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- PDB-5lxp: Human PARP14 (ARTD8), catalytic fragment in complex with inhibitor H5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lxp
タイトルHuman PARP14 (ARTD8), catalytic fragment in complex with inhibitor H5
要素Poly [ADP-ribose] polymerase 14
キーワードTRANSFERASE / ADP-ribosylation / Inhibitor complex / Transferase domain
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of interleukin-4-mediated signaling pathway / negative regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / Nicotinamide salvaging / Maturation of nucleoprotein / Maturation of nucleoprotein / protein poly-ADP-ribosylation / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / NAD+-protein ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein poly-ADP-ribosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの ...positive regulation of interleukin-4-mediated signaling pathway / negative regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / Nicotinamide salvaging / Maturation of nucleoprotein / Maturation of nucleoprotein / protein poly-ADP-ribosylation / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / NAD+-protein ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein poly-ADP-ribosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / NAD+ binding / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / nucleotidyltransferase activity / transcription corepressor activity / negative regulation of gene expression / innate immune response / enzyme binding / membrane / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PARP-14, RNA recognition motif 2 / Parp14 WWE domain / : / WWE domain superfamily / WWE domain / WWE domain profile. / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 - #10 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 / Poly(ADP-ribose) polymerase catalytic domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, catalytic domain ...PARP-14, RNA recognition motif 2 / Parp14 WWE domain / : / WWE domain superfamily / WWE domain / WWE domain profile. / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 - #10 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 / Poly(ADP-ribose) polymerase catalytic domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, catalytic domain / PARP catalytic domain profile. / Macro domain / Appr-1"-p processing enzyme / Macro domain / Macro domain profile. / Macro domain-like / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7AG / Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP14
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.07 Å
データ登録者Karlberg, T. / Thorsell, A.G. / Schuler, H.
引用ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2017
タイトル: Small Molecule Microarray Based Discovery of PARP14 Inhibitors.
著者: Peng, B. / Thorsell, A.G. / Karlberg, T. / Schuler, H. / Yao, S.Q.
履歴
登録2016年9月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月11日Group: Database references
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Poly [ADP-ribose] polymerase 14
B: Poly [ADP-ribose] polymerase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1344
ポリマ－44,2372
非ポリマー8972
水1,44180
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1590 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area18180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)145.400, 83.680, 35.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.95, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2002-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Poly [ADP-ribose] polymerase 14 / PARP-14 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 8 / ARTD8 / B aggressive lymphoma protein 2


分子量: 22118.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PARP14, BAL2, KIAA1268 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3 pRARE / 参照: UniProt: Q460N5, NAD+ ADP-ribosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-7AG / ~{N}'-(3-aminocarbonylphenyl)-~{N}-[[1-[(2~{R})-2-phenylpropyl]-1,2,3-triazol-4-yl]methyl]pentanediamide


分子量: 448.518 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H28N6O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.8 / 詳細: 17.5% PEG3350, 0.175 Sodium nitrate, 0.1M Bis-Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→41.8 Å / Num. obs: 25321 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 36.73 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 2.07→2.12 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.88 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / CC1/2: 0.526 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4F1L

4f1l


解像度: 2.07→24.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9476 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9279 / SU R Cruickshank DPI: 0.181 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.174 / SU Rfree Blow DPI: 0.146 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.15
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.207 1294 5.11 %RANDOM
Rwork0.1777 ---
obs0.1792 24011 99.29 %-
原子変位パラメータBiso mean: 46.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.6363 Å20 Å20.5785 Å2
2---0.5372 Å20 Å2
3----5.099 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.234 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.07→24.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2962 0 66 80 3108
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013118HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.994239HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1370SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes100HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes474HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3118HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.57
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.92
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion386SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3418SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.07→2.15 Å / Total num. of bins used: 13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2375 126 4.49 %
Rwork0.1966 2682 -
all0.1984 2808 -
obs--98.21 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4231-0.0598-0.35091.1879-0.08251.4196-0.02150.1246-0.1346-0.05740.0342-0.04430.04720.1956-0.0127-0.0406-0.0133-0.0229-0.0727-0.0122-0.0821-21.1996-15.072411.9908
22.8942-0.51720.36651.0383-0.07391.19820.00980.09210.1973-0.04790.0017-0.0044-0.0127-0.1271-0.0115-0.0525-0.01590.0057-0.1142-0.0154-0.0461-54.9446-18.58512.3523
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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