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- PDB-5m95: STAPHYLOCOCCUS CAPITIS DIVALENT METAL ION TRANSPORTER (DMT) IN CO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5m95
タイトルSTAPHYLOCOCCUS CAPITIS DIVALENT METAL ION TRANSPORTER (DMT) IN COMPLEX WITH MANGANESE
要素
  • CAMELID ANTIBODY FRAGMENT, NANOBODY
  • Divalent metal cation transporter MntH
キーワードTRANSPORT PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN / TRANSPORTER / SLC11 / TRANSITION METAL IONS / NRAMP / DMT / LEUT FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


metal ion transmembrane transporter activity / symporter activity / membrane => GO:0016020 / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
NRAMP family / Natural resistance-associated macrophage protein-like / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Divalent metal cation transporter MntH
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus capitis (バクテリア)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Ehrnstorfer, I.A. / Geertsma, E.R. / Pardon, E. / Steyaert, J. / Dutzler, R.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: Crystal Structure Of A Slc11 (Nramp) Transporter Reveals The Basis For Transition-Metal Ion Transport.
著者: Ehrnstorfer, I.A. / Geertsma, E.R. / Pardon, E. / Steyaert, J. / Dutzler, R.
履歴
登録2016年10月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2016年11月30日ID: 4WGW
改定 1.02016年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月9日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / Item: _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs
改定 1.22019年9月25日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / Item: _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42026年3月4日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Divalent metal cation transporter MntH
B: CAMELID ANTIBODY FRAGMENT, NANOBODY
D: CAMELID ANTIBODY FRAGMENT, NANOBODY
C: Divalent metal cation transporter MntH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,2086
ポリマ－118,0984
非ポリマー1102
水00
1
A: Divalent metal cation transporter MntH
B: CAMELID ANTIBODY FRAGMENT, NANOBODY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,1043
ポリマ－59,0492
非ポリマー551
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: CAMELID ANTIBODY FRAGMENT, NANOBODY
C: Divalent metal cation transporter MntH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,1043
ポリマ－59,0492
非ポリマー551
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)114.170, 114.170, 257.530
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN A AND SEGID A
211CHAIN C AND SEGID A
112CHAIN B AND SEGID B
212CHAIN D AND SEGID B

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 Divalent metal cation transporter MntH


分子量: 45521.875 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 43-448 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus capitis (バクテリア)
遺伝子: mntH, BN1317_80025, SCAPIOD100025, SCAPIOD110024, SCAPIOD130025
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0S4MEX1
#2: 抗体 CAMELID ANTIBODY FRAGMENT, NANOBODY


分子量: 13526.955 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.36 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 24 % PEG 400, 200 MM CACL2, 50 MM HEPES, PH 7.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.894 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年9月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.894 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→50 Å / Num. obs: 27350 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 137.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 3.4→3.6 Å / 冗長度: 9.4 % / Rmerge(I) obs: 1.27 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
PHENIXdev_1760精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4WGV

4wgv
PDB 未公開エントリ


解像度: 3.4→19.9 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.9 / 位相誤差: 28.37
Rfactor反射数%反射
Rfree0.292 1336 4.88 %
Rwork0.252 --
obs0.253 27350 100 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 152.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→19.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7946 0 2 0 7948
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0038102
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.69411014
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.3372876
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0261338
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031364
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプ
11A3522X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12C3522X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
21B1122X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22D1122X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.4001-3.5210.2821410.29582542X-RAY DIFFRACTION100
3.521-3.66110.33591290.29992568X-RAY DIFFRACTION100
3.6611-3.82670.33391380.28932551X-RAY DIFFRACTION100
3.8267-4.02680.29541350.25722567X-RAY DIFFRACTION100
4.0268-4.27680.25511170.23082564X-RAY DIFFRACTION100
4.2768-4.60320.27661240.22262615X-RAY DIFFRACTION100
4.6032-5.05960.25931570.22182562X-RAY DIFFRACTION100
5.0596-5.7760.28531510.25472599X-RAY DIFFRACTION100
5.776-7.21890.30471100.29472684X-RAY DIFFRACTION100
7.2189-19.90090.30471340.24232762X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -2.1586 Å / Origin y: 114.0283 Å / Origin z: -13.1885 Å
111213212223313233
T0.683 Å20.1002 Å2-0.0358 Å2-0.7465 Å2-0.1164 Å2--0.7325 Å2
L3.2776 °2-0.5461 °2-0.6045 °2-1.5137 °20.0641 °2--0.9419 °2
S0.1583 Å °0.601 Å °-0.0269 Å °-0.053 Å °-0.0725 Å °0.057 Å °-0.1035 Å °-0.1996 Å °-0.0025 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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