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万見
- PDB-5m3y: Crystal structure of human glycosylated angiotensinogen -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5m3y
タイトルCrystal structure of human glycosylated angiotensinogen
要素Angiotensinogen
キーワードSerine protease inhibitor / glycosylated / human angiotensiogen
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of blood volume by renin-angiotensin / response to muscle activity involved in regulation of muscle adaptation / type 2 angiotensin receptor binding / negative regulation of neurotrophin TRK receptor signaling pathway / regulation of renal sodium excretion / G protein-coupled receptor signaling pathway coupled to cGMP nucleotide second messenger / maintenance of blood vessel diameter homeostasis by renin-angiotensin / regulation of extracellular matrix assembly / regulation of renal output by angiotensin / positive regulation of extracellular matrix assembly ...regulation of blood volume by renin-angiotensin / response to muscle activity involved in regulation of muscle adaptation / type 2 angiotensin receptor binding / negative regulation of neurotrophin TRK receptor signaling pathway / regulation of renal sodium excretion / G protein-coupled receptor signaling pathway coupled to cGMP nucleotide second messenger / maintenance of blood vessel diameter homeostasis by renin-angiotensin / regulation of extracellular matrix assembly / regulation of renal output by angiotensin / positive regulation of extracellular matrix assembly / renin-angiotensin regulation of aldosterone production / renal system process / vasoconstriction / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / positive regulation of cholesterol metabolic process / type 1 angiotensin receptor binding / response to angiotensin / low-density lipoprotein particle remodeling / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / negative regulation of MAP kinase activity / positive regulation of gap junction assembly / blood vessel remodeling / regulation of cardiac conduction / regulation of vasoconstriction / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / nitric oxide-cGMP-mediated signaling / positive regulation of endothelial cell migration / Peptide ligand-binding receptors / positive regulation of cytokine production / angiotensin-activated signaling pathway / growth factor activity / regulation of cell growth / kidney development / serine-type endopeptidase inhibitor activity / PPARA activates gene expression / hormone activity / regulation of blood pressure / positive regulation of miRNA transcription / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of fibroblast proliferation / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / cell-cell signaling / regulation of cell population proliferation / : / blood microparticle / G alpha (i) signalling events / regulation of apoptotic process / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (q) signalling events / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of DNA-templated transcription / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Angiotensinogen, serpin domain / Angiotensinogen / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Yan, Y. / Read, R.J.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
British Heart FoundationPG/12/41/29679 英国
Wellcome Trust082961/Z/07/Z 英国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2019
タイトル: Structural basis for the specificity of renin-mediated angiotensinogen cleavage.
著者: Yan, Y. / Zhou, A. / Carrell, R.W. / Read, R.J.
履歴
登録2016年10月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年1月9日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32019年2月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Angiotensinogen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2342
ポリマ－50,6481
非ポリマー5871
水43224
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area520 Å2
ΔGint5 kcal/mol
Surface area18570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.350, 71.350, 125.310
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 Angiotensinogen / Serpin A8


分子量: 50647.656 Da / 分子数: 1 / 変異: N137Q, N271Q, N295Q, C232S, C308S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AGT, SERPINA8 / プラスミド: pCEP4 / Cell (発現宿主): HEK293 EBNA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01019
#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.94 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2.0M Ammonium Sulfate, 0.1M Bicine, pH9.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→46.8 Å / Num. obs: 27827 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Rmerge(I) obs: 0.702

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2WXW

2wxw


解像度: 2.3→46.8 Å / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.8
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1889 1402 5.05 %Random selection
Rwork0.1699 ---
obs0.1726 27786 99.89 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→46.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3256 0 39 24 3319
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023371
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4834593
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7952004
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04549
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003578
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3004-2.38260.28361450.2672614X-RAY DIFFRACTION95
2.3826-2.47790.26541530.24692631X-RAY DIFFRACTION94
2.4779-2.59070.25011350.24032589X-RAY DIFFRACTION95
2.5907-2.72720.23921370.23412684X-RAY DIFFRACTION95
2.7272-2.8980.25981400.22972604X-RAY DIFFRACTION95
2.898-3.12160.21781330.20322649X-RAY DIFFRACTION95
3.1216-3.43550.20651420.18762633X-RAY DIFFRACTION95
3.4355-3.9320.19531380.16412626X-RAY DIFFRACTION95
3.932-4.95150.13361450.12422659X-RAY DIFFRACTION95
4.9515-34.31540.1721300.14742684X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.8102-0.2065-0.31742.76060.4713.9540.08370.2024-0.31880.1725-0.08520.3131-0.1992-0.37310.01280.31560.04110.06390.33790.00650.308413.010161.5337-1.5218
23.5253-0.0859-0.49723.33170.1853.27690.22430.4570.10560.0189-0.11220.349-0.566-0.3687-0.06270.34630.06350.05380.34210.01250.277814.824967.5829-5.9576
32.6450.8215-0.50376.8875-4.67993.18420.26050.11671.0121-0.20120.0256-0.7645-1.22870.6258-0.14921.0658-0.17510.35040.5367-0.0850.715325.786581.84191.8029
43.8966-0.6454-2.6073.82191.37593.9079-0.2069-0.1602-0.68620.04590.1065-0.36420.17850.54860.10950.30780.02080.00780.4740.01010.446137.99554.5145-11.5219
54.5586-0.7569-1.95033.29560.62863.5870.15820.17590.0197-0.0488-0.0086-0.0894-0.48590.2676-0.12060.3493-0.03560.0150.368-0.00140.241129.21264.636-8.7306
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 86 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 87 through 197 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 198 through 242 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 243 through 339 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 340 through 450 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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