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- PDB-5m4x: Mutant glyceraldehyde dehydrogenase (F34M+Y399C+S405N) from Therm... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5m4x
タイトルMutant glyceraldehyde dehydrogenase (F34M+Y399C+S405N) from Thermoplasma acidophilum
要素D-glyceraldehyde dehydrogenase (NADP(+))
キーワードOXIDOREDUCTASE / NAD(P)-dependent dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


D-glyceraldehyde dehydrogenase (NADP+) / glyceraldehyde dehydrogenase (NADP+) activity / Entner-Doudoroff pathway through 6-phosphogluconate / succinate-semialdehyde dehydrogenase (NAD+) activity / gamma-aminobutyric acid catabolic process / glycolytic process / protein homotetramerization / protein homodimerization activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family ...Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D-glyceraldehyde dehydrogenase (NADP(+))
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoplasma acidophilum (好酸性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.56 Å
データ登録者Iermak, I. / Mesters, J.R. / Kuta Smatanova, I.
資金援助 チェコ, 1件
組織認可番号国
Czech Academy of SciencesDAAD-16-09 チェコ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Mutant glyceraldehyde dehydrogenase (F34M+Y399C+S405N) from Thermoplasma acidophilum
著者: Iermak, I. / Mesters, J.R. / Steffler, F. / Sieber, V. / Kuta Smatanova, I.
履歴
登録2016年10月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-glyceraldehyde dehydrogenase (NADP(+))
B: D-glyceraldehyde dehydrogenase (NADP(+))
C: D-glyceraldehyde dehydrogenase (NADP(+))
D: D-glyceraldehyde dehydrogenase (NADP(+))


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)225,8724
ポリマ－225,8724
非ポリマー00
水00
1
A: D-glyceraldehyde dehydrogenase (NADP(+))
B: D-glyceraldehyde dehydrogenase (NADP(+))


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,9362
ポリマ－112,9362
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5020 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area36510 Å2
手法PISA
2
C: D-glyceraldehyde dehydrogenase (NADP(+))
D: D-glyceraldehyde dehydrogenase (NADP(+))


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,9362
ポリマ－112,9362
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5480 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area36520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.292, 120.292, 344.884
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 494 / Label seq-ID: 1 - 494

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14BB
24CC
15BB
25DD
16CC
26DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
D-glyceraldehyde dehydrogenase (NADP(+)) / Glyceraldehyde DH


分子量: 56467.988 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermoplasma acidophilum (strain ATCC 25905 / DSM 1728 / JCM 9062 / NBRC 15155 / AMRC-C165) (好酸性)
株: ATCC 25905 / DSM 1728 / JCM 9062 / NBRC 15155 / AMRC-C165
遺伝子: Ta0809 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
参照: UniProt: Q9HK01, D-glyceraldehyde dehydrogenase (NADP+)

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 0.1 M Bicine pH 9.0, 10% PEG 20 000, 2% dioxane

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918409 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918409 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.56→48.73 Å / Num. obs: 31219 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.87 % / Biso Wilson estimate: 95.155 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.195 / Net I/σ(I): 14.14
反射 シェル解像度: 3.56→3.77 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.97 / CC1/2: 0.747 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
XDSOctober 15, 2015データ削減
PHASER2.5.7位相決定
XDSOctober 15, 2015データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5IZD

5izd


解像度: 3.56→48.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.883 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.876 / SU B: 62.458 / SU ML: 0.846 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.792
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3192 1093 3.5 %RANDOM
Rwork0.3118 ---
obs0.3121 30126 99.51 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 123.4 Å2 / Biso mean: 53.865 Å2 / Biso min: 30 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.4 Å2-0 Å2-0 Å2
2--2.4 Å2-0 Å2
3----4.79 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.56→48.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13897 0 0 0 13897
残基数----1862
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01914560
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0213622
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5151.95419762
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.005331264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.35151854
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.09324.531618
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.899152358
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4851566
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.22192
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02116644
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.023270
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A298700.05
12B298700.05
21A299020.04
22C299020.04
31A299800.04
32D299800.04
41B302920.04
42C302920.04
51B299540.04
52D299540.04
61C299120.02
62D299120.02
LS精密化 シェル解像度: 3.559→3.651 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.404 77 -
Rwork0.404 2131 -
all-2208 -
obs--97.48 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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