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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5m95 | |||||||||
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タイトル | STAPHYLOCOCCUS CAPITIS DIVALENT METAL ION TRANSPORTER (DMT) IN COMPLEX WITH MANGANESE | |||||||||
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![]() | TRANSPORT PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN / TRANSPORTER / SLC11 / TRANSITION METAL IONS / NRAMP / DMT / LEUT FOLD | |||||||||
機能・相同性 | ![]() metal ion transmembrane transporter activity / symporter activity / membrane => GO:0016020 / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Ehrnstorfer, I.A. / Geertsma, E.R. / Pardon, E. / Steyaert, J. / Dutzler, R. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure Of A Slc11 (Nramp) Transporter Reveals The Basis For Transition-Metal Ion Transport. 著者: Ehrnstorfer, I.A. / Geertsma, E.R. / Pardon, E. / Steyaert, J. / Dutzler, R. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 413.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 352.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45521.875 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 43-448 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: mntH, BN1317_80025, SCAPIOD100025, SCAPIOD110024, SCAPIOD130025 発現宿主: ![]() ![]() #2: 抗体 | 分子量: 13526.955 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #3: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.36 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 24 % PEG 400, 200 MM CACL2, 50 MM HEPES, PH 7.4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年9月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.894 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.4→50 Å / Num. obs: 27350 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 137.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 19 |
反射 シェル | 解像度: 3.4→3.6 Å / 冗長度: 9.4 % / Rmerge(I) obs: 1.27 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4WGV ![]() 4wgv 解像度: 3.4→19.9 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.9 / 位相誤差: 28.37
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 152.5 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.4→19.9 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -2.1586 Å / Origin y: 114.0283 Å / Origin z: -13.1885 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: ALL |