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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5man
タイトルStructure of sucrose phosphorylase from Bifidobacterium adolescentis bound to nigerose
要素Sucrose phosphorylase
キーワードTRANSFERASE / sucrose phosphorylase / resveratrol / enzyme design
機能・相同性
機能・相同性情報


sucrose phosphorylase / sucrose phosphorylase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
alpha-Amylases / Sucrose phosphorylase, C-terminal / Sucrose phosphorylase, C-terminal / Glycosyl hydrolase fold / Sucrose/Glucosylglycerate phosphorylase-related / Sucrose phosphorylase / Oligo-1,6-glucosidase; domain 2 / Oligo-1,6-glucosidase; Domain 2 / Oligo-1,6-glucosidase, domain 2 / Alpha amylase, catalytic domain ...alpha-Amylases / Sucrose phosphorylase, C-terminal / Sucrose phosphorylase, C-terminal / Glycosyl hydrolase fold / Sucrose/Glucosylglycerate phosphorylase-related / Sucrose phosphorylase / Oligo-1,6-glucosidase; domain 2 / Oligo-1,6-glucosidase; Domain 2 / Oligo-1,6-glucosidase, domain 2 / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Single Sheet / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-nigerose / Sucrose phosphorylase / Sucrose phosphorylase
類似検索 - 構成要素
生物種Bifidobacterium adolescentis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Grimm, C. / Kraus, M.
引用ジャーナル: Chem. Commun. (Camb.) / 年: 2017
タイトル: Switching enzyme specificity from phosphate to resveratrol glucosylation.
著者: Kraus, M. / Grimm, C. / Seibel, J.
履歴
登録2016年11月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Sucrose phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,6132
ポリマ－56,2711
非ポリマー3421
水2,054114
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area19510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.445, 82.445, 154.864
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Sucrose phosphorylase


分子量: 56270.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bifidobacterium adolescentis (バクテリア)
遺伝子: sucP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q84HQ2, UniProt: A0ZZH6*PLUS, sucrose phosphorylase
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-D-glucopyranose / alpha-nigerose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-nigerose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-3DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(3+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.4 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 1000, 150MM NACL, MES, 2%, SACHAROSE, PH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→46.573 Å / Num. obs: 64797 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 19.15
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
2.04-2.181.071.320.492199.8
2.18-2.360.5012.90.827199.9
2.36-2.580.2485.70.953199.9
2.58-2.880.11512.080.9891100
2.88-3.330.05224.780.998199.8
3.33-4.070.02545.660.999199.9
4.07-5.730.01960.711199.5
5.730.01669.061199.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIXdev_2443精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.04→46.573 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.37
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2617 1671 4.81 %
Rwork0.235 --
obs0.2363 34767 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 175.58 Å2 / Biso mean: 66.6397 Å2 / Biso min: 31.24 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.04→46.573 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3966 0 23 114 4103
Biso mean--75.14 49.85 -
残基数----504
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034085
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5695558
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039620
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003722
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.0732448
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.04-2.10010.36621250.373526942819
2.1001-2.16780.35921330.358127342867
2.1678-2.24530.37471340.334726992833
2.2453-2.33520.35211320.337227332865
2.3352-2.44150.32981460.314526822828
2.4415-2.57020.29371390.298127322871
2.5702-2.73120.29861280.286727602888
2.7312-2.94210.33251480.286127412889
2.9421-3.23810.3251490.269327462895
3.2381-3.70650.24881480.241127692917
3.7065-4.66910.21131280.189228412969
4.6691-46.58540.20921610.177929653126

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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