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- PDB-5m3o: HTRA2 A141S mutant structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5m3o
タイトルHTRA2 A141S mutant structure
要素Serine protease HTRA2, mitochondrial
キーワードHYDROLASE / Serine Protease Parkinson Disease Mitochondria PDZ domain Dynamics
機能・相同性
機能・相同性情報


HtrA2 peptidase / pentacyclic triterpenoid metabolic process / : / ceramide metabolic process / regulation of autophagy of mitochondrion / mitochondrial protein catabolic process / CD40 receptor complex / programmed cell death / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / protein serine/threonine kinase inhibitor activity ...HtrA2 peptidase / pentacyclic triterpenoid metabolic process / : / ceramide metabolic process / regulation of autophagy of mitochondrion / mitochondrial protein catabolic process / CD40 receptor complex / programmed cell death / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / serine-type endopeptidase complex / adult walking behavior / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / response to herbicide / execution phase of apoptosis / : / positive regulation of execution phase of apoptosis / protein autoprocessing / ubiquitin ligase inhibitor activity / negative regulation of cell cycle / regulation of multicellular organism growth / neuron development / cellular response to interferon-beta / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / cellular response to retinoic acid / forebrain development / Mitochondrial protein degradation / serine-type peptidase activity / mitochondrion organization / mitochondrial membrane / protein catabolic process / cellular response to growth factor stimulus / mitochondrial intermembrane space / cytoplasmic side of plasma membrane / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / unfolded protein binding / peptidase activity / cellular response to heat / cellular response to oxidative stress / neuron apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process / cytoskeleton / intracellular signal transduction / positive regulation of apoptotic process / serine-type endopeptidase activity / endoplasmic reticulum membrane / chromatin / endoplasmic reticulum / mitochondrion / proteolysis / identical protein binding / membrane / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
PDZ domain 6 / PDZ domain / Peptidase S1C / Trypsin-like peptidase domain / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily ...PDZ domain 6 / PDZ domain / Peptidase S1C / Trypsin-like peptidase domain / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Roll / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine protease HTRA2, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Merski, M. / Barbosa Pereira, P.J. / Macedo-Ribeiro, S.
引用ジャーナル: Cell Death Dis / 年: 2017
タイトル: Molecular motion regulates the activity of the Mitochondrial Serine Protease HtrA2.
著者: Merski, M. / Moreira, C. / Abreu, R.M. / Ramos, M.J. / Fernandes, P.A. / Martins, L.M. / Pereira, P.J.B. / Macedo-Ribeiro, S.
履歴
登録2016年10月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine protease HTRA2, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4562
ポリマ－36,2611
非ポリマー1951
水2,126118
1
A: Serine protease HTRA2, mitochondrial
ヘテロ分子

A: Serine protease HTRA2, mitochondrial
ヘテロ分子

A: Serine protease HTRA2, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,3696
ポリマ－108,7833
非ポリマー5863
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-y-1,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_545-x+y,-x-1,z1
Buried area6220 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area36160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.291, 84.291, 127.978
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 Serine protease HTRA2, mitochondrial / High temperature requirement protein A2 / HtrA2 / Omi stress-regulated endoprotease / Serine ...High temperature requirement protein A2 / HtrA2 / Omi stress-regulated endoprotease / Serine protease 25 / Serine proteinase OMI


分子量: 36261.145 Da / 分子数: 1 / 変異: Mutation A141S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HTRA2, OMI, PRSS25 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O43464, HtrA2 peptidase
#2: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1 M MES pH 6.0, 1 M LiCl, and 15-20% (w/v) PEG-6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→63.4 Å / Num. obs: 37293 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.4 % / Net I/σ(I): 17.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1LCY

1lcy


解像度: 1.7→31.704 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.07 / 位相誤差: 28.57
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2003 1883 5.05 %
Rwork0.1683 --
obs0.1704 37292 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→31.704 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2135 0 12 118 2265
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0112222
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0753039
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2361355
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061372
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007395
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7001-1.7460.31721310.312737X-RAY DIFFRACTION95
1.746-1.79730.28851540.26532724X-RAY DIFFRACTION95
1.7973-1.85530.23191200.23922731X-RAY DIFFRACTION96
1.8553-1.92150.25711370.22442731X-RAY DIFFRACTION95
1.9215-1.99830.23861630.21292695X-RAY DIFFRACTION94
1.9983-2.08910.21081460.20842746X-RAY DIFFRACTION95
2.0891-2.1990.23551430.20732692X-RAY DIFFRACTION95
2.199-2.33640.20051600.20382728X-RAY DIFFRACTION94
2.3364-2.51630.23721540.19042712X-RAY DIFFRACTION95
2.5163-2.76840.18591510.19692685X-RAY DIFFRACTION95
2.7684-3.16660.20391450.17332742X-RAY DIFFRACTION95
3.1666-3.98050.17731430.13322719X-RAY DIFFRACTION95
3.9805-16.60610.1661360.10982734X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.90581.32852.27631.39680.24121.6328-0.1696-0.00560.19520.05610.0335-0.1309-0.07580.03620.06070.10040.03080.01640.11710.00570.155116.4054-44.9934-15.5988
25.02951.5575.16580.48191.65.30420.4883-0.5713-0.2010.0393-0.12270.06020.7224-0.6679-0.32240.1772-0.0117-0.02820.2267-0.03740.243627.5263-36.83351.2756
33.00510.91661.12571.42090.34061.489-0.1187-0.06110.28770.11050.0085-0.2431-0.09560.29260.08160.1658-0.0133-0.05860.2018-0.0090.242919.0648-33.2016-10.7208
43.43831.6634-1.53172.77131.79635.61710.195-0.2180.37880.1396-0.12220.0879-0.2265-0.14410.00260.14010.0101-0.03730.124-0.03750.20925.0625-34.5305-9.4823
50.78430.19931.02941.31161.43664.341-0.1611-0.32330.64120.1473-0.19870.3218-0.2638-0.25860.27510.23370.036-0.13980.2625-0.14320.54696.5626-26.8554-1.4339
65.57480.37133.21432.61360.65464.16510.2717-0.3162-0.0339-0.1464-0.4510.81380.0491-0.50060.18140.34660.0245-0.15350.3733-0.18640.552910.8121-21.289611.3526
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 140 through 170 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 171 through 188 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 189 through 274 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 275 through 329 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 330 through 396 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 397 through 459 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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