle_d / Dev ideal: 2.35

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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