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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5lxd | ||||||
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タイトル | Crystal structure of DYRK2 in complex with EHT 1610 (compound 2) | ||||||
要素 | Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 2 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / kinase / inhibitor / unusual binding mode / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dual-specificity kinase / negative regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / smoothened signaling pathway / positive regulation of glycogen biosynthetic process / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / ubiquitin ligase complex / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / regulation of signal transduction by p53 class mediator / manganese ion binding / protein tyrosine kinase activity ...dual-specificity kinase / negative regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / smoothened signaling pathway / positive regulation of glycogen biosynthetic process / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / ubiquitin ligase complex / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / regulation of signal transduction by p53 class mediator / manganese ion binding / protein tyrosine kinase activity / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / cytoskeleton / ribonucleoprotein complex / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / DNA damage response / magnesium ion binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.58 Å | ||||||
データ登録者 | Chaikuad, A. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Bountra, C. / Besson, T. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
引用 | ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2016 タイトル: An Unusual Binding Model of the Methyl 9-Anilinothiazolo[5,4-f] quinazoline-2-carbimidates (EHT 1610 and EHT 5372) Confers High Selectivity for Dual-Specificity Tyrosine Phosphorylation-Regulated Kinases. 著者: Chaikuad, A. / Diharce, J. / Schroder, M. / Foucourt, A. / Leblond, B. / Casagrande, A.S. / Desire, L. / Bonnet, P. / Knapp, S. / Besson, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5lxd.cif.gz | 329.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5lxd.ent.gz | 280.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5lxd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5lxd_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5lxd_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5lxd_validation.xml.gz | 31.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5lxd_validation.cif.gz | 43.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lx/5lxd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lx/5lxd | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46969.293 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DYRK2 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3-pRARE2 / 参照: UniProt: Q92630, dual-specificity kinase #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.63 % |
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結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 1.5 M Li2SO4 and 0.1 M HEPES, pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.92 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.58→47.04 Å / Num. obs: 35477 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 44.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 9.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.58→2.72 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.649 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.58→47.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 23.618 / SU ML: 0.255 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.486 / ESU R Free: 0.295 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 66.994 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.381 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.58→47.04 Å
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拘束条件 |
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