PDB-5lwt: Endothiapepsin in complex with a methoxylated derivative of fragm...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5lwt

タイトル

Endothiapepsin in complex with a methoxylated derivative of fragment 177

要素

Endothiapepsin

キーワード

HYDROLASE / fragment screening / aspartic protease / inhibition / reactivity

機能・相同性

機能・相同性情報

endothiapepsin / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryphonectria parasitica (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.069 Å

データ登録者

Schiebel, J. / Heine, A. / Klebe, G.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2017
タイトル: A False-Positive Screening Hit in Fragment-Based Lead Discovery: Watch out for the Red Herring.
著者: Cramer, J. / Schiebel, J. / Wulsdorf, T. / Grohe, K. / Najbauer, E.E. / Ehrmann, F.R. / Radeva, N. / Zitzer, N. / Linne, U. / Linser, R. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2016年9月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年8月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5lwt.cif.gz	202 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5lwt.ent.gz	163.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5lwt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5lwt_validation.pdf.gz	474.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5lwt_full_validation.pdf.gz	474.2 KB	表示
XML形式データ	5lwt_validation.xml.gz	16.7 KB	表示
CIF形式データ	5lwt_validation.cif.gz	26 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lw/5lwt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lw/5lwt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5lwrC 5lwsC 5lwuC 4y5lS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5p3p-d 5p5k-d 5p03-d 5p18-d 5p1n-d 5p5i-d 5p5w-d 5p52-d 4ze6-d 4y3j-d 5oyt-d 5p40-d 5p8u-d 5rdu-d 5p0x-d 4zea-d 5rd0-d 5p1c-d 5p5g-d 5rdw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#12 - 2000年12月ペプシン (Pepsin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Endothiapepsin

ヘテロ分子

34.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.384, 73.125, 52.694
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.64, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Endothiapepsin / Aspartate protease 分子量: 33813.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cryphonectria parasitica (菌類) / 参照: UniProt: P11838, endothiapepsin

-
非ポリマー , 6種, 322分子

#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-7B3 / 4-methoxy-5,6,7-trimethyl-pyrrolo[3,4-d]pyridazine 分子量: 191.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₃N₃O
#6: 化合物	ChemComp-TFA / trifluoroacetic acid / トリフルオロ酢酸分子量: 114.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂HF₃O₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 311 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.5 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate, 24-30% PEG 4000; crystals obtained by streak-seeding

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918409 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年1月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.918409 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.069→42.745 Å / Num. obs: 142071 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.695 % / R_merge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 13.14
反射シェル	解像度: 1.069→1.13 Å / 冗長度: 3.566 % / R_merge(I) obs: 0.485 / Mean I/σ(I) obs: 2.29 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4Y5L

4y5l

解像度: 1.069→29.437 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 12.99 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1479	7103	5 %
R_work	0.128	-	-
obs	0.129	142046	99.63 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.069→29.437 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2370	0	69	311	2750

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2638
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.019	3634
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.77	873
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.085	417
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	501

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.0694-1.0816	0.2935	229	0.2611	4356	X-RAY DIFFRACTION	97
1.0816-1.0943	0.2531	236	0.2286	4485	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0943-1.1077	0.2596	237	0.2058	4480	X-RAY DIFFRACTION	99
1.1077-1.1217	0.1984	235	0.1886	4474	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1217-1.1364	0.2145	238	0.177	4522	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1364-1.152	0.1929	233	0.1726	4414	X-RAY DIFFRACTION	100
1.152-1.1685	0.1719	238	0.1611	4519	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1685-1.1859	0.1605	235	0.1526	4480	X-RAY DIFFRACTION	99
1.1859-1.2044	0.1627	236	0.1508	4468	X-RAY DIFFRACTION	99
1.2044-1.2242	0.1717	236	0.146	4493	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2242-1.2453	0.1652	235	0.1451	4466	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2453-1.2679	0.1596	238	0.1378	4521	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2679-1.2923	0.1561	236	0.1391	4492	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2923-1.3187	0.1449	237	0.1209	4503	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3187-1.3474	0.1321	237	0.1198	4502	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3474-1.3787	0.1478	238	0.1108	4507	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3787-1.4132	0.1351	234	0.1061	4457	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4132-1.4514	0.1301	238	0.1032	4516	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4514-1.4941	0.1198	238	0.1005	4516	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4941-1.5423	0.1298	237	0.0964	4500	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5423-1.5975	0.1067	236	0.0948	4495	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5975-1.6614	0.105	238	0.0933	4516	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6614-1.737	0.1085	238	0.096	4526	X-RAY DIFFRACTION	100
1.737-1.8286	0.1252	237	0.1018	4505	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8286-1.9431	0.1209	237	0.101	4506	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9431-2.0931	0.1128	238	0.103	4516	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0931-2.3037	0.1288	238	0.1037	4521	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3037-2.6369	0.1438	239	0.123	4534	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6369-3.3214	0.1659	240	0.1339	4559	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3214-29.4479	0.1664	241	0.1589	4594	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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