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- PDB-5m2i: Structure of human Tumor Necrosis Factor (TNF) in complex with th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5m2i
タイトルStructure of human Tumor Necrosis Factor (TNF) in complex with the Llama VHH1
要素
  • Tumor necrosis factor
  • VHH1
キーワードCYTOKINE / human Tumor Necrosis Factor (TNF) Llama VHH1
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of L-glutamate import across plasma membrane / negative regulation of bile acid secretion / response to Gram-negative bacterium / positive regulation of neutrophil activation / negative regulation of branching involved in lung morphogenesis / positive regulation of interleukin-33 production / positive regulation of fractalkine production / positive regulation of blood microparticle formation / positive regulation of chronic inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of protein transport ...negative regulation of L-glutamate import across plasma membrane / negative regulation of bile acid secretion / response to Gram-negative bacterium / positive regulation of neutrophil activation / negative regulation of branching involved in lung morphogenesis / positive regulation of interleukin-33 production / positive regulation of fractalkine production / positive regulation of blood microparticle formation / positive regulation of chronic inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of protein transport / positive regulation of leukocyte adhesion to arterial endothelial cell / positive regulation of vitamin D biosynthetic process / response to 3,3',5-triiodo-L-thyronine / response to macrophage colony-stimulating factor / positive regulation of translational initiation by iron / regulation of membrane lipid metabolic process / regulation of endothelial cell apoptotic process / chronic inflammatory response to antigenic stimulus / regulation of branching involved in salivary gland morphogenesis / negative regulation of protein-containing complex disassembly / positive regulation of humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / positive regulation of hair follicle development / response to gold nanoparticle / negative regulation of myelination / negative regulation of vascular wound healing / negative regulation of cytokine production involved in immune response / negative regulation of amyloid-beta clearance / positive regulation of interleukin-18 production / inflammatory response to wounding / death receptor agonist activity / positive regulation of action potential / TNF signaling / epithelial cell proliferation involved in salivary gland morphogenesis / toll-like receptor 3 signaling pathway / embryonic digestive tract development / negative regulation of D-glucose import / vascular endothelial growth factor production / leukocyte migration involved in inflammatory response / positive regulation of fever generation / response to fructose / positive regulation of neuroinflammatory response / necroptotic signaling pathway / positive regulation of synoviocyte proliferation / positive regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / leukocyte tethering or rolling / positive regulation of mononuclear cell migration / positive regulation of hepatocyte proliferation / negative regulation of myoblast differentiation / positive regulation of protein-containing complex disassembly / regulation of establishment of endothelial barrier / endothelial cell apoptotic process / negative regulation of oxidative phosphorylation / cellular response to toxic substance / positive regulation of protein localization to cell surface / positive regulation of osteoclast differentiation / macrophage activation involved in immune response / tumor necrosis factor receptor binding / negative regulation of systemic arterial blood pressure / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / regulation of immunoglobulin production / TNFR1-mediated ceramide production / positive regulation of programmed cell death / negative regulation of mitotic cell cycle / positive regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / positive regulation of podosome assembly / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / response to L-glutamate / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / regulation of fat cell differentiation / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / TNFR1-induced proapoptotic signaling / negative regulation of bicellular tight junction assembly / regulation of reactive oxygen species metabolic process / regulation of metabolic process / positive regulation of DNA biosynthetic process / negative regulation of heart rate / positive regulation of amyloid-beta formation / negative regulation of viral genome replication / response to isolation stress / regulation of synapse organization / negative regulation of fat cell differentiation / negative regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of JUN kinase activity / Interleukin-10 signaling / positive regulation of MAP kinase activity / negative regulation of interleukin-6 production / humoral immune response / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / negative regulation of lipid storage / negative regulation of apoptotic signaling pathway / positive regulation of glial cell proliferation / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / negative regulation of osteoblast differentiation / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of synaptic transmission / skeletal muscle contraction
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor alpha / Tumour necrosis factor / Tumour necrosis factor, conserved site / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) signature. / Tumour necrosis factor family. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / Tumour necrosis factor domain / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor-like domain superfamily ...Tumour necrosis factor alpha / Tumour necrosis factor / Tumour necrosis factor, conserved site / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) signature. / Tumour necrosis factor family. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / Tumour necrosis factor domain / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / Jelly Rolls / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Cambillau, C. / Spinelli, S. / Desmyter, A. / de Haard, H.
引用ジャーナル: Front Immunol / 年: 2017
タイトル: Bivalent Llama Single-Domain Antibody Fragments against Tumor Necrosis Factor Have Picomolar Potencies due to Intramolecular Interactions.
著者: Beirnaert, E. / Desmyter, A. / Spinelli, S. / Lauwereys, M. / Aarden, L. / Dreier, T. / Loris, R. / Silence, K. / Pollet, C. / Cambillau, C. / de Haard, H.
履歴
登録2016年10月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月6日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tumor necrosis factor
B: Tumor necrosis factor
C: Tumor necrosis factor
D: Tumor necrosis factor
E: Tumor necrosis factor
F: Tumor necrosis factor
G: VHH1
H: VHH1
I: VHH1
J: VHH1
K: VHH1
L: VHH1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)184,72012
ポリマ－184,72012
非ポリマー00
水13,457747
1
A: Tumor necrosis factor
B: Tumor necrosis factor
C: Tumor necrosis factor
G: VHH1
H: VHH1
I: VHH1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,3606
ポリマ－92,3606
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13520 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area30730 Å2
手法PISA
2
D: Tumor necrosis factor
E: Tumor necrosis factor
F: Tumor necrosis factor
J: VHH1
K: VHH1
L: VHH1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,3606
ポリマ－92,3606
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13490 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area30560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.330, 117.410, 141.890
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Tumor necrosis factor / Cachectin / TNF-alpha / Tumor necrosis factor ligand superfamily member 2 / TNF-a


分子量: 17370.658 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNF, TNFA, TNFSF2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P01375
#2: 抗体
VHH1


分子量: 13415.949 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 747 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: mixed 100 nL of protein 8 mg per ml in HEPES 10 mM pH 7.0 with 100 nL of precipitant solution containing 20% PEG3000 and 0.2M NaCl and 0.1M HEPES at pH 7.5.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.931 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 100770 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.15 % / Biso Wilson estimate: 36.47 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 2.15→2.21 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 1.11 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / CC1/2: 0.72 / % possible all: 95.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.1精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1TNF

1tnf


解像度: 2.15→48.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9427 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9292 / SU R Cruickshank DPI: 0.235 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.24 / SU Rfree Blow DPI: 0.185 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.186
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2376 5026 5 %RANDOM
Rwork0.2068 ---
obs0.2083 100502 99.86 %-
原子変位パラメータBiso mean: 44.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.2125 Å20 Å20 Å2
2--5.1676 Å20 Å2
3---4.0448 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.317 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.15→48.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12521 0 0 747 13268
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00812819HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1717438HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4297SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes322HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1858HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it12819HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.36
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.7
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1601SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact14497SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.21 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2588 369 5.01 %
Rwork0.233 7002 -
all0.2343 7371 -
obs--99.86 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3086-0.644-0.1911.8939-0.18041.36390.00620.0824-0.0457-0.03560.08110.00080.0220.047-0.08730.08790.0002-0.0152-0.1065-0.0517-0.0303-2.00723.0232-51.1148
20.1552-0.2876-0.11560.4726-0.06141.26010.0134-0.0014-0.0567-0.0056-0.03220.01660.05550.07360.01880.16590.0206-0.0028-0.088-0.0025-0.07275.92151.7096-30.893
30.97490.26020.19190.61370.02661.3143-0.0042-0.02410.02620.04180.0183-0.0511-0.0280.0183-0.01410.10390.04760.0732-0.06420.0366-0.0594-0.270620.9633-39.1217
40.37220.89490.28862.06820.33351.40680.0035-0.07140.06240.02510.06180.0173-0.02870.0483-0.06530.0653-0.0112-0.0148-0.0936-0.0467-0.0312-1.94-27.4681-90.8468
50.3298-0.03680.20740.757-0.2241.08170.01050.00150.05120.0251-0.02650.0166-0.07010.09520.0160.1076-0.02940.0031-0.0418-0.013-0.05456.5723-26.1735-110.868
60.8224-0.48540.02320.63040.17351.4743-0.00750.0201-0.0401-0.0385-0.0114-0.0540.03810.00340.01890.061-0.0301-0.0653-0.04940.0307-0.0433-0.1919-45.425-102.739
70.373-0.13190.83141.39220.10092.51540.00040.005-0.01110.0213-0.021-0.0298-0.0079-0.01170.02050.2213-0.00880.0038-0.13930.0188-0.11876.87659.2296-8.0579
800.5165-0.37744.03030.99151.46310.0017-0.00890.05060.0082-0.00890.02660.02350.01220.00720.180.0347-0.0891-0.162-0.0708-0.0523-6.5016-20.0025-54.8114
90.424-0.50020.86393.2486-0.19641.6827-0.0156-0.0399-0.0247-0.01470.04840.0569-0.0377-0.0186-0.03280.10450.0170.0541-0.10780.0062-0.0838-13.668235.1386-52.8483
100.4930.5391-1.17561.49030.11532.5258-0.0033-0.00230.0204-0.0269-0.0176-0.02890.01490.02720.02080.13670.0261-0.0182-0.09860.0162-0.08866.9969-33.6168-133.794
110-0.12130.3784.01310.89091.4206-0.0010.0059-0.0490.01110.00170.0194-0.02860.0116-0.00080.1496-0.02270.0502-0.1464-0.0756-0.0385-6.4005-4.3997-86.9883
120.16310.643-0.57883.17650.3742.5461-0.01960.04040.04220.02850.03120.07670.0597-0.0236-0.01150.213-0.0096-0.0179-0.16190.0047-0.1236-13.7656-59.4581-89.0684
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }
7X-RAY DIFFRACTION7{ G|* }
8X-RAY DIFFRACTION8{ H|* }
9X-RAY DIFFRACTION9{ I|* }
10X-RAY DIFFRACTION10{ J|* }
11X-RAY DIFFRACTION11{ K|* }
12X-RAY DIFFRACTION12{ L|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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