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万見
- PDB-5m4m: Application of Off-Rate Screening in the Identification of Novel ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5m4m
タイトルApplication of Off-Rate Screening in the Identification of Novel Pan-Isoform Inhibitors of Pyruvate Dehydrogenase Kinase
要素[Pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase isozyme 2, mitochondrial
キーワードTRANSFERASE / Off-Rate Screening / PDHK / HSP90 / SPR / kinase inhibitors / fragment screening / cancer / PDK1 / PDK2 / PDK3 / PDK4
機能・相同性
機能・相同性情報


[pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase / pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) kinase activity / regulation of pyruvate decarboxylation to acetyl-CoA / Regulation of pyruvate dehydrogenase (PDH) complex / pyruvate dehydrogenase complex / regulation of ketone metabolic process / regulation of pH / cellular response to nutrient / Signaling by Retinoic Acid / regulation of gluconeogenesis ...[pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase / pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) kinase activity / regulation of pyruvate decarboxylation to acetyl-CoA / Regulation of pyruvate dehydrogenase (PDH) complex / pyruvate dehydrogenase complex / regulation of ketone metabolic process / regulation of pH / cellular response to nutrient / Signaling by Retinoic Acid / regulation of gluconeogenesis / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / regulation of glucose metabolic process / regulation of calcium-mediated signaling / cellular response to reactive oxygen species / glucose metabolic process / insulin receptor signaling pathway / glucose homeostasis / protein kinase activity / mitochondrial matrix / protein homodimerization activity / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alpha-ketoacid/pyruvate dehydrogenase kinase, N-terminal domain / Branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase kinase/Pyruvate dehydrogenase kinase, N-terminal / Alpha-ketoacid/pyruvate dehydrogenase kinase, N-terminal domain superfamily / PDK/BCKDK protein kinase / Mitochondrial branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase kinase / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 ...Alpha-ketoacid/pyruvate dehydrogenase kinase, N-terminal domain / Branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase kinase/Pyruvate dehydrogenase kinase, N-terminal / Alpha-ketoacid/pyruvate dehydrogenase kinase, N-terminal domain superfamily / PDK/BCKDK protein kinase / Mitochondrial branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase kinase / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7FW / Chem-TF3 / [Pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase isozyme 2, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Baker, L.M. / Brough, P. / Surgenor, A.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Application of Off-Rate Screening in the Identification of Novel Pan-Isoform Inhibitors of Pyruvate Dehydrogenase Kinase.
著者: Brough, P.A. / Baker, L. / Bedford, S. / Brown, K. / Chavda, S. / Chell, V. / D'Alessandro, J. / Davies, N.G. / Davis, B. / Le Strat, L. / Macias, A.T. / Maddox, D. / Mahon, P.C. / Massey, A. ...著者: Brough, P.A. / Baker, L. / Bedford, S. / Brown, K. / Chavda, S. / Chell, V. / D'Alessandro, J. / Davies, N.G. / Davis, B. / Le Strat, L. / Macias, A.T. / Maddox, D. / Mahon, P.C. / Massey, A.J. / Matassova, N. / McKenna, S. / Meissner, J.W. / Moore, J.D. / Murray, J.B. / Northfield, C.J. / Parry, C. / Parsons, R. / Roughley, S.D. / Shaw, T. / Simmonite, H. / Stokes, S. / Surgenor, A. / Stefaniak, E. / Robertson, A. / Wang, Y. / Webb, P. / Whitehead, N. / Wood, M.
履歴
登録2016年10月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月5日Group: Database references
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: [Pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase isozyme 2, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2776
ポリマ－46,2911
非ポリマー9865
水1,928107
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1170 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area16130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.651, 108.651, 83.657
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number172
Space group name H-MP64

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要素

#1: タンパク質 [Pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase isozyme 2, mitochondrial / Pyruvate dehydrogenase kinase isoform 2 / PDKII


分子量: 46290.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDK2, PDHK2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q15119, [pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase
#2: 化合物 ChemComp-7FW / ~{N}-[4-[methyl(quinoxalin-6-ylmethyl)carbamoyl]phenyl]-2,4-bis(oxidanyl)-~{N}-(phenylmethyl)benzamide


分子量: 518.563 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H26N4O4
#3: 化合物 ChemComp-TF3 / N-(2-AMINOETHYL)-2-{3-CHLORO-4-[(4-ISOPROPYLBENZYL)OXY]PHENYL} ACETAMIDE


分子量: 360.878 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H25ClN2O2
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.06 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.8
詳細: 0.1 M SODIUM ACETATE PH 5.8 0.125 M MAGNESIUM CHLORIDE 6% ISOPROPANOL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5412 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年6月30日 / 詳細: OSMIC BLUE MIRRORS
放射モノクロメーター: CU FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5412 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→29.37 Å / Num. obs: 21000 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 2.01 % / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 4.9
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 1.97 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 93.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2BU8

2bu8


解像度: 2.4→27.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 14.207 / SU ML: 0.276 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.322 / ESU R Free: 0.249 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2617 1083 5.2 %RANDOM
Rwork0.21663 ---
obs0.21894 19890 95.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 59.832 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.11 Å2-0.06 Å2-0 Å2
2---0.11 Å20 Å2
3---0.37 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.4→27.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2752 0 67 107 2926
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0192885
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022728
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8451.9973905
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1163.0036234
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.655340
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.54424.063128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.07115489
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.6371515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2425
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0213197
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02638
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.2425.7591372
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.2095.7571371
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.5248.6051708
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.5248.6081709
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.4156.2491510
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.4176.251509
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.0889.1882193
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined11.10954.39912189
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other11.11454.40912167
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.398 83 -
Rwork0.397 1429 -
obs--93.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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