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- PDB-5m2s: R. flavefaciens' third ScaB cohesin in complex with a group 1 dockerin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5m2s
タイトルR. flavefaciens' third ScaB cohesin in complex with a group 1 dockerin
要素
  • Doc8: Type I dockerin repeat domain from family 9 glycoside hydrolase WP_009982745[Ruminococcus flavefaciens]
  • Putative cellulosomal scaffoldin protein
キーワードPROTEIN BINDING / Cohesin / Dockerin / Complex / Cellulosome / R. flavefaciens / cell adhesion
機能・相同性
機能・相同性情報


polysaccharide catabolic process / carbohydrate binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #680 / Dockerin domain superfamily / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative cellulosomal scaffoldin protein
類似検索 - 構成要素
生物種Ruminococcus flavefaciens (バクテリア)
Ruminococcus flavefaciens FD-1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Bule, P. / Najmudin, S. / Carvalho, A.L. / Fontes, C.M.G.A.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Assembly of Ruminococcus flavefaciens cellulosome revealed by structures of two cohesin-dockerin complexes.
著者: Bule, P. / Alves, V.D. / Israeli-Ruimy, V. / Carvalho, A.L. / Ferreira, L.M. / Smith, S.P. / Gilbert, H.J. / Najmudin, S. / Bayer, E.A. / Fontes, C.M.
履歴
登録2016年10月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative cellulosomal scaffoldin protein
B: Doc8: Type I dockerin repeat domain from family 9 glycoside hydrolase WP_009982745[Ruminococcus flavefaciens]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3028
ポリマ－26,9062
非ポリマー3976
水5,819323
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2840 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area10280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.610, 64.490, 47.670
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 116.720, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Putative cellulosomal scaffoldin protein


分子量: 15931.814 Da / 分子数: 1 / 断片: ScaA Type I cohesin domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ruminococcus flavefaciens (バクテリア)
遺伝子: scaA / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0AEF3
#2: タンパク質 Doc8: Type I dockerin repeat domain from family 9 glycoside hydrolase WP_009982745[Ruminococcus flavefaciens]


分子量: 10973.984 Da / 分子数: 1 / 断片: Type I dockerin domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ruminococcus flavefaciens FD-1 / 遺伝子: glycoside hydrolase family 9 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3)
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 323 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.15 % / Mosaicity: 0.25 °
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M calcium acetate, 0.2 M sodium cacodylate trihydrate, 18% w/v PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.98402 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98402 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→42.58 Å / Num. obs: 26498 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 4.2 % / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
1.7-1.7330.2870.834184.6
9-32.244.40.0630.988194.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.3.11データスケーリング
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
iMOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5M2O

5m2o


解像度: 1.7→42.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 2.672 / SU ML: 0.048 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.08 / ESU R Free: 0.077
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1566 1163 4.4 %RANDOM
Rwork0.134 ---
obs0.135 25318 97.36 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å
原子変位パラメータBiso max: 56.99 Å2 / Biso mean: 11.246 Å2 / Biso min: 3.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.59 Å2-0 Å20.03 Å2
2---0.1 Å2-0 Å2
3---0.44 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→42.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1641 0 21 323 1985
Biso mean--25.51 25.25 -
残基数----220
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.021747
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021677
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.421.9592387
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.77233891
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2585242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.97427.576
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.03315293
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.795151
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2286
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022029
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02358
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8450.723902
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8450.721901
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4381.0721130
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.186 73 -
Rwork0.168 1615 -
all-1688 -
obs--85.04 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.38370.25970.090.25480.17740.20420.0020.0203-0.0368-0.00160.0159-0.0314-0.01580.0021-0.01790.01360.00330.00180.0099-0.00690.00786.916320.3883-13.8221
20.46920.30170.1010.32770.22270.4933-0.01070.0102-0.03610.01720.0053-0.01370.004-0.00310.00540.0094-0.00110.00140.0008-0.00180.0106-14.29967.0042-16.3757
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 143
2X-RAY DIFFRACTION2B24 - 102

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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