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- PDB-5lzk: Structure of the domain of unknown function DUF1669 from human FAM83B -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lzk
タイトルStructure of the domain of unknown function DUF1669 from human FAM83B
要素Protein FAM83B
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / domain of unknown function / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit binding / phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit binding / epidermal growth factor receptor binding / RND1 GTPase cycle / RND2 GTPase cycle / RND3 GTPase cycle / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / Signaling by EGFR / cell population proliferation / protein kinase binding ...phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit binding / phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit binding / epidermal growth factor receptor binding / RND1 GTPase cycle / RND2 GTPase cycle / RND3 GTPase cycle / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / Signaling by EGFR / cell population proliferation / protein kinase binding / signal transduction / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
FAM83, N-terminal / : / Scaffolding anchor of CK1 domain / Endonuclease Chain A / Endonuclease; Chain A / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / Protein FAM83B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.575 Å
データ登録者Pinkas, D.M. / Bufton, J.C. / Williams, E.P. / Shrestha, L. / Burgess-Brown, N.A. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Bullock, A. / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust106169/ZZ14/Z 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the domain of unknown function DUF1669 from human FAM83B
著者: Pinkas, D.M. / Bufton, J.C. / Williams, E.P. / Shrestha, L. / Burgess-Brown, N.A. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Bullock, A.
履歴
登録2016年9月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein FAM83B
B: Protein FAM83B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,50813
ポリマ－41,5662
非ポリマー94211
水5,044280
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5040 Å2
ΔGint6 kcal/mol
Surface area15900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.498, 73.959, 63.081
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.19, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Protein FAM83B


分子量: 20783.109 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 117-294 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FAM83B, C6orf143 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q5T0W9
#2: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 280 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.21 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 29% PEG3350 0.1M bis-tris-propane pH 8.0 0.2M sodium iodide 10% ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92819 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92819 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.575→47.832 Å / Num. obs: 46738 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 1.575→1.581 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.665 / Mean I/σ(I) obs: 2 / CC1/2: 0.716 / % possible all: 96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1682精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4URJ

4urj


解像度: 1.575→47.832 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1889 2305 4.94 %
Rwork0.1595 --
obs0.1609 46699 98.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.575→47.832 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2745 0 32 280 3057
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0122851
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2923828
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.781069
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065430
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006475
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5753-1.60960.28291410.25572779X-RAY DIFFRACTION100
1.6096-1.6470.26721330.24262818X-RAY DIFFRACTION100
1.647-1.68820.28361490.23472778X-RAY DIFFRACTION100
1.6882-1.73390.27431390.22612792X-RAY DIFFRACTION100
1.7339-1.78490.26621430.20222838X-RAY DIFFRACTION100
1.7849-1.84250.1961350.18132777X-RAY DIFFRACTION100
1.8425-1.90830.22211470.17442794X-RAY DIFFRACTION100
1.9083-1.98480.21941540.16262332X-RAY DIFFRACTION83
1.9848-2.07510.16611260.15232811X-RAY DIFFRACTION100
2.0751-2.18450.1771530.14772779X-RAY DIFFRACTION100
2.1845-2.32130.19861400.14062817X-RAY DIFFRACTION100
2.3213-2.50060.16841470.1382813X-RAY DIFFRACTION100
2.5006-2.75220.18061680.1462778X-RAY DIFFRACTION100
2.7522-3.15040.17981450.14512827X-RAY DIFFRACTION100
3.1504-3.96880.16531500.14132807X-RAY DIFFRACTION100
3.9688-47.85410.16291350.15412854X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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