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万見
- PDB-5m1w: Structure of a stable G-hairpin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5m1w
タイトルStructure of a stable G-hairpin
要素DNA (5'-D(*GP*TP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*TP*G)-3')
キーワードDNA / G-hairpin G:G base pairs NMR spectroscopy conformational exchange
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Gajarsky, M. / Zivkovic, M.L. / Stadlbauer, P. / Pagano, B. / Fiala, R. / Amato, J. / Tomaska, L. / Sponer, J. / Plavec, J. / Trantirek, L.
資金援助 チェコ, スロベニア, イタリア, 8件
組織認可番号国
Czech Science Foundation13-28310S チェコ
Czech Science Foundation16-13721S チェコ
CEITEC 2020, Ministry of Education, Youth and Sports and National Programme for Sustainability IILQ1601 チェコ
European Organization for Molecular BiologyIG2535 チェコ
Marie-Curie grantECOPOD チェコ
Slovenian Research AgencyP1-242 スロベニア
Slovenian Research AgencyJ1-6733 スロベニア
Programma STAR 2014 of University of Naples Federico II14-CSP3-C03-141 イタリア
引用ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2017
タイトル: Structure of a Stable G-Hairpin.
著者: Gajarsky, M. / Zivkovic, M.L. / Stadlbauer, P. / Pagano, B. / Fiala, R. / Amato, J. / Tomaska, L. / Sponer, J. / Plavec, J. / Trantirek, L.
履歴
登録2016年10月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月29日Group: Database references
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection
カテゴリ: pdbx_nmr_software / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*GP*TP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*TP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,4761
ポリマ－3,4761
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area2140 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*TP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*TP*G)-3')


分子量: 3476.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-1H NOESY
222isotropic22D 1H-1H NOESY
232isotropic22D 1H-1H TOCSY
242isotropic12D DQF-COSY
151isotropic52D 1H-1H ROESY
262isotropic52D 1H-1H ROESY
373isotropic41D 15N-edited HSQC
383isotropic41D 13C-edited HSQC
292isotropic3diffusion experiment
2102isotropic52D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系詳細
solution10.2 mM / SC11, 10 mM / potassium phosphate, 100 mM / potassium chloride, 90% H2O/10% D2OSC11_H2O90% H2O/10% D2O
solution20.2 mM / SC11, 10 mM / potassium phosphate, 100 mM / potassium chloride, 100% D2OSC11_D2O100% D2O
solution30.2 mM partial (12%) 15N, 13C residue-specific labelling SC11, 10 mM / potassium phosphate, 100 mM / potassium chloride, 90% H2O/10% D2OSC11_labelled90% H2O/10% D2Opartially (~12%) residue-specific 15N, 13C-labelled oligonucleotides
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.2 mMSC11/1
10 mMpotassium phosphate/1
100 mMpotassium chloride/1
0.2 mMSC11/2
10 mMpotassium phosphate/2
100 mMpotassium chloride/2
0.2 mMSC11partial (12%) 15N, 13C residue-specific labelling3
10 mMpotassium phosphate/3
100 mMpotassium chloride/3
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
1100 mMSC11_H2O7.0 1 atm283 K
2100 mMSC11_D2O7.4 pD1 atm283 K
3100 mMSC11_labelled7.0 1 atm283 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III7001room temperature inverse (1H-BB) probe
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III7005triple-resonance (1H-13C-15N) cryogenic probe
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8502triple-resonance (1H-13C-15N) cryogenic probe
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III9503triple-resonance (1H-13C-15N) cryogenic probe
Varian Uniform NMR SystemVarianUniform NMR System6004DD2 console

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
SparkyGoddardchemical shift assignment
TopSpin3.1Bruker Biospin解析
VNMRVarian解析
Amber14Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollmanstructure calculation
Amber14Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
VNMRVarianchemical shift assignment
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 4
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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