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- PDB-5lxz: W288A mutant of GlxA from Streptomyces lividans: Cu-bound form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lxz
タイトルW288A mutant of GlxA from Streptomyces lividans: Cu-bound form
要素Secreted protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / copper / metalloradical / AA5
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / GlxA beta barrel domain / Galactose oxidase-like, Early set domain / Galactose oxidase, central domain superfamily / Galactose oxidase-like, Early set domain / Kelch repeat type 2 / Kelch motif / Galactose oxidase/kelch, beta-propeller / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / COPPER (II) ION / PHOSPHATE ION / Secreted protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces lividans TK24 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.49 Å
データ登録者Chaplin, A.K. / Hough, M.A. / Worrall, J.A.R.
引用ジャーナル: to be published
タイトル: The role of a second-coordination sphere tryptophan residue in the maturation of the catalytic metalloradical site in the auxillary activity family 5 (AA5) GlxA from Streptomyces lividans
著者: Chaplin, A.K. / Svistunenko, D.A. / Hough, M.A. / Wilson, M.T. / Vijgenboom, E. / Worrall, J.A.R.
履歴
登録2016年9月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Secreted protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,10417
ポリマ－66,0481
非ポリマー1,05616
水11,980665
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3170 Å2
ΔGint5 kcal/mol
Surface area22860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.510, 80.870, 140.290
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 B

#1: タンパク質 Secreted protein


分子量: 66048.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces lividans TK24 (バクテリア)
遺伝子: SLIV_23470 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: D6EWM0

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非ポリマー , 5種, 681分子

#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 665 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.52 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: 20% PEG 20000, 0.1M sodium acetate pH 5 15 mg/ml protein

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月5日
放射モノクロメーター: Silicon / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.49→40.48 Å / Num. obs: 130534 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.106 / Net I/σ(I): 7.6 / Num. measured all: 480382 / Scaling rejects: 351
反射 シェル解像度: 1.49→1.52 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.754 / Mean I/σ(I) obs: 2 / CC1/2: 0.616 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.1.27データスケーリング
REFMAC5.7.0032精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4unm

4unm


解像度: 1.49→40.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 1.117 / SU ML: 0.041 / SU R Cruickshank DPI: 0.0578 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.058 / ESU R Free: 0.058
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1812 6566 5 %RANDOM
Rwork0.1631 ---
obs0.164 123812 99.26 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 83.78 Å2 / Biso mean: 14.632 Å2 / Biso min: 5.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.28 Å20 Å20 Å2
2---0.39 Å20 Å2
3---0.11 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.49→40.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4637 0 60 670 5367
Biso mean--28.47 25.9 -
残基数----601
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0194972
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0080.024711
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6551.9756740
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.012310886
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0325638
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.55423.946223
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.11215827
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.1761536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2719
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0215699
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021111
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1271.2592485
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1221.2572482
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8121.8813120
LS精密化 シェル解像度: 1.49→1.529 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.302 462 -
Rwork0.271 9093 -
all-9555 -
obs--99.11 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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