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- PDB-5m47: Crystal structure of DapF from Corynebacterium glutamicum in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5m47
タイトルCrystal structure of DapF from Corynebacterium glutamicum in complex with D,L-diaminopimelate
要素Diaminopimelate epimerase
キーワードISOMERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


diaminopimelate epimerase / diaminopimelate epimerase activity / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / cytosol
類似検索 - 分子機能
Diaminopimelate epimerase, active site / Diaminopimelate epimerase signature. / Diaminopimelate epimerase, DapF / Diaminopimelate epimerase / Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 / Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2,6-DIAMINOPIMELIC ACID / Diaminopimelate epimerase
類似検索 - 構成要素
生物種Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Sagong, H.-Y. / Kim, K.-J.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Structural basis for redox sensitivity in Corynebacterium glutamicum diaminopimelate epimerase: an enzyme involved in l-lysine biosynthesis.
著者: Sagong, H.Y. / Kim, K.J.
履歴
登録2016年10月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22020年11月18日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Database references
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.12024年1月17日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Diaminopimelate epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2452
ポリマ－30,0551
非ポリマー1901
水1,22568
1
A: Diaminopimelate epimerase
ヘテロ分子

A: Diaminopimelate epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,4904
ポリマ－60,1092
非ポリマー3802
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation14_554-y+1/4,-x+1/4,-z-3/41
単位格子
Length a, b, c (Å)155.695, 155.695, 155.695
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number212
Space group name H-MP4332

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要素

#1: タンパク質 Diaminopimelate epimerase / DAP epimerase


分子量: 30054.732 Da / 分子数: 1 / 断片: Epimerase / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum (strain ATCC 13032 / DSM 20300 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025) (バクテリア)
株: ATCC 13032 / DSM 20300 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025
遺伝子: dapF, Cgl1943, cg2129 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8NP73, diaminopimelate epimerase
#2: 化合物 ChemComp-API / 2,6-DIAMINOPIMELIC ACID / meso-ジアミノピメリン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 190.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H14N2O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: Sodium citrate, CHES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月15日
放射モノクロメーター: Double Crystal Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→110.1 Å / Num. obs: 19071 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 12 % / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rsym value: 0.344 / Net I/σ(I): 21.1
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.344 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 93.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
HKL-2000データ収集
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
HKLデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5H2Y

5h2y


解像度: 2.59→110.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 8.502 / SU ML: 0.161 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.231 / ESU R Free: 0.205 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2292 976 4.9 %RANDOM
Rwork0.1914 ---
obs0.1932 19071 97.49 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 113.57 Å2 / Biso mean: 34.446 Å2 / Biso min: 8.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.59→110.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2073 0 13 68 2154
Biso mean--30.76 27.82 -
残基数----280
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0192122
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021989
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1031.9532887
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.12234565
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.4785279
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.37424.46894
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.1615322
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6971514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.2335
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0212470
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02470
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.713.2331119
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.5343.2311118
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.3874.8411397
LS精密化 シェル解像度: 2.594→2.662 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.415 65 -
Rwork0.368 1323 -
all-1388 -
obs--94.04 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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