PDB-5m7x: Translation initiation factor 4E in complex with (RP)-m2(7,2'O)Gp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5m7x

タイトル

Translation initiation factor 4E in complex with (RP)-m2(7,2'O)GppSepG mRNA 5' cap analog (beta-Se-ARCA D1)

要素

Eukaryotic translation initiation factor 4E

キーワード

TRANSLATION / Protein-ligand complex / translation initiation factor / eIF4E / m2(7 / 2'O)GppSepG / beta-Se-ARCA / selenophosphate / mRNA 5' cap analog

機能・相同性

機能・相同性情報

Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / Deadenylation of mRNA / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / ISG15 antiviral mechanism / mTORC1-mediated signalling / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.68 Å

データ登録者

Warminski, M. / Nowak, E. / Kowalska, J. / Jemielity, J. / Nowotny, M.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Translation initiation factor 4E in complex with (RP)-m2(7,2'O)GppSepG mRNA 5' cap analog (beta-Se-ARCA D1)
著者: Warminski, M. / Nowak, E. / Kubacka, D. / Kowalska, J. / Nowotny, M. / Jemielity, J.

履歴

登録	2016年10月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年11月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5m7x.cif.gz	302.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5m7x.ent.gz	246 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5m7x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5m7x_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5m7x_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	5m7x_validation.xml.gz	32.8 KB	表示
CIF形式データ	5m7x_validation.cif.gz	46.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m7/5m7x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m7/5m7x	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1l8bS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5m7v-2 6gkj-2 5j5y-1 5m80-3 6gkj-4 6gkk-3 6gkk-1 6u06-1 6ylv-3 5j5o-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (17)

登録構造単位

A: Eukaryotic translation initiation factor 4E

B: Eukaryotic translation initiation factor 4E

C: Eukaryotic translation initiation factor 4E

D: Eukaryotic translation initiation factor 4E

ヘテロ分子

91.2 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Eukaryotic translation initiation factor 4E

ヘテロ分子

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2

B: Eukaryotic translation initiation factor 4E

ヘテロ分子

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3

C: Eukaryotic translation initiation factor 4E

ヘテロ分子

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4

D: Eukaryotic translation initiation factor 4E

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
22.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	38.110, 38.160, 147.070
Angle α, β, γ (deg.)	88.55, 95.32, 103.33
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Eukaryotic translation initiation factor 4E / mRNA cap-binding protein / eIF-4F 25 kDa subunit 分子量: 22145.113 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Eif4e / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63073
#2: 化合物	ChemComp-RSE / [(2~{R},3~{R},4~{R},5~{R})-5-(2-azanyl-7-methyl-6-oxidanylidene-1~{H}-purin-7-ium-9-yl)-4-methoxy-3-oxidanyl-oxolan-2-yl]methyl [phosphonooxy(selanyl)phosphoryl] hydrogen phosphate 分子量: 615.202 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₁N₅O₁₃P₃Se
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 476 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.42 % / 解説: Thin plate
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 20% PEG 5000 MME, 0.2M HCOONa, 0.1M BICINE pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.97957 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97957 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.68→50 Å / Num. obs: 162380 / % possible obs: 88.4 % / 冗長度: 1.606 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 11.15
反射シェル	解像度: 1.68→1.72 Å / 冗長度: 1.543 % / R_merge(I) obs: 0.351 / Mean I/σ(I) obs: 1.97 / CC_1/2: 0.742 / % possible all: 81.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1L8B

1l8b

解像度: 1.68→48.812 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.06 / 位相誤差: 21.76

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2188	3803	2.34 %
R_work	0.1917	-	-
obs	0.1924	162359	88.42 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.68→48.812 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5422	0	148	476	6046

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	5773
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.039	7901
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.749	3353
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	854
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	990

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6784-1.6997	0.3332	121	0.2846	5139	X-RAY DIFFRACTION	77
1.6997-1.722	0.2859	137	0.2649	5775	X-RAY DIFFRACTION	86
1.722-1.7456	0.2798	144	0.256	5921	X-RAY DIFFRACTION	88
1.7456-1.7706	0.3175	131	0.2424	5629	X-RAY DIFFRACTION	87
1.7706-1.797	0.2126	136	0.2274	5798	X-RAY DIFFRACTION	87
1.797-1.8251	0.2497	144	0.2133	5932	X-RAY DIFFRACTION	87
1.8251-1.855	0.2341	130	0.2188	5558	X-RAY DIFFRACTION	86
1.855-1.887	0.2447	145	0.2168	5842	X-RAY DIFFRACTION	86
1.887-1.9213	0.25	134	0.2069	5550	X-RAY DIFFRACTION	83
1.9213-1.9583	0.2136	131	0.2034	5558	X-RAY DIFFRACTION	85
1.9583-1.9982	0.2167	146	0.2055	6097	X-RAY DIFFRACTION	89
1.9982-2.0417	0.216	138	0.1909	5815	X-RAY DIFFRACTION	89
2.0417-2.0892	0.2362	141	0.1898	5894	X-RAY DIFFRACTION	89
2.0892-2.1414	0.2372	149	0.1852	6058	X-RAY DIFFRACTION	90
2.1414-2.1993	0.1955	140	0.1888	5770	X-RAY DIFFRACTION	89
2.1993-2.2641	0.199	146	0.1903	6034	X-RAY DIFFRACTION	89
2.2641-2.3371	0.2226	132	0.196	5495	X-RAY DIFFRACTION	84
2.3371-2.4207	0.2192	153	0.198	6015	X-RAY DIFFRACTION	91
2.4207-2.5176	0.2744	146	0.2014	6162	X-RAY DIFFRACTION	92
2.5176-2.6321	0.21	143	0.1957	6009	X-RAY DIFFRACTION	92
2.6321-2.7709	0.2046	146	0.1903	6122	X-RAY DIFFRACTION	92
2.7709-2.9445	0.2022	146	0.1901	6111	X-RAY DIFFRACTION	91
2.9445-3.1718	0.2267	140	0.1852	5950	X-RAY DIFFRACTION	90
3.1718-3.4909	0.2136	147	0.1748	6203	X-RAY DIFFRACTION	94
3.4909-3.9959	0.1688	149	0.1695	6074	X-RAY DIFFRACTION	93
3.9959-5.0335	0.1833	137	0.1655	5922	X-RAY DIFFRACTION	90
5.0335-48.8322	0.2656	151	0.2028	6123	X-RAY DIFFRACTION	92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.6109	-1.5854	-2.9157	2.8182	1.8484	7.1479	0.1778	0.0445	-0.1285	-0.3626	-0.0285	-0.5445	0.0794	0.7139	-0.1702	0.2559	0.0888	0.0609	0.2148	-0.0422	0.4133	-45.5534	-78.4668	5.8206
2	6.5352	-1.2123	-0.6766	0.4875	0.3125	0.725	0.0992	0.2803	-0.179	-0.1286	-0.1316	0.1867	0.0202	-0.1588	0.0256	0.1374	0.0115	-0.042	0.1108	-0.0354	0.2392	-71.903	-71.2936	11.5816
3	2.1182	-0.7563	-0.6215	1.7729	0.1889	1.7563	0.0471	0.1531	-0.0318	-0.2486	-0.0438	-0.0256	-0.0598	-0.0819	-0.0001	0.1346	0.0156	-0.025	0.0901	-0.0343	0.1603	-61.082	-66.1939	7.8536
4	3.9693	-0.6546	-1.1524	2.9709	1.5334	5.4856	0.0196	-0.1084	-0.5406	0.1573	-0.0773	0.1024	0.4711	-0.1554	0.0085	0.2158	-0.0321	-0.0025	0.1192	0.0146	0.2338	-66.9838	-77.6936	23.4485
5	1.5297	0.2705	-0.2759	1.1858	0.1988	1.7692	-0.0373	-0.1498	0.0498	0.2534	-0.0038	-0.1538	-0.0732	0.0536	0.0396	0.1414	0.0064	-0.0621	0.0901	-0.0264	0.1676	-59.6074	-63.5908	21.0187
6	2.2251	0.993	-0.3574	3.3426	-1.2785	1.5715	0.1538	-0.2825	-0.0665	0.3898	-0.1009	-0.2394	-0.0703	0.2904	-0.0326	0.2373	-0.0081	-0.173	0.1985	-0.0734	0.2573	-51.5895	-64.361	28.9024
7	0.8901	0.2764	0.4526	1.5127	0.437	1.9908	0.0273	-0.3482	0.1906	0.3444	-0.1254	0.1336	-0.2164	-0.096	0.1033	0.3233	0.0011	-0.0607	0.221	-0.0414	0.2074	-61.5814	-62.1397	31.8924
8	3.3574	-1.5592	2.4171	3.2384	-3.0138	7.9182	0.0654	-0.3465	-0.4179	-0.0283	0.0532	-0.2657	0.6686	0.2286	-0.1469	0.2007	0.0638	-0.0721	0.277	0.0476	0.4079	-30.5354	-62.47	66.0149
9	1.7289	-2.7969	0.5026	5.8293	-0.57	0.7414	-0.1507	-0.1291	0.2507	0.1996	0.0807	-0.2589	-0.1574	-0.026	0.0529	0.1288	0.004	-0.0674	0.1389	-0.0365	0.2332	-43.4827	-38.6551	60.1965
10	8.4557	-1.6846	-0.1057	2.0936	-0.6563	2.5171	-0.1201	-0.4281	0.0744	0.2761	0.1009	-0.2158	-0.0051	0.1129	-0.0319	0.1323	0.0095	-0.069	0.1545	0.0052	0.1695	-41.0275	-55.9521	67.5211
11	1.6137	0.1392	0.0703	1.3552	-0.1774	1.85	-0.1087	0.1055	0.0579	-0.1695	0.0106	0.0982	-0.0467	-0.0577	0.0915	0.1162	-0.0029	-0.0617	0.1026	-0.0309	0.1664	-46.8091	-49.5459	52.4979
12	1.7982	0.9447	0.0568	1.8409	-0.1559	2.0437	-0.2035	0.3993	-0.0013	-0.414	0.1567	0.0995	-0.0078	-0.1807	0.0413	0.2772	-0.0442	-0.0592	0.2494	-0.0587	0.1754	-48.3648	-54.1526	41.4625
13	1.6057	-0.3617	-0.7757	3.749	-3.8336	5.1042	-0.0525	-0.3788	0.1027	0.4704	0.0334	-0.2406	-0.6253	0.0685	0.0425	0.1984	-0.0291	-0.0542	0.5173	-0.0815	0.2181	-49.8684	-47.7656	76.6134
14	2.297	-0.3334	0.5557	1.3308	-0.6104	1.0085	0.0221	-0.7117	-0.7508	0.1334	0.2361	0.2158	0.2358	-0.4515	-0.2436	0.2287	0.0359	-0.0469	0.6154	0.2851	0.592	-60.8067	-68.9124	81.7664
15	0.7098	-0.1822	0.0939	0.2726	-0.44	0.952	0.0105	-0.9216	-0.6571	0.1495	0.1448	0.1234	0.2017	-0.0741	-0.1591	0.2015	0.0167	-0.0748	0.68	0.231	0.3573	-62.5677	-62.0806	82.687
16	1.2161	0.1498	0.6504	0.0174	0.0797	0.3479	-0.029	-0.6445	-0.373	0.1325	0.0213	0.1092	0.0917	-0.1646	-0.0098	0.2253	0.0353	0.0368	0.9784	0.1948	0.4268	-78.9183	-58.6811	89.5091
17	0.8577	-0.3019	0.2469	1.1749	-0.5495	0.9956	0.0245	-0.5749	-0.2155	0.1842	0.1001	-0.0279	0.022	-0.0133	0.0017	0.1948	0.0958	-0.0557	0.9888	0.1548	0.218	-64.4514	-56.9522	90.3918
18	1.2189	-0.1781	0.7239	1.187	0.358	2.2879	-0.1609	-0.4833	-0.0622	0.2674	0.117	0.0512	0.0617	-0.195	0.0265	0.4446	0.1496	0.041	1.2523	-0.0506	0.2941	-66.3916	-51.4398	99.7894
19	2.9221	-0.4996	-2.9722	3.1472	-2.1713	9.241	0.0554	0.3634	-0.1956	-0.365	-0.0194	0.1409	0.3276	-0.7161	-0.0257	0.4257	0.0143	-0.0274	0.1896	-0.0494	0.2362	-64.7421	-63.0551	-4.4907
20	1.6011	-0.5619	-0.5939	1.1922	-0.0124	1.6884	0.3405	0.1157	0.4621	-0.4182	-0.0744	-0.7115	-0.3352	0.313	-0.2231	0.5064	0.076	0.2799	0.2407	-0.0004	0.6121	-45.1695	-46.614	-9.9877
21	0.3858	-0.221	-0.4866	0.2668	0.2981	0.871	0.2825	0.1844	0.2694	-0.5964	-0.0939	-0.5159	-0.0877	0.1628	-0.1574	0.5818	0.1349	0.2371	0.2338	0.0154	0.3748	-53.296	-48.2173	-10.8599
22	0.5602	-0.3273	-0.0323	1.0054	0.5597	0.3653	0.1592	0.1083	0.2572	-0.3924	-0.1278	-0.1125	-0.197	-0.0035	-0.0754	0.7758	0.2484	0.2144	0.2182	0.0466	0.3257	-61.0721	-39.0257	-16.2686
23	1.0875	-0.2024	-0.6575	0.6947	0.1833	0.624	0.1613	0.2736	0.0341	-0.3555	-0.1419	-0.1027	-0.0334	-0.0417	0.0783	0.8496	0.2862	0.2958	0.3125	0.03	0.3328	-56.6046	-48.4681	-21.8977
24	1.8448	-0.0429	0.9441	3.7484	3.0099	3.7146	-0.0015	0.2782	-0.1106	-0.1224	-0.0263	-0.0091	0.0612	-0.0713	0.028	0.9082	0.3472	0.0133	0.51	-0.0016	0.2394	-65.0113	-48.7573	-26.0964
25	2.285	-1.5159	-0.0553	1.561	0.2477	3.891	0.1907	0.585	0.27	-0.2256	-0.2119	-0.0646	-0.6365	-0.1987	0.0043	1.0196	0.2682	0.179	0.6934	0.1301	0.3389	-62.0563	-40.4979	-30.0471

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 30 through 42 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 43 through 66 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 67 through 95 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 96 through 110 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 111 through 172 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 173 through 187 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 188 through 217 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 30 through 42 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 43 through 66 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 67 through 78 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 79 through 172 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 173 through 217 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 31 through 42 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 43 through 66 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 67 through 112 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 113 through 125 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 126 through 172 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 173 through 217 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 31 through 42 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 43 through 66 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 67 through 110 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 111 through 138 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 139 through 172 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 173 through 187 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 188 through 217 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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