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- PDB-5m7k: Blastochloris viridis photosynthetic reaction center - RC_vir_xfel -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5m7k
タイトルBlastochloris viridis photosynthetic reaction center - RC_vir_xfel
要素
  • (Reaction center protein ...) x 3
  • Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Photosynthetic / Reaction Center
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosynthetic Reaction Center, subunit C; domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit C, domain 2 / Photosynthetic reaction centre, cytochrome c subunit / Multihaem cytochrome, PRC subunit superfamily / Photosynthetic reaction centre cytochrome C subunit / Photosynthetic Reaction Center, subunit M; domain 1 / Photosystem II protein D1-like / Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 1 ...Photosynthetic Reaction Center, subunit C; domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit C, domain 2 / Photosynthetic reaction centre, cytochrome c subunit / Multihaem cytochrome, PRC subunit superfamily / Photosynthetic reaction centre cytochrome C subunit / Photosynthetic Reaction Center, subunit M; domain 1 / Photosystem II protein D1-like / Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 1 / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain / Multiheme cytochrome c family profile. / Photosynthetic reaction centre, H subunit / Bacterial photosynthetic reaction centre, H-chain, C-terminal / Photosynthetic reaction centre, M subunit / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain superfamily / Photosynthetic reaction centre, H-chain N-terminal region / PRC-barrel domain / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, L subunit / PRC-barrel-like superfamily / Multiheme cytochrome superfamily / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature. / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Few Secondary Structures / Irregular / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BACTERIOCHLOROPHYLL A / BACTERIOPHEOPHYTIN B / DIACYL GLYCEROL / : / HEME C / Chem-MPG / MENAQUINONE-7 / 15-cis-1,2-dihydroneurosporene / Chem-OTP / PHOSPHATE ION ...BACTERIOCHLOROPHYLL A / BACTERIOPHEOPHYTIN B / DIACYL GLYCEROL / : / HEME C / Chem-MPG / MENAQUINONE-7 / 15-cis-1,2-dihydroneurosporene / Chem-OTP / PHOSPHATE ION / Reaction center protein H chain / Reaction center protein L chain / Reaction center protein M chain / Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Blastochloris viridis (バクテリア)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Sharma, A.S. / Johansson, L. / Dunevall, E. / Wahlgren, W.Y. / Neutze, R. / Katona, G.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr A Found Adv / 年: 2017
タイトル: Asymmetry in serial femtosecond crystallography data.
著者: Sharma, A. / Johansson, L. / Dunevall, E. / Wahlgren, W.Y. / Neutze, R. / Katona, G.
履歴
登録2016年10月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月8日Group: Database references
改定 1.22018年11月14日Group: Advisory / Data collection
カテゴリ: diffrn / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _diffrn.pdbx_serial_crystal_experiment
改定 1.32019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.42024年1月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit
B: Reaction center protein L chain
C: Reaction center protein M chain
D: Reaction center protein H chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,38824
ポリマ－134,6404
非ポリマー11,74820
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area50170 Å2
ΔGint-370 kcal/mol
Surface area40280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.900, 84.800, 384.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit / Cytochrome c558/c559


分子量: 39419.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Blastochloris viridis (バクテリア) / 参照: UniProt: P07173

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Reaction center protein ... , 3種, 3分子 BCD

#2: タンパク質 Reaction center protein L chain / Photosynthetic reaction center L subunit


分子量: 30600.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Blastochloris viridis (バクテリア) / 参照: UniProt: P06009
#3: タンパク質 Reaction center protein M chain / Photosynthetic reaction center M subunit


分子量: 36063.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Blastochloris viridis (バクテリア) / 参照: UniProt: P06010
#4: タンパク質 Reaction center protein H chain / Photosynthetic reaction center H subunit


分子量: 28557.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Blastochloris viridis (バクテリア) / 参照: UniProt: P06008

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非ポリマー , 10種, 20分子

#5: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#6: 化合物 ChemComp-DGA / DIACYL GLYCEROL / 1-O,2-O-ジステアロイル-L-グリセロ-ル


分子量: 625.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H76O5
#7: 化合物
ChemComp-BCL / BACTERIOCHLOROPHYLL A


分子量: 911.504 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74MgN4O6
#8: 化合物 ChemComp-BPB / BACTERIOPHEOPHYTIN B / (7R,7α)-31-オキソ-7-ヒドロ-81-デヒドロ-132(以下略)


分子量: 887.199 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74N4O6
#9: 化合物 ChemComp-MPG / [(Z)-octadec-9-enyl] (2R)-2,3-bis(oxidanyl)propanoate


分子量: 356.540 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#10: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#11: 化合物 ChemComp-MQ7 / MENAQUINONE-7 / メナキノン7


分子量: 648.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C46H64O2
#12: 化合物 ChemComp-NS5 / 15-cis-1,2-dihydroneurosporene / 15,15′-cis-1,2-ジヒドロノイロスポレン


分子量: 540.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H60
#13: 化合物 ChemComp-OTP / (2E,6E,10E,14E,18E,22E,26E)-3,7,11,15,19,23,27,31-OCTAMETHYLDOTRIACONTA-2,6,10,14,18,22,26,30-OCTAENYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE / OCTAPRENYL PYROPHOSPHATE / (2E,6E,10E,14E,18E,22E,26E)-3,7,11,15,19,23,27,31-オクタメチル-2,(以下略)


分子量: 722.911 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H68O7P2
#14: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: batch mode
詳細: Melted monoolein was thoroughly mixed in a ratio of 3:2 (v/v) with 0.1M HEPES, pH 7.5, 0.1 % LDAO until a viscous, transparent LCP was obtained. The formed phase was then transferred into a ...詳細: Melted monoolein was thoroughly mixed in a ratio of 3:2 (v/v) with 0.1M HEPES, pH 7.5, 0.1 % LDAO until a viscous, transparent LCP was obtained. The formed phase was then transferred into a glass vial and sponge-phase-inducing solution (1:4 ratio) was added containing 16% Jeffamine M-600, 1M HEPES pH 7.9, 0.7 M Ammonium sulphate, 2.5% 1,2,3-Heptanetriol, which swell the cubic phase to sponge phase. After phase separation overnight, the upper phase (sponge phase) was harvested. Crystals were grown using batch crystallization in the lipidic-sponge phase. Equal amount of sponge phase and protein were mixed with 2/5 (v/v) of 1.2 M Tris-sodium citrate and allowed to incubate for several weeks.

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: CXI / 波長: 1.32 Å
検出器タイプ: CS-PAD CXI-1 / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年2月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.32 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→58 Å / Num. obs: 25004 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 59 % / Net I/σ(I): 3.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
CrystFEL0.6.2データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4CAS

4cas


解像度: 3.5→55.438 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.3
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2738 1294 5.19 %
Rwork0.2529 --
obs0.254 24926 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→55.438 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9076 0 805 0 9881
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00310255
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.71214102
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.8465631
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041430
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041773
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5-3.64010.31841440.28562565X-RAY DIFFRACTION100
3.6401-3.80570.32761420.28462586X-RAY DIFFRACTION100
3.8057-4.00630.2991520.27932544X-RAY DIFFRACTION100
4.0063-4.25730.31221410.27062588X-RAY DIFFRACTION100
4.2573-4.58580.27521120.252619X-RAY DIFFRACTION100
4.5858-5.0470.26281390.232614X-RAY DIFFRACTION100
5.047-5.77670.25391510.23572647X-RAY DIFFRACTION100
5.7767-7.27540.25441550.23862654X-RAY DIFFRACTION100
7.2754-55.44480.2391580.24542815X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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