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万見
- PDB-5m83: Translation initiation factor 4E in complex with (RP)-m2(7,2'O)Gp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5m83
タイトルTranslation initiation factor 4E in complex with (RP)-m2(7,2'O)GppSpA mRNA 5' cap analog
要素Eukaryotic translation initiation factor 4E
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Protein-ligand complex / translation initiation factor / eIF4E / m2(7 / 2'O)GppSpA / phosphorothioate / mRNA 5' cap analog / translation
機能・相同性
機能・相同性情報


Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / Deadenylation of mRNA / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / ISG15 antiviral mechanism / mTORC1-mediated signalling / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression ...Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / Deadenylation of mRNA / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / ISG15 antiviral mechanism / mTORC1-mediated signalling / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / eukaryotic initiation factor 4G binding / regulation of translation at postsynapse, modulating synaptic transmission / chromatoid body / eukaryotic translation initiation factor 4F complex / mRNA cap binding / RNA 7-methylguanosine cap binding / RISC complex / nuclear export / postsynaptic cytosol / stem cell population maintenance / negative regulation of neuron differentiation / behavioral fear response / cellular response to dexamethasone stimulus / mRNA export from nucleus / translation initiation factor activity / positive regulation of mitotic cell cycle / translational initiation / P-body / G1/S transition of mitotic cell cycle / neuron differentiation / cytoplasmic stress granule / regulation of translation / DNA-binding transcription factor binding / postsynapse / nuclear body / negative regulation of translation / nuclear speck / translation / glutamatergic synapse / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / protein-containing complex / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
RNA Cap, Translation Initiation Factor Eif4e / RNA Cap, Translation Initiation Factor Eif4e / Eukaryotic translation initiation factor 4E (eIF-4E), conserved site / Eukaryotic initiation factor 4E signature. / Translation Initiation factor eIF- 4e / Eukaryotic initiation factor 4E / Translation Initiation factor eIF- 4e-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-YDZ / Eukaryotic translation initiation factor 4E
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Warminski, M. / Nowak, E. / Kowalska, J. / Jemielity, J. / Nowotny, M.
資金援助 ポーランド, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Higher EducationDI2012 024842 ポーランド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Translation initiation factor 4E in complex with (RP)-m2(7,2'O)GppSpA mRNA 5' cap analog
著者: Warminski, M. / Nowak, E. / Kubacka, D. / Kowalska, J. / Nowotny, M. / Jemielity, J.
履歴
登録2016年10月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02024年1月17日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Eukaryotic translation initiation factor 4E
B: Eukaryotic translation initiation factor 4E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,0175
ポリマ－44,2902
非ポリマー1,7273
水2,720151
1
A: Eukaryotic translation initiation factor 4E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0553
ポリマ－22,1451
非ポリマー9102
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Eukaryotic translation initiation factor 4E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9632
ポリマ－22,1451
非ポリマー8181
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.060, 59.740, 149.180
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.32, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-462-

HOH

21A-488-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 4E / mRNA cap-binding protein / eIF-4F 25 kDa subunit


分子量: 22145.113 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Eif4e / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63073
#2: 化合物 ChemComp-YDZ / [[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-sulfanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{R},4~{R},5~{R})-5-(2-azanyl-7-methyl-6-oxidanyl-purin-7-ium-9-yl)-4-methoxy-3-oxidanyl-oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate


分子量: 817.533 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H32N10O16P3S
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.73 % / 解説: Thin plate
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 16% PEG 10000, 0.2M CH3COONa, 0.1M TRIS pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→50 Å / Num. obs: 34747 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.436 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 16.57
反射 シェル解像度: 1.86→1.91 Å / 冗長度: 6.45 % / Rmerge(I) obs: 0.909 / Mean I/σ(I) obs: 2.02 / CC1/2: 0.787 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1L8B

1l8b


解像度: 1.86→37.068 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.01
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2514 817 2.35 %
Rwork0.2059 --
obs0.207 34740 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.86→37.068 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2725 0 74 151 2950
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072894
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9693960
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3161662
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057421
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005497
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8581-1.97450.34631330.29785583X-RAY DIFFRACTION99
1.9745-2.12690.29251360.25015642X-RAY DIFFRACTION100
2.1269-2.34090.29971350.22685597X-RAY DIFFRACTION100
2.3409-2.67960.30931360.2235651X-RAY DIFFRACTION100
2.6796-3.37560.24841370.20535682X-RAY DIFFRACTION100
3.3756-37.07580.20891400.17855768X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.33954.20192.26733.3922.34814.7686-0.27330.4547-0.729-0.01650.4328-0.55130.95730.3106-0.19370.4036-0.0126-0.00960.2227-0.07920.5823-89.6393-13.931345.138
25.9246-7.0015-1.37828.84931.39060.49620.21470.35810.0405-0.3082-0.35520.471-0.074-0.11630.15520.2173-0.0403-0.05940.2434-0.04060.3562-100.134710.232749.631
32.7541-0.2565-1.99673.1376-0.74742.3412-0.01440.1338-0.0674-0.1978-0.0799-0.066-0.1543-0.00240.0870.1811-0.0444-0.08650.2058-0.05120.2401-89.61265.264245.9938
48.1285-2.8231-2.42126.15544.18377.5919-0.146-0.554-0.08210.5652-0.3350.84880.4616-1.04570.4440.2717-0.05560.03080.4028-0.02820.2621-102.43572.93361.7696
50.751-0.7928-0.78271.6585-0.7894.03120.1299-0.61220.45960.404-0.4499-0.5425-0.67910.41460.25830.4084-0.1534-0.16470.4897-0.05720.435-82.054913.902958.826
64.2773-0.4334-1.3062.44461.48183.99040.0127-0.493-0.52570.2882-0.1661-0.37350.24440.21950.17430.1716-0.0474-0.09920.26180.05370.3261-86.5398-0.038457.3615
72.0789-0.77991.08551.3161-1.12012.35530.1225-1.0071-0.01460.5291-0.0812-0.2206-0.24460.0006-0.02320.36-0.1135-0.14360.5890.02610.2799-87.37645.873866.7584
88.32771.4787-6.14317.5393-0.88468.92480.39730.5059-0.0413-0.38730.13710.1867-0.4991-0.7102-0.51150.3914-0.2486-0.10130.4753-0.01420.2857-89.56879.9633.7884
92.59981.0505-0.65734.4484-1.22723.1976-0.27040.2754-0.797-0.56760.2173-1.61570.41790.5605-0.09040.7023-0.21350.30180.5574-0.3761.0323-64.16084.795128.3041
102.01791.2876-0.70031.8216-0.09111.8547-0.18320.3184-0.3329-0.41070.4749-0.8157-0.07290.368-0.28360.4905-0.19910.10710.4096-0.20250.5138-71.343815.483833.9027
110.55010.69420.33591.71871.30061.5266-0.17360.3939-0.5512-0.46290.3731-0.69940.17080.2731-0.20820.818-0.39440.38490.5334-0.41650.8464-68.70984.716922.0614
120.14260.01870.26490.00210.03470.5064-0.42810.4314-0.1741-0.61340.4097-0.2809-0.0790.1993-0.21061.1124-0.57740.35960.8379-0.34250.619-65.479418.687317.4559
135.88230.4386-1.22193.764-0.17697.2235-0.18350.40290.2619-0.94450.4610.078-0.2395-0.5934-0.22870.763-0.31430.10570.5198-0.08350.3094-75.613618.819323.3114
143.13451.27930.56882.2071.08281.069-0.33210.4486-0.0821-0.69430.325-0.10180.1422-0.12630.20891.0273-0.56270.37920.8075-0.34190.6403-70.691212.15416.318
154.2522-3.4498-0.04324.97481.24342.9794-0.08180.9418-0.2086-0.9734-0.1293-0.1793-0.0772-0.08820.13841.4114-0.43620.14670.8068-0.09890.392-72.821517.931410.4643
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 31 through 42 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 43 through 66 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 67 through 95 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 96 through 110 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 111 through 125 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 126 through 155 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 156 through 217 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 31 through 42 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 43 through 66 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 67 through 88 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 89 through 104 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 105 through 125 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 126 through 142 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 143 through 172 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 173 through 203 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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