PDB-5m30: Structure of TssK from T6SS EAEC in complex with nanobody nb18

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5m30

タイトル

Structure of TssK from T6SS EAEC in complex with nanobody nb18

要素

Anti-vesicular stomatitis virus N VHH
Type VI secretion protein

キーワード

SECRETION SYSTEM / TssK T6SS

機能・相同性

Bacterial Type VI secretion, VC_A0110, EvfL, ImpJ, VasE / Type VI secretion system TssK / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / : / Type VI secretion protein

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

Vicugna pacos (アルパカ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Nguyen, V.S. / Cambillau, C. / Spinelli, C. / Desmyter, A. / Legrand, P. / Cascales, E.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2017
タイトル: Type VI secretion TssK baseplate protein exhibits structural similarity with phage receptor-binding proteins and evolved to bind the membrane complex.
著者: Nguyen, V.S. / Logger, L. / Spinelli, S. / Legrand, P. / Huyen Pham, T.T. / Nhung Trinh, T.T. / Cherrak, Y. / Zoued, A. / Desmyter, A. / Durand, E. / Roussel, A. / Kellenberger, C. / Cascales, E. / Cambillau, C.

履歴

登録	2016年10月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年6月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年6月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2017年7月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_volume ..._citation.country / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.3	2017年9月6日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5m30.cif.gz	520.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5m30.ent.gz	432 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5m30.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5m30_validation.pdf.gz	483.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5m30_full_validation.pdf.gz	513.2 KB	表示
XML形式データ	5m30_validation.xml.gz	48.5 KB	表示
CIF形式データ	5m30_validation.cif.gz	67.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m3/5m30 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m3/5m30	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5m2wC 5m2yC 5mwnC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3dqv-d 6crd-2 6crd-1 3wuv-d 5klb-d 6xjf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Type VI secretion protein

B: Type VI secretion protein

C: Type VI secretion protein

D: Anti-vesicular stomatitis virus N VHH

E: Anti-vesicular stomatitis virus N VHH

F: Anti-vesicular stomatitis virus N VHH

191 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.240, 153.670, 154.810
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Type VI secretion protein 分子量: 49999.223 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ACU81_04625 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A0A0P7QEP7, UniProt: D3GU39*PLUS
#2: 抗体	Anti-vesicular stomatitis virus N VHH 分子量: 13705.288 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.61 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Complex at 10 mg per ml mixes to 0.2 MgCl2, 10 % PEK 6000, 0.1 M Tris pH 8.3.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 69265 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 11 % / B_iso Wilson estimate: 108.52 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.018 / Net I/σ(I): 19.6
反射シェル	解像度: 2.6→2.66 Å / 冗長度: 10.7 % / R_merge(I) obs: 1.4 / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / CC_1/2: 0.3 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.1	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.6→48.92 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9449 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9321 / SU R Cruickshank DPI: 0.426 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.422 / SU R_free Blow DPI: 0.253 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.257

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2263	2988	5 %	RANDOM
R_work	0.2069	-	-	-
obs	0.2079	59771	86.53 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 106.89 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.5588 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.4359 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.1229 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.451 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.6→48.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10123	0	0	208	10331

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	10345	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.21	14120	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		3415	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		218	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1535	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		10345	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.04
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	21.82
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1352	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		11025	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.67 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2968	48	4.55 %
R_work	0.2402	1007	-
all	0.2428	1055	-
obs	-	-	86.53 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5975	0.7623	0.4862	1.6861	0.3793	0.3819	0.0055	0.0059	-0.0125	0.0818	0.0377	0.0702	-0.0427	-0.0872	-0.0433	-0.0579	0.0473	0.0247	-0.0774	-0.0872	0.0646	35.201	10.4748	103.111
2	0.1571	0.4865	0.6369	0.4151	0.3908	1.1072	-0.0324	-0.0239	-0.0627	0.0231	0.0219	0.0356	0.0274	0.0073	0.0105	0.033	0.0504	-0.0329	-0.0627	-0.1464	0.0083	48.1753	-20.8176	90.6789
3	1.8718	0.3881	-0.0664	0.379	-0.0663	0.6333	0.013	0.043	0.0648	-0.1092	-0.0325	0.0063	0.0021	-0.0289	0.0194	-0.042	0.0259	-0.07	0.0651	-0.0231	-0.0984	56.1602	10.0211	80.8731
4	0	-0.8262	-0.8407	0.7526	0.2294	1.9941	0.0119	-0.0422	0.0132	-0.0205	-0.0264	0.039	-0.0541	0.0058	0.0145	0.0403	0.0293	0.0014	0.0437	-0.0942	-0.0744	57.4658	0.9007	142.075
5	0	-0.341	-0.5705	1.4446	-0.6536	0.6935	-0.0081	0.0271	-0.0052	-0.0201	-0.0108	-0.037	-0.0035	0.0372	0.0189	0.0522	-0.0386	0.0294	-0.0101	-0.0168	-0.0165	46.6317	51.6869	103.578
6	1.7029	-0.7362	0.5468	0	-0.503	1.1063	0.0001	-0.0128	0.0328	-0.0036	0.0215	-0.0467	0.0198	-0.0175	-0.0216	-0.115	-0.021	-0.0106	0.0504	0.0713	0.0596	96.8303	8.1407	91.9561

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|* }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D\|* }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ E\|* }
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ F\|* }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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